Тевтонский орден после падения Мальты еще какое-то время продолжал участвовать в военных действиях. Орден потерял в 1525 году Пруссию, но сохранил владения во многих католических и даже некоторых протестантских немецких землях. После 1525 года резиденция немецкого магистра находилась в Мергентейме во Франконии, и там в течение нескольких веков немецкий магистр, принявший на себя и функции гроссмейстера, содержал небольшой двор и имел статус немецкого князя. В это же время большинство населения Ливонии, где орден контролировал многие города п крепости, перешло в лютеранство, но немецкие братья-рыцари продолжали сражаться – с православными русскими и время от времени с ливонскими лютеранами. В 1561 году последний ливонский магистр Готхард Кеттлер сам перешел в протестантство п превратил орденское государство в светское. Часть Ливонии отошла к Польше, а бывший магистр стал наследственным герцогом Курляндии и Семигаллена. К 1577 году в Тевтонском ордене насчитывалось всего сто семьдесят один человек. Мергентейм не был орденским государством, он представлял собой независимое немецкое княжество под управлением гроссмейстеров, как правило – членов австрийского правящего дома (например, с 1595 года орденом управлял Максимилиан Габсбургский). Тевтонский орден продолжал придерживаться старой административной системы и по-прежнему требовал при приеме новых членов доказательств благородного происхождения. В стремлении сохранить орден рыцари уделяли большое внимание старинным традициям немецкой аристократии. По примеру немецких дворян – членов ордена госпитальеров, действовавших на Мальте, тевтонские рыцари не раз выдвигали предложения о защите крепостей или даже переносе резиденции ордена на венгерскую границу для борьбы с «неверными». Но после 1595 года, когда Максимилиан Габсбургский посылал тевтонских рыцарей воевать с турками, они попадали на фронт в качестве членов императорского двора, а не представителей Тевтонского ордена. После 1606 года все тевтонские рыцари теоретически были обязаны прослужить в армии ордена три года, но на практике вместо этого они могли управлять командорствамп, занимать посты в администрации г. Мергентейме или вступать в регулярную немецкую армию. Начиная с 1648 года в орден на равных правах стали приниматься лютеране и кальвинисты, и Тевтонский орден стал трех-конфессиональным.
В 1658 году Тевтонский орден обсуждал планы совместных действий с Венецией п Мальтой, а в 1662 – организации тевтонской флотилии на Дунае. В 1664 году гроссмейстер ордена Иоганн Каспар фон Ампринген командовал отрядом рыцарей в бою с турками в Венгрии, а в 1668 он провел неудачную экспедицию против турок на Крит. Некоторые тевтонские рыцари воевали в составе гарнизонов городов на османской границе. С 1696 года гроссмейстер финансировал полк, в составе австрийской армии, в котором служили члены ордена, получая жалованье как от своих командорств, так и от австрийского военного начальства; в 1740 году тевтонцы принимали участие в австро-прусской войне, но не в качестве рыцарей военно-монашеского ордена, а как представители немецкого княжества. Другими словами, Тевтонский орден как таковой в начале XVIII века воевал крайне редко. В 1699 году орден насчитывал всего девяносто четыре рыцаря и пятьдесят восемь священников. Тевтонский орден пробыл в Мергентейме до 1809 года, после чего перенес свою резиденцию в Вену. Как и орден святого Стефана и испанские ордена, он был инкорпорирован в светскую армию, однако владения ордена, сохранившиеся за пределами Австрии, обеспечивали ему некоторую независимость.
Испанские ордена тоже стали редко участвовать в военных действиях. В 1625 году три испанских ордена насчитывали 1452 брата, и из них 949 – почти две трети – состояли в ордене Сантьяго. В 1637 и в 1645 годах король Испании и Португалии Филипп IV, готовясь к войне с Францией, неоднократно требовал от братьев выполнить их военные обязанности перед короной, но орденское дворянство совсем не стремилось участвовать в сражениях и всячески пыталось избегать этого с помощью протестов и уловок. В 1640 году для формирования батальона было собрано 1543 рыцаря из военно-монашеских орденов, включая орден Монтесы, но только 169 (11 процентов) из них оказались пригодными для защиты родной земли – остальные братья были либо слишком молоды, либо слишком стары, либо слишком больны, либо просто не хотели принимать участие в военных действиях. Последние посылали за свой счет замену, платили штрафы или укрывались от призыва. И в конце концов этот батальон был послан на усмирение взбунтовавшихся каталонцев. После этого инцидента рыцари стали откупаться от обязанности нести военную службу. Как и в случае Тевтонского ордена, члены которого воевали за интересы австрийского престола, батальон испанских орденов не представлял собой группу рыцарей-монахов, защищавших христианское дело, набранные туда люди просто были обязаны защищать территории своего светского государя. В 1775 году три полка, содержавшихся Алькантарой, Сантьяго и Монтесой, послали на осаду Алжира всего 468 человек. Испанские ордена превратились в анахронизм. Что же касается португальских орденов, то они перестали существовать в 1820–1834 годах, а владения всех трех кастильских орденов были конфискованы в 1835 году.