Титул Киевского патерика. Гравюра, 1661 г.
Избрание Никона после смерти патриарха Иосифа в 1652 году ознаменовалось расколом в московском православии и противостоянием царя Алексея и патриарха Никона. В 1658 году Никон удалился в Новый Иерусалим; в 1664-м он попытался вернуться в Москву, но был отправлен обратно. Собор 1667–1668 годов, подтвердил никоновские реформы, и в то же время снял с их инициатора патриарший сан, причем главным обвинителем на соборе выступил сам царь. На соборе избрали патриархом Иоасафа ІІ. Его избрание ознаменовалась выступлением Стеньки Разина. После смерти патриарха Адриана в 1700 году царь Петр І своей волей поставил во главе управления церковью митрополита Рязанского Стефана Яворского с титулом местоблюстителя патриаршего престола, фактически упразднив институт патриаршества. Петр рассматривал церковь исключительно как институт правительственный, поэтому власть патриарха он впоследствии заменил Духовной коллегией (Святейший Правительствующий Синод), превратив церковь в один из государственных департаментов, находившихся под неусыпным контролем со стороны монарха. Вплоть до 1917 года Святейший Синод оставался высшим церковным и правительственным учреждением в России.
Восстановление патриаршества произошло после Февральской революции 1917 года. Святейший Синод обратился к архипастырям и пастырям Российской империи с посланием, в котором говорилось, что при изменившемся государственном строе «Российская православная Церковь не может уже оставаться при тех порядках, которые отжили свое время». Решением Синода был созван Поместный собор 1917–1918 годов, восстановивший патриаршество. Несмотря на все усилия патриарха, на церковную иерархию и верующих людей обрушилась невиданная волна репрессий. К началу Второй мировой войны церковная структура по всей стране была почти уничтожена. После смерти Тихона в 1925 году не могло быть и речи о созыве Собора для избрания нового патриарха, поскольку церковь существовала на полулегальном положении, а большинство иерархов находилось в ссылках и заключении. Вскоре после смерти патриарха Тихона к власти в России пришел тиран Сталин. В 1936 году патриархия (ввиду распространившихся слухов о кончине сосланного в Сибирь главного местоблюстителя, митрополита Петра Коломенского) издала акт о переходе соответствующих полномочий к Сергию Страгородскому. В 1943 году Сергия и других иерархов принял Сталин. Архиерейский собор избрал Сергия патриархом в 1943 году, но 14 мая 1944 года первосвятитель скончался в Москве. Новым патриархом был избран в 1945 году Алексий І.
После смерти патриарха Пимена (1970–1990) был избран Алексий ІІ. Через год прекратил существование Советский Союз. Наступили новые смутные времена, которые не прекращаются до сих пор…
Сразу после Переяславской рады Москва (трон и церковь в «симфонии») начала проводить курс на присоединение Киевской митрополии. Значительная часть украинских иерархов осознавала свои права и не хотела лишиться независимости. Для них важно было то, что «патриарх Константинопольский не вмешивался во внутренние церковные порядки в Украине, а Московский непременно начнет встревать». Решительно настроенное духовенство готово было запереться в монастырях и «лучше смерть принять, чем митрополита из Москвы». Наши «братские» соседи стали применять самый лучший прием во все времена – подкуп!
Окончательное подчинение Киевской митрополии Москве закончилось при гетмане Иване Самойловиче. А произошло это так. В 1683 году умер архимандрит Печерский Иннокентий Гизель. Нового Варлаама Ясинского «рукоположению благожеланно удостоил» и выдал грамоту на архимандрию патриарх Московский Иоаким. Так Киево-Печерский монастырь – сердце киевского православия – подчинился Москве. Первым «московским» митрополитом стал епископ Луцкий Гедеон, князь Святополк-Четвертинский, сват Самойловича, дочь которого была за сыном князя. Гедеон, хоть был и древнего рода, но отличался слабохарактерностью, пошел на увещевания гетмана и написал смиренное письмо в Москву о своем подчинении.