Наполеону также не терпелось принять и другую меру, которую он считал куда более срочной, нежели упразднение Трибуната, а именно чистку магистратуры. Правительство Консульства, торопясь упрочить свое положение в минуту учреждения, набирало членов всяческих администраций в большой спешке, и уже вскоре ему пришлось изменить некоторые назначения. Изменения тем более заслуживали одобрения, что продиктованы были уже не политическими мотивами, но приобретенным знанием о достоинствах каждого. В магистратуре же ничего подобного не происходило по причине несменяемости ее членов, установленной конституцией Сийеса, и некоторые лица, выбранные в VIII году, при незнании людей, в спешке всеобщей реорганизации, стали со временем подавать постоянные поводы к возмущению. В то время как среди служащих правительства, помещенного под активный надзор, преобладала благопристойность и прилежность, магистратура нередко подавала досадные примеры обратного. Следовало это устранить, и Наполеон решил положить конец подобному беспорядку. Он спросил мнение Камбасереса, верховного судии в подобных делах, чей плодовитый и трезвый ум нашел в этом случае, как во многих других, изобретательное средство, подкрепленное прочными доводами. Конституция VIII года, объявив членов судебной системы несменяемыми, подчинила их, тем не менее, общему для всех членов правительства условию, то есть занесению в избирательные списки. Тем самым она гарантировала пожизненность и несменяемость их должности лишь условно, если они будут всю жизнь заслуживать общественное уважение. Поскольку эта предосторожность исчезла вместе с избирательными списками, нужно было, сказал Камбасерес, их заменить. Для этого он предложил две меры – одну постоянную, другую временную. Первая состояла в том, чтобы считать назначения в магистратуре окончательными и несменяемыми только по истечении пяти лет и после проверки нравственных качеств и способностей магистратов опытом. Вторая состояла в том, чтобы сформировать комиссию из десяти членов и поручить ей провести смотр всей магистратуры и выявить тех ее членов, которые выказали себя недостойными отправлять правосудие. Эта изобретательная и внушающая доверие комбинация была принята Наполеоном и обращена в сенатус-консульт, который следовало представить на утверждение Сенату.
Отдав дань конституционным и административным мерам, Наполеон уделил внимание финансам. Этой сферой он был удовлетворен как никакой другой, ибо в Казначействе царило изобилие, и порядок в нем восстановился. К хорошему состоянию финансов с прошедшего года присоединилась и легкость в обслуживании Казначейства. Мы помним, что по различным причинам состояние Казначейства вызывало большие затруднения, и это породило финансовую депрессию 1805 и 1806 годов, даже при чудесных успехах кампании, окончившейся победой в Аустерлице. Но в январе 1806-го возвращение Наполеона с победой и огромным количеством металлических денег, захваченных у Австрии, возродило доверие и доставило первую помощь, в которой была великая нужда. С 1806 года операции Казначейства облегчило новое учреждение, ставшее необходимым дополнением финансовой организации и приведшее в течение 1807 года к невиданному изобилию. Касса обслуживания, учрежденная в конце 1806 года, при отбытии Наполеона в Пруссию, при его возвращении в 1807 году была переполнена деньгами. Мольен не ограничился созданием одной служебной кассы в центре Империи, он учредил подобную ей в заальпийских департаментах. Кроме того, в Алеcсандрии была учреждена касса перечислений, в которую все счетоводы Лигурии, Пьемонта и французской Италии перечисляли поступавшие к ним средства и которая, в свою очередь, направляла их туда, где в них нуждались.