Но особым его достижением стала дружба с князем Голицыным – любовником царицы Софьи, вершителем судеб Московии. Так Иван Мазепа стал одним из самых влиятельных и богатых старшин. Особый талант привлекать, вызывать симпатию у людей очень пригодился ему, стал причиной его невиданного политического успеха. Филипп Орлик свидетельствовал, что «…никто не умел лучше обворожить человека и вызвать у него симпатии. Не добившись сразу цели, он никогда не складывал оружия, не переставал обрабатывать человека, пока не делал его своим».
Много трудностей и опасностей, нередко смертельных, было на пути Мазепы, но благодаря настойчивости и невероятным способностям он их преодолевал. В своей карьере гетман был обязан, прежде всего, удаче и уму. Он был высококультурным и образованным человеком, свободно владел польским, украинским, татарским языками, а также читал и вел разговор на латыни, по-итальянски и по-французски. Прекрасно разбирался в искусстве, любил окружать свой быт красивыми вещами, а его библиотека считалась одной из самых больших. Сочинял он и стихи. Мазепинский период был плодотворным, неспроста историк Д. Антонович охарактеризовал его, как «вторую золотую эру украинского искусства».
После установления «Вечного мира» Московия, в состав которой уже входила Левобережная Украина, начинает войну с Турцией и Крымом. В поход отправилось 100 тысяч московских стрельцов под командованием фаворита Софии, князя Василия Голицына, и 50 тысяч казаков во главе с гетманом Самойловичем. В гетманской свите был Мазепа. Он дружил с Голицыным, их сближал культурный уровень, европейское образование, любовь к книгам и искусству. Крымский поход оказался неудачным. Объединенные силы не дошли даже до Перекопа, поэтому князю нужен был «козел отпущения». Им стал Иван Самойлович, обвиненный во всевозможных злоупотреблениях. В военном лагере 22 июня 1687 года на р. Коломак решили лишить Самойловича гетманства и избрать его преемника. На эту должность было два претендента: Иван Мазепа и Василий Дунин-Барковский. По М. Грушевскому, Голицын захотел от кандидатов за содействие 50 тыс. злотых. Дунин-Барковский, очень богатый, поскупился их дать, а Мазепа быстро сориентировался, взял взаймы у своего конкурента и отдал князю. Таким образом, кандидатом стал Мазепа, а тех, кто пытался предлагать другого, моментально отодвигали за «коло» – место избрания гетмана. Так Мазепа добился своего и после шумного пиршества торжественно отправился в Батурин.
Москва воспользовалась моментом и подписала «Коломацкие статьи», значительно ограничившие статус гетмана. Но они так и не вступили в силу благодаря политическому и дипломатическому таланту Мазепы, умело использовавшего шаткость во внутренних делах Московии. В условия самоопределения Левобережной Украины гетман сохранял в своих руках политическую, административную и судебную власть, даже утверждал претендентов на высокие церковные должности. Когда царем стал Петр Алексеевич, гетман смог и его обаять. Сильный и мудрый политик поддержал Петра, позабыв о друге Голицыне.
Видимо, причиной разрыва Мазепы с московитами стало укрепление самовластья Петра, не пожелавшего делить славу и достижения со стареющим украинским гетманом. Пока молодой государь боролся с внутренней смутой, он остро нуждался в Мазепе, а когда стал самодержцем, решил подавить вольность и в Украине. Царь не желал терпеть двоевластия, и украинцев стали лишать исконных прав на их земле. С ростом своих амбиций, окруженный льстецами, Петр І перестал нуждаться в Мазепе, он задался целью его убрать и поставить послушного и не столь мудрого гетмана.
В Украине была установлена четкая система полкового управления, при которой военные органы власти: правительство, казацкое войско и старшины – были одновременно и органами административного управления. Гетман руководил войсковой радой, возглавлял генеральный секретариат, утверждал приговоры генерального и полковых судей по особо важным делам. Символы гетманской власти – флаг, бунчук, булава, печатка – вручались от имени московского царя.