В истории книги выбор и соподчинение методов определяются факторами, которые заложены в названии этой дисциплины: книга как предмет исследования.
Всеобщий метод познания в современной науке есть диалектика — философское единство противоположностей, непрерывность развития, отрицающего всякий застой или движение вспять. Даже регресс рассматривается как этап прогресса, когда устаревшие факторы обновляются, перерождаются в силы, разрушающие прежнее и созидающие новое. В классической философии это именуется отрицание отрицания.
В эпоху господства марксистско–ленинской диалектики пытались доказать противостояние идеалистических (развитие духа, идеи) и материалистических (развитие природы) взглядов в диалектике. На самом же деле такой дуализм противоречит истине. Природа, развитие, познание изначально едины. "Идеалистическое и материальное — две стороны одного и того же основополагающего явления, имя которому жизнь".
Современная историческая наука далека от представления о каком‑нибудь сверхъестественном влиянии на ход развития человечества, как далека она и от утверждения, что история определяется только борьбой классов. Конечно, в мире существуют и действуют классы. Издание и распространение книг во многом диктуется классовыми интересами. Однако человечество на протяжении всей истории стремится к достижению всеобщего благоденствия и единства. Беспристрастное изучение истории показывает, что человечество стремится к такому общественному состоянию, когда не надуманное социальное положение, а личные способности и инициативность каждого и всех вместе будут влиять на ход мировой истории. Таким образом, для нас главный критерий исторического познания есть объективная полезность всякого явления или процесса для общечеловеческого единства на его пути вперед. В исторической методологии это выражено через известное положение, выработанное еще в XVIII веке: конкретный анализ конкретных исторических ситуаций.
Сравнительно–исторический метод, традиционный для мировой и отечественной науки, широко применяется не только в истории, но и в социологии, политологии, экономической теории, филологии и других фундаментальных науках. Он ставит свершившийся факт в основу всех рассуждений и выводов. Изучая факты (события, явления, биографии, процессы) в их диалектической связи, историк ищет их соответствие с явлениями предшествующими или параллельными, производит группировку по наиболее общим признакам, по степени отражения в них закономерностей процесса. Для нас важно, что сравнительно–исторический метод есть главный критерий и для реконструкции прошлого книги, связанного с общим развитием культуры, экономики, техники, промышленности.
Из других общеисторических методов важен эвристический метод — как система по разысканию и оценке исторических фактов. В свое время В. И. Ленин справедливо писал, восставая против манеры делать оценки на основе произвольных характеристик: "Необходимо брать не отдельные факты, а совокупность относящихся к рассматриваемому вопросу фактов, без единого исключения…". Совокупность фактов достигается путем сплошного поиска в источниках и последующей их классификации, группировки, отделения главного от второстепенного, доказательного от вероятного. При этом степень доказательности источника, где содержится информация, прямо пропорциональна его достоверности.
Метод статистических группировок, используемый в экономической науке, эффективен и для истории книги. В исследование вводятся как экономические данные (товарооборот, цены, общие хозяйственные показатели), так и социологические (демография населения, культурный и экономический уровень, этносостав) и книговедческие (объем книгоиздания, типы, тематика книг). Метод статистических группировок имеет своим предметом количественные показатели, которые рассматриваются как исторический факт, а их статистическо–математическая обработка дает основание для выводов о качестве процесса.
Метод моделирования, один из наиболее эффективных в сфере естественных и технических наук (особенно при широком применении компьютерных технологий), употребляется и в истории книги. Метод моделирования, например, использовался для того, чтобы доказать, что так называемые "анонимные", или "безвыходные" издания (по косвенным данным, напечатанные ранее федоровского "Апостола" 1564 г.) могли быть напечатаны только в столице, только в государственной типографии.