Финансовые меры этого года Наполеон дополнил учреждением нового бухгалтерского учета методом двойной записи, который завершил введение во французские финансы восхитительной ясности, продолжающейся до наших дней.
Новая касса, породив обязанность и заинтересованность счетоводов переводить средства в Казначейство тотчас по их получении, с неизбежной небольшой отсрочкой на местное взимание, централизацию в главных городах департаментов и отправку в Париж или в места расходов, предоставила средство точно учитывать все операции, из которых складывались сборы и переводы налогов. Мольен, уже использовавший ранее при управлении фермами простые, практичные и надежные формы ведения счетов, ввел их в употребление в амортизационном фонде в бытность его директором и в служебной кассе после ее учреждения. Он начал использовать метод двойной записи, который состоял в ведении ежедневного журнала всех операций прихода и расхода, записи о которых осуществлялись тотчас по их исполнении; в извлечении из этого журнала операций, относящихся к каждому из дебиторов или кредиторов, с которыми имели дело в течение дня, и в открытии для каждого из них отдельного счета, который наглядно показывал, сколько они должны и сколько должны им; в сведении, наконец, всех отдельных счетов в единый всеобщий счет, представлявший не что иное, как ежедневный и точный анализ отношений каждого коммерсанта со всеми другими.
Следя с помощью подобных записей за деятельностью служебной кассы и счетоводов и имея возможность убедиться в точности их перечислений, Мольен задался вопросом, почему бы подобную систему учета не ввести и в самом Казначействе, сделав ее единственной и обязательной. Не осмелившись тотчас изменить всю бухгалтерию Империи, он задумал ввести вторую систему учета совместно с прежней. Он учредил счетную контору под руководством опытного бухгалтера, снабдил его счетоводами, привлеченными из различных коммерческих домов, и некоторым количеством молодых людей, принадлежавших к старым династиям финансистов. Он приказал им вести методом двойной записи учет операций с теми генеральными сборщиками, которые, не имея намерений скрывать от Казначейства правду, искали, напротив, наилучших средств быть осведомленными. Другим — избегавшим новой системы записей без дурных намерений, а лишь из-за самой ее новизны и своего невежества — прислали молодых людей из парижской конторы для обучения новой системе. Наконец, ее сделали обязательной для тех, кого подозревали в махинациях. Понадобилось совсем немного времени, чтобы узнать, что многие счетоводы являлись должниками. Едва эта это обстоятельство открылось, стало ясно, что следует менять всю систему бухгалтерии.
Наполеон, который всегда поддерживал полезные новшества, отвергая дурные, после своего возвращения непрестанно следил за ходом этого финансового эксперимента и разрешил Мольену составить декрет для введения новой системы учета во всей Империи, начиная с 1 января 1808 года. Основную часть декрета составило точное описание сделавшихся обязательными отношений каждого счетовода со служебной кассой. Все сборщики, все плательщики и получатели общественных средств были отныне обязаны вести ежедневный журнал всех операций и каждые десять дней отсылать его в Казначейство, которое, сопоставляя все эти журналы друг с другом, было теперь в состоянии точно устанавливать приход и расход средств и платить и требовать только те проценты, которые оно должно или которые должны ему.