После этого Диофант прошел по всему южному побережью Крыма и с кровопролитными боями уничтожил все поселения и укрепленные пункты тавров, включая главное святилище тавров – богини Девы (Парфенос), расположенное на мысе Парфении у Бухты Символов (Балаклава). Остатки тавров ушли в Крымские горы. На их землях Диафант основал город Евпатории (вероятно у Балаклавы) – опорный пункт Понта в южном Крыму.
Освободив Феодосию от войска осаждавших ее рабов, Диафант разбил скифское войско у Пантикапея и вытеснил скифов с Керченского полуострова, взяв крепости Киммерик, Тиритаку и Нимфей. После этого Диафант с херсонесским и боспорским войсками прошел в степной Крым и взял скифские крепости Неаполь и Хабеи после восьмимесячной осады. В 109 году до н. э. Скифия во главе с Полаком признала власть Понта, потеряв все завоеванное Скилуром. Диофант вернулся в Синопу, столицу Понта, оставив гарнизоны в Евпатории, Прекрасной Гавани и Керкиниде.
Через год скифское войско Палака, собравшись с силами, опять начало боевые действия с Херсонесом и Боспорским царством, разбив в нескольких битвах их войска. Опять Митридат прислал флот с Диафантом, который оттеснил скифов в степной Крым, в генеральном сражении уничтожил войско скифов и занял Неаполь Скифский и Хабеи, при штурме которых скифский царь Палак погиб. Скифское государство потеряло самостоятельность. Следующие скифские цари признали власть Митридата VI Понтийского, отдали ему Ольвию и Тиру, выплачивали дань и давали воинов в его армию.
В 107 году до н. э. восставшее скифское население во главе с Савмаком захватили Пантикапей, убив боспорского царя Перисада. Диафант, проводивший в столице Боспора переговоры о передаче власти в царстве Митридату VI Понтийскому, успел уйти в город Нимфей, располагавшийся недалеко от Пантикапея, и морем уплыл в Херсонес, а оттуда в Синопу.
В течение двух месяцев войско Савмака полностью заняло Боспорское царство, удерживая его в течение года. Савмак стал правителем Боспора.
Весной 106 года до н. э. Диафант с огромным флотом вошел в Карантинную бухту Херсонеса Таврического, отбил у Савмака Феодосию и Пантикапей, захватив и его самого. Во ставших уничтожили, войска Диафанта утвердились на западе Крымского полуострова. Хозяином почти всего Крыма стал Митридат VI Понтийский, получая от населения Крымского полуострова громадное количество хлеба и серебра в виде дани Херсонес и Боспорское царство признали верховную власть Понта. Митридат VI стал царем Боспорского царства, включив в его состав Херсонес, сохранивший самоуправление и автономию. Во всех городах юго-западного Крыма появились понтийские гарнизоны, которые находились там до 89 года до н. э.
Понтийское царство мешало римлянам проводить свою завоевательную политику на востоке. Основанный в середине VIII века до н. э. небольшой городок в конце I века до н. э. стал империей, контролировавший громадные территории. Римские легионы имели четкое управление – десять когорт, каждая из которых делилась на три манипулы, имевшие в своем составе по две центурии. Легионер был одет в железный шлем, кожаный или железный панцирь, имел меч, кинжал, два дротика и щит. Солдаты были обучены колющему удару, наиболее эффективному в ближнем бою. Легион, имевший в своем составе 6000 воинов и отряд конницы, был самым мощным воинским формированием того времени. В 89 года до н. э. начались пять Митридатовых войн с Римом. В них на стороне Митридата участвовали почти все местные племена, включая скифов и сарматов. Во время I войны 89– 84 годов Боспорское царство отложилось от понтийского царя, но в 80 году его военачальник Неоптолем дважды разбил боспорскую армию и вернул Боспор под власть Митридата. Царем стал сын Митридата Махар. Во время третьей войны в 65 году до н. э. римские войска, возглавляемые полководцем Гнеем Помпеем, захватили основную территорию Понтийского царства. Митридат ушел в свои боспорские владения в Крыму, которые вскоре были блокированы с моря римским флотом. Римский флот в основном состоял из триер, бирем и либурн, основной движущей силой которых наряду с парусами были весла, расположенные в несколько рядов. Корабли имели тараны с тремя остриями и мощные подъемные трапы, которые при абордаже обрушивались сверху на неприятельское судно и ломали его корпус. По трапу при абордаже на корабль врага врывалась морская пехота, превратившаяся у римлян в особый род войск. Корабли имели тяжелые катапульты, бросавшие на чужие корабли глиняные горшки со смесью смолы и селитры, которые было невозможно залить водой, а только засыпать песком. Римская эскадра, осуществлявшая блокаду, имела приказ задерживать и казнить всех купцов, следующих в гавани Боспорского царства. Торговля Боспора терпела большой урон. Политика Митридата VI Евпатора, направленная на усиление местных племен Северного Причерноморья, большое количество налогов, введенных понтийским царем, римская блокада побережья не устраивали высшую знать Херсонеса и Боспорского царства. В Фанагории произошло антимитридатовское восстание, перекинувшееся в Херсонес, Феодосию, Нимфей и даже на армию Митридата. В 63 году до н. э. он покончил с собой. Боспорским царем стал сын Митридата Фарнак II, изменивший отцу и фактически организовавший и возглавивший восстание. Фарнак отправил тело убитого отца в Синопу к Помпею и выразил Риму полную покорность, за что был оставлен царем Боспора с подчинением ему Херсонеса, которыми правил до 47 года до н. э. Государствами Северного Причерноморья была утрачена политическая самостоятельность. Только территория тавров от Балаклавы до Феодосии оставалась независимой до прихода римских воинских соединений на Крымский полуостров.
В 63 году до н. э. Фарнак II заключил с Римской империей договор о дружбе, получив звание «друга и союзника Рима», Даваемое только после признания царя законным монархом. Союзник Рима был обязан охранять его границы, получая взамен деньги, покровительство Рима и право самоуправления, без права ведения самостоятельной внешней политики. Такой договор заключался с каждым новым царем Боспора, так как в римском праве не было понятия наследственной Царской власти. Становясь царем Боспора, очередной кандидат обязательно получал утверждение у римского императоpa, за которым ему иногда приходилось ездить в столицу империи, и регалии своей власти – курульное кресло и скипетр. Боспорский царь Котим I добавил к своему имени еще два – Тиберий Юлий, и все последующие боспорские цари механически добавляли эти два имени к своему собственному, создав династию Тибериев Юлиев. Римское правительство при проведении своей политики в Боспоре опиралось, как и везде, на боспорскую знать, связывая ее с собой экономическими и материальными интересами. Высшими гражданскими должностями в царстве были наместник острова, управляющий царским двором, главный спальничий, личный секретарь царя, главный писец, начальник отчетов; военными – стратег граждан, наварх, хилиарх, лохаг. Во главе граждан Боспорского государства стоял политарх. Примерно в этот период на Боспоре строится ряд крепостей, располагавшихся цепочкой на расстоянии зрительной связи друг от друга – Илурат, укрепления у современных сел Тосуново, Михайловка, Семеновка, Андреевна Южная. Толщина стен достигала пяти метров, вокруг них выкапывался ров. Крепости были построены и для защиты боспорских владений на Таманском полуострове. Сельские поселения Боспорского царства в первых веках нашей эры делились на три вида. В долинах были расположены неукрепленные деревни, состоящие из домов, отделенных друг от друга приусадебными участками. В местах, удобных для строительства укреплений, находились поселения, дома которых не имели приусадебных участков и теснились один около другого. Сельские виллы боспорской знати представляли собой мощные укрепленные усадьбы. На берегу Азовского моря у деревни Семеновка в первых веках нашей эры находилось поселение, наиболее изученное археологами. Каменные дома поселения имели деревянные перекрытия и крыши из плетеных прутьев, обмазанные глиной. Большинство домов были двухэтажными, внутри также обмазанные глиной. На первых этажах находились хозяйственные помещения, на вторых – жилые комнаты. Перед входом в дом находился дворик, выстланный каменными плитами, в котором было помещение для скота с яслями для сена, сделанными из поставленных на ребро каменных плит. Дома отапливались каменными или кирпичными печами с верхней глинобитной плитой с загнутыми кверху краями. Полы домов были земляными, иногда с настилом из досок. Жителями поселения были свободные землевладельцы. При раскопках поселения найдены оружие, монеты и другие предметы, которых не могло быть у рабов. Обнаружены также зернотерки, ткацкие станки, глиняные сосуды с пищей, культовые статуэтки, лепная посуда местного производства, светильники, костяные иглы для вязания сетей, бронзовые и железные крючки, пробковые и деревянные поплавки, каменные грузила, сети из крученного шнура, небольшие железные сошники, косы, серпы, зерна пшеницы, ячменя, чечевицы, проса, ржи, винодельни, виноградарские ножи, виноградные зерна и косточки, керамическая посуда – тара для хранения и перевозки зерна. Найденные монеты, краснолаковое блюдо, амфоры, стеклянные и бронзовые сосуды свидетельствуют о широких торговых связях между боспорскими городами и поселками.