Со временем Черток вместе со своей командой поселился в Вилла Франк, бывшем особняке богатого семейства, неподалеку от Бляйхроде, где временно жил фон Браун в последние дни войны. Черток был поражен богатством этого дома: большие комнаты, мраморная лестница, картины в золоченых рамах, роскошная обстановка. Черток со своей маленькой группой усердно работал над реконструкцией системы управления полетом ФАУ-2. Чтобы добиться этого, они организовали Институт РАБЕ (аббревиатура от немецкого «Ракетостроение и разработки в Бляйхроде»). Целью этой организации была координация исследований и мобилизация немецких техников для обеспечения необходимыми сведениями. Черток даже предпринял безуспешную попытку привлечь фон Брауна на советскую сторону. Однако успешной оказалась организация исследовательского центра в Лехенстене, где сохранился неповрежденным испытательный стенд для двигателей ФАУ-2. Здесь русские разработали программу исследований технологий реактивного движения. Коллектив в Лехенстене, который будет работать в Германии до января 1947 года, возглавлял Валентин Глушко, ставший ведущей фигурой советской космической программы.
Организация русскими своей ракетной программы была сложным делом, особенно сразу после Второй мировой войны. В августе 1945 года Институт РАБЕ, в котором работал Черток, был подчинен Главному артиллерийскому управлению. Позднее генерал Лев Гайдуков, который курировал развитие советских «катюш», организовал межведомственную комиссию, занимающуюся технологиями ФАУ-2. В этом процессе не было ни споров, ни недопонимания. Главной целью русских было найти способы восстановления производства ФАУ-2 и набрать бывших немецких техников для помощи в изучении этого передового вооружения. Советская кампания по максимальному использованию того, что осталось от передового немецкого вооружения, особенно ФАУ-2, не всегда была хорошо упорядоченной. Множество организаций брали на себя функции по координации сбора данных, исследований и испытаний. Некоторое итоговое объединение сделал в мае 1946 года Сталин, утвердив для надзора за согласованной программой исследований в области ракетостроения «Специальный комитет № 2». Это учреждение должно было организовать производство советских ракет-носителей в послевоенные годы, используя ФАУ-2 в качестве базовой технологии. В итоге Сталин утвердил ракетную программу, распределенную среди различных промышленных отраслей, во главе которой стоял специальный правительственный комитет для надзора за исследованиями и разработками. Среди этих организационных изменений вскоре выявился лидер советских ракетно-космических программ — министр вооружений Дмитрий Устинов.
Основным слабым звеном Советов была неспособность привлечь высокопоставленных и талантливых немецких ученых, связанных с ракетной программой в Пеенемюнде. Главным исключением было привлечение бывшего ассистента фон Брауна Гельмута Гретрупа, ведущей фигуры в Пеенемюнде, где он руководил лабораторией систем управления и телеметрии. Исключив возможность присоединиться к фон Брауну в Баварии или, что более важно, сдаться американцам, Гретруп со своей семьей в сентябре 1945 года решил перейти к русским в институт РАБЕ. Он сделал этот выбор, в немалой степени руководствуясь материальными стимулами, предложенными русскими, и перспективой остаться в Германии. Также удалось убедить перейти на сторону русских другие ключевые фигуры: специалиста по аэродинамике Вернера Альбринга, инженера-конструктора Йозефа Бласса, специалиста по управлению и наведению Йоханнеса Хоха, специалиста по гироскопам Курта Магнуса, химика по жидкому топливу Франца Матеса и других.
Зависимость от немецких специалистов отражала отсталость советской ракетной программы. Немцы, которые сотрудничали со своими советскими владыками, пользовались многими привилегиями и финансовой поддержкой, но их статус оставался весьма низким. Они постоянно работали в атмосфере секретности и вездесущего присутствия секретных служб. Их участие строго сводилось к консультациям при минимальной независимости. Работа в русской ракетной программе сопровождалась риском, как показал октябрь 1946 года, когда сталинские секретные органы депортировали отдельных немецких технических специалистов, включая Гретрупа, в Советский Союз. Около 2200 немецких специалистов в области авиации, ядерной энергетики, ракетостроения, электроники, радиолокации были вынуждены работать на различных советских промышленных предприятиях. Эта насильственная депортация кардинально отличалась от судьбы Вернера фон Брауна и специалистов Пеенемюнде, которые добровольно предпочли работать в Соединенных Штатах.