Впервые о ФАУ-2 Черток узнал в 1944 году, когда Советы вошли в Польшу и раздобыли остатки новой ракеты с покинутой германской ракетной испытательной базы. Сотрудничество с британской военной разведкой быстро вскрыло возможности секретного оружия. Исследовательский институт НИИ-1, в котором работал Черток, собирал сведения в Польше. В 1945 году Черток и другие доказывали, что для достижения первого успеха в этой технологии будущего должны осуществляться систематизированные поиски ракет ФАУ-2. Однако те, к кому он обращался в авиационной промышленности, не разделяли чувства Чертока; для них основной задачей было собирать передовые немецкие станки и ракетные двигатели. Но Черток, как инженер, испытывал профессиональный интерес прежде всего к немецким достижениям в технологиях наведения, в разработке реактивных двигателей и радиоуправления. Он восхищался тем, что немцы сумели создать мощный ракетный двигатель на жидком топливе, который мог превысить скорость звука и действовать как снаряд для бомбардировки целей союзников. Когда война подходила к концу, Черток осознал, насколько важным для Советского Союза будет, по его словам, «первыми найти и захватить интеллектуальные военные трофеи в области ракетных технологий».
Черток прилетел в разрушенную войной Германию в конце апреля 1945 года как участник группы, возглавляемой генералом Николаем Петровым — одной из нескольких групп, которые искали технологические трофеи нацистской Германии. После окончания войны, 1 июня 1945 года, Черток впервые посетил Пеенемюнде. В своих мемуарах он писал, что его тянули на испытательную площадку «техническое любопытство» и «чувство долга перед своей страной». Пролетая над этой территорией, он был поражен необыкновенной красотой балтийского побережья и тем, что со стороны Пеенемюнде выглядело как курорт. При более внимательном осмотре он обнаружил заброшенную немецкую ракетную базу, разрушенные здания, покинутые лаборатории, испытательные стенды и заводские комплексы. Немцы аккуратно демонтировали полигон до того, как его захватят советские войска, вплоть до уничтожения станков и оборудования. Но бункеры остались нетронутыми, как и дороги, как и тщательно разработанная сеть силовых и сигнальных кабелей — все это выглядело теперь как скелет Пеенемюнде. До своей эвакуации немцы проделали внушительную работу, чтобы эти сокровища Пеенемюнде не достались советским победителям.
Позже, 14 июня, Черток прибыл со своей группой в Нордхаузен. На этот раз Черток внимательно осматривал центр производства ФАУ-2 на полигоне в Миттельверке. Он отметил, что город сразу после войны был разрушен бомбардировками союзников. Он посетил Кэмп Дора, в котором жили и работали на конвейерных линиях Миттельверке тысячи пленных. В тот момент, как отметил Черток, печально известный лагерь смерти был очищен, мертвых похоронили, а оставшихся в живых кормили, и им был предоставлен приют. Один бывший заключенный лагеря вызвал у Чертока восторг, предложив ему гироскоп с ракеты ФАУ-2, который он спрятал и хранил много месяцев. Как только Черток добрался до подземного завода Миттельверк, он увидел, что американцы успешно вывезли самые ценные частично собранные ФАУ-2 и огромное количество компонентов ракеты. Местный немецкий инженер, который до этого работал на заводе, сообщил Чертоку, что сборочные линии действовали до последних дней войны и производили 35 снарядов в день. Он сказал, что американцы вывезли основную часть ракет, но все еще полагал, что русские смогут раскопать кое-что среди оставшихся обломков и мусора и восстановить около 20 ракет. Это был утешительный приз, доставшийся Советам.