В это время ссора со Святым престолом, об истоках которой мы рассказали, опустив изложение ее повседневных подробностей, с каждой минутой разгоралась всё сильнее. Прибыв в Париж на коронацию Наполеона, папа покинул столицу Франции с великим моральным и религиозным удовлетворением и мирским неудовольствием, оттого что ему не вернули папских провинций. С тех пор, в результате постепенного расширения французского владычества в Италии, независимость папы становилась всё более формальной, и он затаил глубокое разочарование, которого не умел скрыть. Вместо того чтобы договориться с всемогущим государем, который вовсе не думал завладевать суверенитетом Рима и хотел от него только добрососедских отношений с новыми французскими государствами, основанными в Италии, папа поддавался досадным влияниям, тем более властным над его разумом, что они соответствовали его тайным чувствам. Движимый подобной склонностью, он досаждал Наполеону при всяком урегулировании дел, касающемся королевства Италии. Он притязал на сохранение в нем всех прав папства, якобы гораздо более сильных в Италии, нежели во Франции, и не соглашался на равный конкордат для обеих стран. К этому присоединялись и придирки более личного свойства. Принц Жером Бонапарт во время морских кампаний в Америке заключил брак с одной весьма красивой особой честного происхождения, но в возрасте, делавшем брак недействительным; недействительным его делало и отсутствие согласия со стороны родителей. Наполеон желал основать новое королевство Вестфалию, женив принца на германской принцессе, и отказался признавать этот брак, недействительный с точки зрения гражданских и церковных законов и противоречивший его политическим замыслам. Он обратился к Святому престолу с просьбой аннулировать брак, чему папа категорически воспротивился. Наконец, еще более открытым проявлением враждебности стало превращение города Рима в прибежище всех врагов короля Жозефа.
На пути из Тильзита в Париж Наполеон написал принцу Евгению, изложив ему свои претензии и поручив уведомить о них Ватикан, чтобы дать знать папе, что терпение императора Франции, и без того невеликое, на сей раз истощилось и что при необходимости, не посягая на духовную власть понтифика, он без колебаний лишит его мирской власти. Подобными отношениями с римским двором объясняется легкость, с какой Наполеон принял вышеупомянутые меры в отношении части побережья Адриатического моря, состоявшей в ведении Святого престола.
Тильзитский договор оговаривал возвращение Наполеону залива Каттаро, уступку Корфу и всех Ионических островов. Эти владения дополняли провинции Наполеона в Иллирии, обеспечивали господство в Адриатическом море и подступы к турецким провинциям в Европе, назначавшиеся ему в случае раздела Оттоманской империи, и давали, наконец, новое средство подчинить себе Средиземное море, где он желал господствовать безраздельно, коль скоро пришлось оставить Океан на волю англичан. Мы помним, что после заключения Пресбургского мира русские завладели фортами Каттаро, в минуту смены австрийского гарнизона французским. Дабы не позволить англичанам поступить подобным же образом, Наполеон прямо из Тильзита приказал генералу Мармону собрать под стенами Каттаро французские войска в самую минуту ухода русских. Приказ был пунктуально исполнен, и французские войска, вступив в Каттаро, прочно заняли эту важную морскую позицию.
Но Корфу и Ионические острова интересовали Наполеона еще больше, чем залив Каттаро. Он предписал своему брату Жозефу тайно, дабы не возбудить подозрений у англичан, направить в Таранто итальянский 5-й линейный и французский 6-й линейный полки, несколько артиллерийских рот, рабочих, боеприпасы, офицеров Главного штаба и генерала Бертье для командования гарнизоном и сформировать из них несколько конвоев для отправки на фелуках из Таранто на Корфу. Поскольку путь не превышал нескольких лье, двух суток должно было хватить для переправы в несколько приемов четырех тысяч человек. Передачу Ионических островов осуществлял адмирал Сенявин, командующий русскими силами на Архипелаге. Он делал это с крайним неудовольствием, ничуть не скрываемым, ибо русский флот, руководимый в основном либо английскими, либо русскими офицерами, обученными в Англии, был гораздо более враждебен к французам, чем сухопутная армия, сражавшаяся в Эйлау и Фридланде. Адмирал подчинился и сдал французским войскам охранявшиеся им прекрасные позиции. Но его неудовольствие имело двоякую причину, ибо, оставив дорогие ему Каттаро, Корфу и Ионические острова, он оказывался в Средиземном море, не имея возможности после разрыва с турками вернуться в Черное море через Дарданеллы, и был вынужден идти через Гибралтарский пролив, Ла-Манш и Зунд мимо английского флота, который, в зависимости от исхода начатых переговоров, мог пропустить его или арестовать. Угадав его затруднения, Наполеон приказал передать русским адмиралам, что в портах Средиземноморья, как итальянских и французских, так и испанских и португальских, они найдут надежные стоянки, продовольствие, боеприпасы и средства для ремонта.