На Родосе госпитальеры защищали латинские суда и противостояли турецким эмирам Анатолийского побережья (напротив Родоса), а потом и туркам-османам, надвигавшимся с севера. Орден госпитальеров, в отличие от национальных испанских орденов и Тевтонского ордена, представлял собою настоящую международную организацию, способную существовать на территориях различных государств и не бояться угроз отдельных монархов. Военная деятельность госпитальеров не была направлена в одну точку, как действия тевтонцев, и они не должны были воевать без передышки и с таким напряжением сил. Однако это вовсе не означало, что орден святого Иоанна был слабее национальных организацпй. Орденское государство госпитальеров на Родосе просуществовало несколько веков. Устройство его было таково, что власть магистра на этом острове была весьма сильной, но внутри ордена она ограничивалась многонациональной олигархиен высших чиновников, регулярными собраниями генерального капитула и пунктами устава. А подразделение ордена на языки (langues) и резиденции (аuberges) для каждой национальной группы помогало распределению власти и снятию напряженности между братьями различного происхождения.
Родос представлял собой сравнительно небольшой остров с ограниченными ресурсами, но при хороших каменных укреплениях его можно было защищать небольшими силами. Вооруженные действия госпитальеров не носили затяжного характера и чередовались периодами полного мира, к помощи же наемников прибегали только в исключительных случаях. Число постоянно проживавших на Родосе братьев, вероятно, варьировалось от 250 до 450. В отличие от Пруссии Родосу были нужны не люди, а деньги, и главным образом для того, чтобы платить за ввоз необходимых продуктов питания. Кое-какие средства родосским госпитальерам приносил порт и экономика самого острова, основные же деньги поступали из западных приорств. Островное положение орденского государства потребовало создания флота и организации экономики и управления таким образом, чтобы обеспечить возможность защитить остров от любых нападений. Гавань приносила перевозки паломников, пиратов, торговлю и налоги; население острова производило продукты питания и предоставляло в случае нужды дополнительные военные силы; леса давали материал для строительства кораблей; жители строили башни и замки и служили гребцами на галерах. Родос попал в руки госпитальеров в результате капитуляции острова на оговоренных условиях, и греки, которых к 1522 году на острове было двадцать тысяч, не были притесняемы новыми властями – они жили безбедно, пользовались защитой рыцарей, имели голос в управлении островом и, будучи униатами, признававшими главенство римского папы, служили православную литургию.
Переехав с Кипра на Родос, госпитальеры перестали стремиться захватить Иерусалим, хотя продолжали время от времени помогать Киликийской Армении и сохранили за собой на Кипре командорство с сахарной факторией. После 1306 года их основной задачей стало препятствовать морской агрессии турок из Ментеше и оттеснять их на север к Смирне. Орден госпитальеров участвовал в латинских морских союзах против великого Умура Айдынского, в частности – в 1334 году. К этому времени финансовое положение острова стабилизировалось, однако предложения ордена о крестовых экспедициях в 1335 и 1336 годах не были поддержаны папой Бенедиктом XII, вероятно – из опасения, что госпитальеры заберут свои средства у папских флорентийских банкиров. В результате в 1343–1345 годах орден потерял огромную сумму в размере 360000 флоринов, когда обанкротились Барди, Аччаюоли и Перуцци. В довершение к этому в результате англо-французской н других войн, эпидемии чумы, начавшейся в 1347 году, и общего экономического и демографического упадка на Западе приток в орден новых членов и средств резко сократился, что повлекло за собой и ограничение военных действий рыцарей. Однако эффективность действий госпитальеров зависела не только от ресурсов, но и от опыта и умения. Одна-две галеры, защищавшие Родос, н пятьдесят или сто братьев с вспомогательными отрядами представляли собой немалую силу. Госпитальеры участвовали в крестовой экспедиции, захватившей в 1344 году Смирну, после чего взяли на себя защиту этого города. В 1359 году пятьдесят госпитальеров воевали с османами при Лампсакосе в Дарданеллском проливе, в 1361–1367 годах члены ордена участвовали в борьбе с турками на анатолийских берегах. Около ста братьев с четырьмя галерами под командованием адмирала Ферлино д'Айраска были частью крестоносной армии, захватившей в 1365 году Александрию. А к 1373 году госпитальеры оказались единственной военной силой, на которую мог рассчитывать папский престол для помощи Византии. Однако просьба византийцев о том, чтобы госпитальеры защитили Фессалоники и какой-то другой город – вероятно, Галлиполи, – не была удовлетворена. Экспедиция рыцарей-госпитальеров, посланная папой Григорием XI и отплывшая в Эпир в 1378 году, была ничтожно малочисленной и потерпела поражение от рук христиан албанцев Арты, которые захватили в плен магистра – Хуана Фернандеса де Эредиа – и потребовали за него выкуп. Следующий магистр, Филибер Найякский, и некоторые из братьев принимали участие в сражении при Никополе в 1396 году и после поражения спасли жпзш. венгерскому королю Спгизмунду.