Кастильские ордена объединялись в национальные корпорации под управлением крупных магнатов, воевавших на стороне короны в маврском крестовом походе и в национальных и гражданских войнах, но при этом не слишком озабоченных религиозными аспектами этой борьбы. Их войска и ресурсы были частью национальных армий и действовали по королевскому приказу. В Кастилии три крупнейших ордена получали немалые доходы от большого поголовья овец и сезонного перегона их на новые пастбища. Орден госпитальеров стал крупнейшим землевладельцем в Арагоне, Алькантара владела почти половиной Эстремадуры, а Сантьяго – большей частью Новой Кастилии. На эти богатства содержались и монашествующие рыцари, происходившие из бедных дворянских родов, которые мало интересовались священной войной, но были храбрыми и умелыми бойцами. Ордена существовали в структуре испанских королевств и, несмотря на свои богатства и силу, не могли надеяться на образование независимых орденских государств, как на Родосе или в Пруссии. Корона же именно в силу богатства и мощи орденов стремилась к максимальному контролю над ними. Короли вмешивались в выборы и уговаривали пап выставлять кандидатов на должности магистров; иногда монархи отказывались принимать вассальную присягу у выбранных магистров, в некоторых случаях принуждали неугодных отказываться от должности или даже организовывали их убийства. Несмотря на сопротивление и споры, короли и представители высшей знати проводили на должность магистра своих фаворитов и даже своих сыновей, в том числе и незаконнорожденных; так, Фернандо де Антекера сумел в 1409 году сделать своих сыновей магистрами Алькантары и Сантьяго. При этом, конечно же, среди рыцарей-монахов были и люди, действительно движимые идейными соображениями, предпринимались и серьезные, хотя и ни к чему не приведшие, попытки реформ. Последние не получили поддержки папского престола, который сам все время способствовал нарушению правил орденов. Женатые монархи не могли занимать должность магистра, но им можно было поручать определенные административные функции. Так, в 1456 году папа Каликст III назначил Генриха IV Кастильского администратором и губернатором сразу двух орденов – Сантьяго и Калатравы. Политические амбиции магистров также не способствовали моральному здоровью орденов, вовлекая братьев в интриги, расколы и насилие. И только орден госпитальеров и Тевтонский орден избежали подобных трудностей благодаря тому, что запретили большинству представителей знати их орденских государств вступать в орден в качестве рыцарей-монахов.
Португалия больше не граничила с мусульманами. И португальское отделение ордена Сантьяго выбрало собственного магистра и стало независимым. Национальными португальскими орденами были также Авиш (орден святого Беннета Авишского) и орден Христа, основанный в 1319 году на бывших владениях тамплиеров. Португальские ордена, в том числе и отделение ордена госпитальеров, сражались у реки Саладо в 1340 году, но большую часть времени они были вовлечены в местные политические дела и подчинялись короне, которой, как и в Кастилии, удавалось назначать магистрами принцев королевской крови и других знатных особ, приближенных ко двору. Что же касается португальских госпитальеров, то к 1375 году они уже девять лет не посылали средства на Родос. В 1385 году регент Португалии, незаконнорожденный сын короля Педру I, воспитанный магистром ордена Христа и ставший магистром Авиша, возглавил национальное сопротивление кастильскому вторжению и стал королем Жуаном I (положив начало Авишской династии, правившей Португалией до 1580 года). Когда португальская Реконкиста перекинулась за море, ордена опять на короткое время занялись священной войной. Магистр ордена Христа и приор госпитальеров принимали участие в захвате Сеуты в Марокко в 1415 году. Около 1418 года папа Мартин V назначил губернатором ордена Христа принца Энрики, использовавшего рыцарей ордена и его богатства для географических открытий. В 1443 году папа пожаловал ордену все земли, которые тот сможет захватить в будущем в Марокко, на островах Атлантического океана и в других заморских странах, а в 1457 году Энрики пожаловал ему двадцатую часть доходов Гвинеи. Королевское вмешательство в дела португальских орденов, участие орденов в национальной светской политике, внутренние раздоры, частое назначение принцев королевской крови на управление орденами и их доходами продолжались, но в организуемых папами крестовых экспедициях в Марокко ордена участвовали нечасто. Отряды трех португальских орденов приняли участие в 1437 году в неудавшемся нападении на Танжер, а в 1471 году португальские госпитальеры были среди армии, атаковавшей Арзилу. Все три португальских ордена и португальские госпитальеры отказались в 1456 году от предложения папы организовать постоянные форпосты в Сеуте и держать в них треть своих членов, а в 1467 году папская курия заявила, что португальские ордена не обязаны участвовать в наступательных войнах (это решение вызвало протесты в самой Португалии).