17 февраля, после коротких отчаянных приготовлений, беглецы из Пеенемюнде отправились в Блейхроде, город близ Нордхаузена, где они сделали свою первую остановку на пути в южном направлении. Их конечной целью был Обераммергау, расположенный в Баварии. В распоряжении группы были поезда, грузовики и баржа, ее использовали для транспортировки отобранного оборудования и документов. Всего в этом переезде участвовали 525 человек — технический персонал вместе с семьями. Когда они отправились в путь, уже был слышен грохот русской артиллерии. Покидая Пеенемюнде, беженцы постарались с помощью динамита уничтожить как можно больше ракетных установок. Эти отчаянные усилия не позволить русским получить важное техническое оборудование увенчались только частичным успехом. Как только Пеенемюнде был захвачен советскими войсками, небольшое количество брошенного уцелевшего оборудования было отправлено в Советский Союз.
Чтобы облегчить свое движение на юг, фон Браун предусмотрительно подделал документы и тем самым обеспечил себе безопасность, проходя через колонны беженцев и многочисленные контрольно-пропускные пункты, установленные повсюду для отлавливания дезертиров. Несмотря на тревожные моменты, они успешно добрались до Тюрингии. Однако по дороге произошел один почти трагический инцидент: фон Браун сильно пострадал в автомобильной аварии.
Во время остановки в Блейхроде отряд из Пеенемюнде принял меры, чтобы спрятать в заброшенной шахте 14 т документации. Это были бесценные материалы, собранные за более чем десятилетний период исследований и экспериментов. Долгое путешествие закончилось 4 апреля, когда фон Браун и его соратники добрались до удаленной лыжной базы в Баварии. Именно здесь фон Браун, Дорнбергер и его техническая элита, участвовавшая в ракетной программе Германии, сдадутся, в конце концов, американской армии.
В конце войны район Нордхаузена — место, где располагался завод Миттельверк и были спрятаны документы, — стал главной ареной напряженного соревнования между союзниками с целью захватить сохранившиеся остатки технологии ФАУ-2. В апреле 1945 года район Нордхаузена, как зеркало, отражал весь тот хаос, который охватил Германию в час ее поражения. Известный американский летчик Чарльз Линдберг оставил одно из наиболее ярких воспоминаний об этом времени. Линдберг приехал в оккупированную Германию как член военно-морской технической миссии, что позволяло ему получить доступ к некоторым ключевым нацистским военным объектам и учреждениям, связанным с передовыми разработками в области вооружений. Он появился в Нордхаузене вскоре после того, как передовые отряды американской армии обнаружили подземный завод Миттельверк. Передвигаясь в сопровождении джипов и грузовиков, группа Линдберга достигла районов, которые все еще находились под слабым контролем остатков германской армии — по его словам, «армия сдавалась, но все еще сохраняла в целости пушки и дисциплину». На одном перекрестке, вспоминал он, его команда столкнулась с целым полком на марше — «грузовики, орудия, тысячи вооруженных пехотинцев, растянувшихся вереницей под прямым углом к линии нашего передвижения. Колонна германских солдат в зеленых мундирах, которой, казалось, нет конца, двигалась в одном направлении, и один американский джип внезапно появился перед ними, подобно жужжащей мухе перед телом змеи». Эта была такая же сцена хаоса, как и те, с которыми столкнулся фон Браун за несколько дней до приезда Линдберга.
Позднее Линдберг посетил завод Миттельверк, где он пристально изучал конвейер для сборки ракет ФАУ-2, оставленный немцами. Это посещение Линдберг никогда не забудет. Он въехал на джипе прямо в подземный завод, который был создан в пустотах, полученных за счет взрывов твердых горных пород. Он вблизи наблюдал этот комплекс: «Сотни узлов от ФАУ-2 лежали на платформах или были разбросаны по земле: конические носовые обтекатели, цилиндрические корпуса, большие топливные баки для жидкого кислорода или спирта. Несколько сверкающих и снабженных оперением хвостовых частей стояли вертикально, подобно индейским вигвамам… Мы вышли из джипа и прошли в боковой туннель, в котором находилась линия по производству двигателей для ФАУ-2. В другом туннеле мы увидели полностью собранную ракету… Мы ходили туда и обратно по поперечным туннелям. Они тянулись на километры, освещенные, безлюдные, молчаливые». Даже осматривая кладбище ракет в Миттельверк, Линдберг не представлял, что американская армия вскоре будет вовлечена в бурную азартную игру по восстановлению этого технологического наследия нацистской Германии — в ущерб Советскому Союзу.