В соответствии с этими планами Наполеон и начертал инструкции, по-прежнему самые общие, ибо был всецело поглощен подготовкой к Саксонской кампании. Досадуя на то, что курьеры порой добирались из Парижа до Мадрида за тридцать—сорок дней, а главное, желая подчинить провинции Эбро, которые он планировал присоединить к Франции, Наполеон предписывал любой ценой восстановить коммуникации, с присущей ему запальчивостью повторяя, что это стыд и позор: у границ Франции курьеры подвергаются большей опасности, чем посреди Ла-Манчи или Кастилии! Поэтому он приказывал потратить зиму на подавление банд Мины, Лонги, Порлье и других банд, опустошавших Наварру, Гипускоа, Бискайю и Алаву. Чтобы обеспечить успех операций, Наполеон приказал Жозефу оставить Мадрид, уже не интересовавший его; перевезти двор в Вальядолид; отвести основные французские силы в Старую Кастилию; Португальскую армию приблизить к Бургосу и предоставить большую ее часть в распоряжение Клозеля для уничтожения банд; Андалусскую армию передвинуть от Талаверы к Саламанке, а армию Центра — от Мадрида к Сеговии, оставив в столице одно подразделение, дабы она не казалась окончательно оставленной. Укротить на достаточно долгое время банды, о которых шла речь, было невозможно, и Жозеф не без основания называл их Вандеей, против которой моральные средства воздействия работали сильнее физических. Поэтому вызывало сомнения, что лишние двадцать тысяч человек помогут Клозелю победить банды, но зато было совершенно достоверно, что Жозеф, лишившись этих двадцати тысяч, будет не в состоянии победить англичан. Однако Наполеон, денно и нощно трудившийся над восстановлением военной мощи Франции, не читая испанской корреспонденции и приказывая издалека, счел, что подкрепление генерала Клозеля позволит ему покончить с герильясами в течение зимы и к весне все успеют воссоединиться и сообща двинуться навстречу англичанам.
Инструкции Наполеона, переданные через военного министра в январе и повторенные в феврале, прибыли в первый раз только в середине февраля, а во второй раз — в начале марта, то есть примерно через месяц после того, как были отправлены. Это была первая потеря времени, крайне досадная, порожденная теми самыми обстоятельствами, которые так живо задевали Наполеона: все дороги оказались заняты бандами повстанцев. Жозеф очень не хотел расставаться с Мадридом. Но его собственный рассудок и маршал Журдан. говорили ему, что на эту жертву следует решиться. Приказы Наполеона послужили только тому, что Жозеф принял окончательное решение. Лучше было бы, конечно, сделать это раньше, ибо тогда солдаты, которых намеревались предоставить Клозелю, были бы уже свободны, но Жозеф, хоть и склонявшийся к такому решению, смог окончательно его принять в последнюю минуту. Наконец он отдал приказ перевести двор и правительство в Вальядолид, оставив, однако, одну дивизию в Мадриде.
Нужно было вывезти девять тысяч раненых и больных, укрыть в надежном месте такое количество снаряжения, перевезти столько семей чиновников, что эвакуация потребовала около месяца. Водворение на новом месте завершилось только к началу апреля. Войска были распределены следующим образом. Португальская армия была переведена из Саламанки в Бургос. Она сократилась (вследствие отсылки лишних офицеров и переформирования действующего состава в меньшее количество полков) с восьми до шести дивизий и, потеряв в численности, выиграла в организации. Три ее дивизии были отправлены генералу Клозелю для содействия в подавлении банд; одна дивизия оставалась в Бургосе; две дивизии были расставлены перед Паленсией в готовности поддержать кавалерию у Эслы и в наблюдении за
Галисийской армией. Андалусская армия, переведенная из долины Тахо в долину Дуэро и соединявшаяся правым флангом с Португальской армией, занимала Дуэро и Тор-мес, наблюдая за англо-португальской армией, расположившейся в Бейре. Одна из ее дивизий, дивизия генерала Леваля, была оставлена в Мадриде для видимости оккупации столицы и сбора податей. Наконец, одна из двух дивизий армии Центра расположилась в самом Вальядолиде, а другая — в Сеговии, дабы поддержать дивизию Леваля, которая осталась без какой-либо поддержки посреди Новой Кастилии.
Три армии, которые в январе числили еще 86 тысяч опытных солдат, в том числе 12 тысяч превосходных кавалеристов, в апреле насчитывали только 76 тысяч, вследствие отъезда офицеров и элитных солдат, которых Наполеон отозвал в Саксонию. Разделение на три армии представляло множество неудобств, ибо, несмотря на отзыв командиров, противившихся власти Жозефа, во всех трех главных штабах оставались еще чрезвычайно опасные тенденции к изоляции. Можно было всё спасти, объединив эти армии в одну, поместив ее под начало одного командующего, такого как генерал Клозель, — надежного на поле боя и послушного Главному штабу, — полностью воссоединив ее между Вальядолидом и Бургосом и предоставив ей время для отдыха, починки снаряжения и формирования складов. К несчастью, этого не было сделано.