Вступив в Коимбру, французы обнаружили, что большая часть населения разбежалась, а богатые жители, погрузив всё самое ценное на суда, уплыли по Мондегу к морю. Большинство домов были разорены англичанами, но не жителями, которые не имели ни малейшего желания уничтожать свои запасы ради того, чтобы уморить голодом французов. Массена не хотел ничего разрушать и приказал всем генералам чтить чужую собственность, но голодных солдат, привыкших к тому, что португальцы сами разоряют свои жилища, удержать было трудно. Заходя в опустевшие или уже разграбленные дома, видя рассыпанное зерно и пробитые бочки с вином, они без всяких угрызений довершали разорение, начатое самими хозяевами или их союзниками. Город был слишком велик, чтобы за несколько часов англичанам удалось вывезти и уничтожить все припасы: в домах и на складах нашлось много продуктов. К сожалению, генерал Жюно не озаботился подавлением беспорядков, и склады были бессмысленно разграблены.
Заметив, что при соблюдении осторожности в Португалии можно найти продовольствие и, главное, заинтересовать португальцев в том, чтобы они его не уничтожали, Массена сделал гневный выговор своим заместителям, в особенности Жюно, и этим выговором отнюдь не прибавил любви к себе. Однако он постарался остановить разорение, ободрить жителей и вернуть их в Коимбру. Наведя в городе некоторый порядок, он решил оставить в нем самую большую свою ценность — около трех тысяч раненых, подобранных на поле битвы в Буссако. Он приказал подготовить просторный госпиталь, снабженный всем необходимым, оставил в нем несколько армейских врачей и охрану в сотню гвардейских моряков, приданных Португальской экспедиции. Такой охраны было довольно, чтобы обезопасить госпиталь от посягательств жителей, но не хватило бы для обороны города от нападения извне. Чтобы предотвратить такую опасность, понадобилось бы не менее грех тысяч человек. Однако Массена уже потерял более четырех тысяч человек убитыми и ранеными в Буссако, и почти тысячу человек заболевшими в пути из Алмейды. Поэтому по прибытии в Коимбру у него оставалось лишь 45 тысяч солдат. Он предпочел довериться жителям города в отношении раненых, нежели рисковать проиграть сражение из-за недостатка сил.
Массена собрал главных жителей Коимбры, поручил им своих раненых, обещал оплатить уход за ними бережным отношением к стране и пригрозил суровой карой, если с вверенными их человечности немощными солдатами случится какое-нибудь несчастье.
Покончив с делами в городе за три дня, Массена продолжил путь на Лиссабон. Он сформировал новый авангард под командованием Монбрена из всей легкой кавалерии и части драгун, а из другой части драгун — арьергард под командованием генерала Трельяра. Подкрепив авангард легкой пехотой, он послал его в погоню за англичанами, дабы помешать разорению местности при отступлении. И в самом деле, придя из Коимбры в Кондейшу, Массена обнаружил припасы, не тронутые англичанами, которые удалось спасти. Однако и здесь Жюно позволил своим солдатам разграбить их, что навлекло на него новые выговоры главнокомандующего. Шестого октября авангард вступил в Лейрию, плотно тесня неприятеля, однако содержавшиеся в городе припасы спасти не удалось. Вся армия прибыла в Лейрию на следующий день.