К началу 1992 г. около 60 процентов книжных магазинов вышли из состава книготоргов. Получив экономическую и юридическую самостоятельность, книжные магазины столкнулись с проблемами, связанными с ликвидацией централизованного товароснабжения, кредитования, управления, представления интересов в органах власти. На начальном этапе существования приватизированных книжных магазинов их экономическое положение оказалось значительно хуже новых книготорговых структур, поэтому показатели книготорговой деятельности в 1992–1993 гг. резко снизились. В целях улучшения экономических результатов работы широкое развитие получило открытие в книжных магазинах отделов, реализующих более экономически выгодные промышленные товары. Вновь созданные частные книготорговые структуры сразу начали действовать в соответствии с новыми законодательными актами по либерализации экономических отношений, поэтому имели в начале своей деятельности ряд преимуществ.
С 1994 г. положение книжных магазинов стало стабилизироваться. Однако доля книжного ассортиментаостается по–прежнему незначительной. Так, если в 1980–е годы товарное предложение в специализированных магазинах научно–технической книги Москвы и Ленинграда доходило до 8 тысяч названий, то в середине 1990–х годов — сократилось до двух тысяч.
Резко увеличилось число поставщиков, с которыми работают сотрудники книжных магазинов, что значительно усложнило коммерческие связи, финансовые расчеты.
В новых условиях легче адаптировались в первую очередь крупные розничные предприятия, которые могли напрямую работать с издательствами, имели более широкие финансовые возможности, что обеспечивало им разнообразный ассортимент товарных запасов, низкие расходы. Стабильно работают муниципальные книжные магазины, которым местные власти предоставили на первых этапах льготные ставки арендной платы. Основная задача муниципальных книжных магазинов — выполнение городского (областного) заказа по реализации школьных учебников и отдельных видов социально значимых изданий.
Перспективным направлением развития книжных магазинов являлось создание издательствами книжных магазинов–клубов, ориентированных на группы покупателей с определенными интересами (издательство "Терра" — любителей классики, исторической литературы, "Стожары" — любителей фантастики). Новым было открытие в книжных магазинах специализированных отделов книг конкретных издательств. Это способствовало выявлению спроса покупателей, обеспечивает доведение книг до покупателей по максимально низким ценам.
В середине 1990–х годов возрождается продажа книг по почте, открываются отделы "Книга–почтой" в издательствах, возникают специализированные предприятия. Этот метод продажи обеспечивает прямой контакт издательств с покупателями, адресную рассылку информационных и рекламных материалов, учет покупательского спроса и т. д. Почтово–посылочную торговлю осуществляло около 80 предприятий, из них 30 расположены в Москве. На основе таких предприятий формируется популярная во всем мире система книжных клубов.
Развитие коммерческой работы книготорговых предприятий сдерживала несовершенная система информационных связей между издательствами, книготорговлей и потребителями книжной продукции. Ранее выпускавшиеся всеми издательствами годовые тематические планы, публикации в газете "Книготорговый бюллетень" обеспечивали информирование книготорговой сети и покупателей о готовящихся к выходу изданиях, служили основой для сбора предварительных заказов покупателей и книготорговых предприятий. Отказ издательств от выпуска тематических планов на первом этапе перехода к рыночным отношениям не оказал заметного отрицательного воздействия. Информация была еще не столь нужна, поскольку рынок был еще не насыщен, покупали практически все.
В условиях насыщенного книжного рынка роль информации повысилась. Без полной, достоверной и оперативной информации невозможно эффективное взаимодействие издательской и книготорговой систем.
Существует достаточно много отраслевых периодических изданий, хотя не все они выходят стабильно. В числе основных изданий следует назвать газеты "Книжное обозрение", журналы "Книжный бизнес", "Книжное дело", "Витрина", "Современная полиграфия", "Полиграфия" и др. Однако в целом система информирования о предложении книг на книжном рынке еще не отработана, что усложняет книготорговым предприятиям выбор и заказ изданий, планирование расходования средств.