С течением времени папские буллы постепенно освободили испанских монашествующих рыцарей от правил на вступление в брак, частную собственность, соблюдение постов, место жительства и молитвенную практику. Корона начала сама вести хозяйство командорств, и многие братья превратились в рантье, сохранявших свое членство к орденах из соображений чести, знатности и карьеры. С созданием же постоянной регулярной королевской армии ценность орденов как поставщиков опытной военной силы упала. В 1536 году Карл V начал дробление владений орденов для финансирования своей деятельности по защите христианства; он продал четырнадцать из пятидесяти одного командорства Калатравы, тринадцать из девяноста восьми командорств Сантьяго и три из тридцати восьми командорств Алькан-тары, в результате чего получил около 1700000 дукатов.
Королевская власть должна была как-то оправдать национализацию орденов, и кастильская корона объяснила это стремлением объединить все ресурсы для продолжения священной войны и обращения язычников; при этом подчеркивалось, что северная Африка, как и Гранада, – всего лишь первые шаги по дороге в Иерусалим. В 1506 году король Фердинанд собрал капитул Сантьяго, на котором было решено основать монастырь в Оране (Алжир); строились также планы организовать отделения Калатравы и Алькантары в Северной Африке. Все эти предложения обсуждались до XVII века, но ни к чему конкретному не привели. Отдельные братья кастильских орденов занимали в королевстве военные должности, но сами ордена бездействовали. С 1518 по 1598 год из более тысячи рыцарей Сантьяго только пятьдесят или шестьдесят воевали с «неверными». По крайней мере восемь членов Сантьяго приняли участие в Тунисской экспедиции 1535 года, а в 1565-м несколько человек помогали защищать Мальту. С 1552 года орден Сантьяго стал выделять около 14000 дукатов в год на содержание трех или четырех галер в Средиземном море, которые в 1561 году вошли в состав королевского флота. Эти галеры являлись прежде всего символом, однако при великом командоре Кастилии Луисе де Рекесенсе они сыграли заметную роль в бою при Лепанто (1571 год). Любопытно, что Луис де Рекесенс был принят в Сантьяго в одиннадцатилетнем возрасте, а Альваро Басан, чья блестящая карьера во флоте включала участие в сражениях у Мальты и при Лепанто, – в двухлетнем (в 1528 году). После 1571 года Испанию занимали, в первую очередь, события на севере Европы, и священная война отошла на второй, а то и на третий план. К этому времени большинство братьев просто перестали выполнять свои обязанности. Так, член ордена и поэт Луис де Гонгора был публично подвергнут критике за отказ в 1614 году подчиниться королевскому приказу о службе в Марморе в Африке.
В то время как испанские и Тевтонский ордена претерпевали фундаментальные изменения, приведшие к прекращению ими активных действий, орден госпитальеров продолжал воевать. Его по-прежнему поддерживали и папа, и император, и многие другие правители. Папа Климент VII, выбранный в 1523 году при участии магистра госпитальеров, раньше и сам был членом этого ордена. После вынужденного отплытия с Родоса в 1523 году великий магистр родосских рыцарей Филипп Вплльс де л'Иль-Адап со своими рыцарями странствовал целых восемь лет по различным городам и весям в поисках новой постоянной резиденции, они побывали и в Мессине, и в Чивитавеккье, и в Вптербо, и в Пицце, сохраняя во всех своих мытарствах организационную структуру ордена и его дух. Большинство членов ордена были французами, но помог им в конце концов испанский король, император Священной Римской империи Карл V. Он отдал ордену в ленное владение маленький скалистый остров Мальту с двумя соседними островами – Гоцо и Комнно (в Средиземном море между Сицилией и северо-африканскпм побережьем), после чего госпитальеры стали называть себя мальтийскими рыцарями. Они признали сюзеренитет Сицилии и обязались защищать новый материковый плацдарм в Африке – Триполи, захваченный испанцами в 1510 году. Рыцари, однако, не теряли надежду вернуться на Родос или в Южную Грецию и поселились в 1530 году на Мальте без особого энтузиазма. Там к ним присоединились их латинские и греческие подданные, покинувшие Родос вслед за орденом. В это время Франция заигрывала с турками, так что госпитальеры оказались на Мальте исключительно по испанской инициативе, и даже магистром их в 1536–1553 годах был арагонец – Хуан де Омедес.
Мальтийский орден (как стал с этих пор называться орден госпитальеров) продолжал проводить активную антитурецкую деятельность, практически он стал форпостом христианских держав в борьбе с Османской империей, достигшей к этому времени апогея своего могущества. Вскоре после переселения на остров рыцари помогли императорскому флоту овладеть африканской крепостью Галетой. В 1531 году они участвовали в экспедиции в Южную Грецию, а в 1535 – в Тунис. В 1541 году мальтийские рыцари поддержали императорские войска, уже отступавшие под натиском алжирцев. Мальта располагала великолепной гаванью и, находясь между испанской Сицилией и османской Африкой, представляла собой прекрасную базу для ведения военных действий на море против турецких армад и африканских корсаров. Рыцари договорились о беспошлинном ввозе зерна из Сицилии и укрепили гавань. Они привезли с собой с Родоса свои реликвии п часть архива ордена и продемонстрировали замечательную способность приспосабливаться к новым условиям без ущерба для фундаментальной структуры орденского государства (из чего следует, что существование военно-монашеского ордена не обязательно зависит от его террториального местонахождения). В 1551 году Триполи был захвачен турками, а мальтийский остров Гоцо подвергся разрушительному нападению. Но рыцари продолжали воевать. Наивысшего расцвета Мальтийский орден достиг в правление великого магистра Жана де ла Валлетта (1557–1568), ветерана последней осады Родоса в 1522 году при котором Мальте пришлось выдержать страшную осаду турок. К моменту нападения османов крепость Сент-Анжело, новый город Изола и форт Сент-Эльмо при входе в гавань были уже хорошо укреплены. Турок бы то намного больше, чем защитников острова, но благодаря тому, что Жан де ла Валлетт был опытным и отважным воином и талантливым военачальником и ему помогало все мальтийское население, Малы-, продержалась до прибытия спасательной экспедиции под командованием вице-короля Палермо и командора ордена Сантьяго Гарспа дг Толедо. После четырехмесячной осады турки были вынуждены отступить, потеряв свыше двадцати тысяч человек.