Наполеон справедливо полагал, что к искусственной навигации по каналам следует добавить естественную навигацию по большим и малым рекам, а для этого нужно улучшить их течение. Он приказал провести исследование восемнадцати рек, на которых, впрочем, некоторые работы были уже предприняты. Всегда последовательный в своих планах, от каналов и рек император перешел к портам. Он выделил новые средства для порта Савоны, примыкавшего к дороге из Алессандрии. Известно, какие чудеса совершались в Антверпене, в чьих обширных доках, вырытых будто по волшебству, уже стояли трехдечные корабли, принятые с верфей этого великого города: их переправляли через Эско во Флиссинген. Имея соглашение с Голландией об уступке ему Флиссингена, Наполеон приказал произвести там работы, дабы облегчить вход и выход из порта и якорную стоянку для кораблей. В Дюнкерке и Кале он выделил средства на удлинение пирсов. В Шербуре поднялся над водой большой пирс, которому назначалось формировать порт, и увенчался этот пирс батареей, которую называли батареей Наполеона.
Наконец, Наполеон подверг новому изучению систему крепостей Империи. Для их строительства он хотел выделять не менее 12 миллионов в год, распределяя их в зависимости от значения крепости, которое определил следующим порядком: Алессандрия, Майнц, Везель, Страсбург, Киль и т. д.
Занимаясь великими работами, Наполеон никогда не забывал о Париже, месте своего пребывания, центре правительства, его любимом городе, столице, олицетворявшей собой величие и моральное превосходство Франции над всеми нациями. Он поклялся покрыть столицу памятниками искусства и общественной значимости, оздоровить ее и придать ей всё мыслимое великолепие. Уже работали круглосуточно тридцать фонтанов, которые прежде давали воду лишь по нескольку часов в день. Сооружение канала Урк позволяло непрерывно подавать воду в другие старые и новые фонтаны. В это время руками многих тысяч рабочих возводились две триумфальные арки – на площади Карусель и на площади Звезды, колонна на Вандомской площади, фасад Законодательного корпуса, церковь Мадлен, тогда называвшаяся храмом Славы. Аустерлицкий мост, перекинутый через Сену при вхождении реки в город, был завершен, а Йенский мост, перекинутый через Сену при ее выходе из города, строился, и таким образом столице Империи вскоре предстояло стоять меж двух бессмертных памятников. Наполеон декретировал строительство дворца новой Биржи и приказал подыскать для него место. Вскоре должно было начаться строительство Императорской улицы, которую он хотел построить еще в 1806 году. Кроме того, Наполеон решил соорудить длинные крытые галереи на главных рынках, чтобы дать покупателям и продавцам прибежище от непогоды; возвести четыре больших скотобойни на четырех оконечностях Парижа вместо сорока сколь нездоровых, столь и опасных боен, на которых забивали скот с давних пор; реконструировать купол хлебного рынка; построить просторные склады, способные вместить многие миллионы квинталов зерна, прямо рядом с Арсеналом, у канала Сен-Мартен, в том месте, куда подходили судоходные пути. Наполеон выделил значительные суммы на снабжение Парижа продовольствием, но решил, что мало купить зерна на двадцать миллионов франков, нужно иметь место для его складирования, и именно этой мысли обязаны своим появлением зернохранилища, существующие доныне у площади Бастилии.