В верховьях р. Белой, а также р. Лабы встречалось несколько видов металлических руд. Еще в 1930-е годы существовал трест «Лаба-золото». По Лабе, в верховьях реки Цеце (приток р. Пшехи), были обнаружены признаки серебристо-свинцовых руд. Между Белой и Лабой найдены железные руды. Между станицами Даховской и Каменномостской находили железный купорос.
Каменный уголь встречался в нескольких местах нагорной полосы. Наиболее богатые залежи находили в долинах Верхней Кубани и ее притоков. Залегал уголь тонкими пластами, от 4,45 до 53 сантиметров (это был бурый уголь и добывался он несколько лет). Каменный уголь встречался в бассейне реки Белой (пласты толщиной до 18 см). На реке Харнухт, притоке Лабы, встречались пласты толщиной до 3–5 метров. Большие куски, в 1–2 пуда весом и более, находили в русле реки Белой. В глубине Белой встречался кавказский мрамор. Между реками Ходзам и Малой Лабой, на Таманском полуострове, на берегу Черного моря добывался и перерабатывался алебастр. Громадные залежи цементного камня находят в районе Новороссийска. С Таманского полуострова и до реки Белой, по руслам рек и оврагам обнаруживали признаки нефти, но до конца XIX в. наладить ее добычу не удавалось. В районе станицы Хадыженской находились залежи озокирита (горного воска). Богат край залежами нефти и газа.
Минеральные грязи содержат Бугазские и Тузлян-ские, Ясенские соляные озера. Возле Темрюка Войско Черноморское содержало госпиталь на грязях. Кубанские земли богаты также большими запасами минеральных вод. Самыми ценными считались источники Горячего Ключа, Хадыженска, Лабинска, станицы Азовской и др.
Главная река края Кубань первоначально впадала в Черное море, образуя Кизилташский лиман и другие. Лиманы были богаты рыбой, особенно осетровыми и кефалью, но затем обмелели и утратили свое значение. Важную роль в истории края играет Азовское море. В древности оно называлось болотом вследствие мелководья и небольшой площади — 33 тысячи квадратных километров. Самая большая глубина его вод — 14 метров. Северо-восточный берег Азовского моря изобилует лиманами и косами. Ейская коса, находящаяся у города Ейска, достигает длины 7 километров. Отделяет ее от моря Ейский лиман, в него впадает река Ея. Коса Долгая у станицы Должанской длиной 15 километров отделяет Таганрогский залив от Азовского моря. Далее у станицы Камышеватской находится Камышеватская коса.
Лиман Бейсугский, отделенный от моря Ясенской косой, вбирает в себя воды реки Бейсуг, которая образует также лиман Лебяжий. Рядом с лиманом Бей-сугским находилось соленое озеро Ханское и целый ряд других мелких соленых озер. Южнее Ясенской косы — лиман Ахтырский, отделяемый Ачуевской косой от моря, а также масса мелких лиманов и озер. При обилии кос в Азовском море почти нет островов. Особенно развита система лиманов между Приморско-Ахтарском и Темрюком — Рясной, Кирпильский, соляные озера и небольшие лиманы, которые тянутся между рекой Протокой и городом Темрюком, возле которого расположен Курчанский лиман. На запад от Темрюка находится Керченский пролив, образующий Таманский залив.
Все эти лиманы имели для населения края с древнейших времен большое значение. Реки, лиманы буквально кипели рыбой. Азовское море изобиловало осетровыми, другими ценными породами рыб. Соленые озера давали соль. В плавнях в большом количестве водилась дичь.
В истории края важную роль играли реки. Их можно разделить на две группы — горные и степные. Все реки текут в Азово-Черноморский бассейн. Главная из них — Кубань с обширным водным бассейном — занимает половину территории края. В древности эта река называлась Гипанис, с тех пор и сохранились о ней сведения, т. е. со времен существования Боспорского царства. Кубань берет начало на вершине Эльбруса, среди дикой, угрюмой и лишенной органической жизни природы. Она образуется из двух речушек — Улукама и Учкулана, после которых и стала называться Кубанью. Кубань сливается с Большой Лабой. Река Лаба состоит из Большой и Малой, р. Белая — из Белой и Пшиш.
С левой стороны в Кубань впадают реки Малый и Большой Зеленчук, Уруп, Лаба, Белая, Псекупс, Афипс, между ними текут многочисленные малые горные речки. От Кубани степные речки расположены в следующем порядке: Понура, Кочеты, Кирпили, три Бейсуга, Челбасы, Албаши, Ясени и Ея. Самые значительные из них — Ея, Челбасы и Бейсуг. Ея в момент заселения Кубани казаками считалась самой крупной и богатой рыбой рекой, ее длина — 220 километров. Начинается она у станицы Новопокровской. Сначала в Ею впадает Карасун, затем Кавалерка, Кугоея, после нее Сосыка длиной в 100 километров. Сама река Ея впадает в Ейский лиман.