Поначалу сопоставления языков еще были очень несовершенными. Но всего через три десятилетия после открытия санскрита, в 1816 г., появляется первая вполне научная работа, заложившая основы сравнительно-исторического метода. Это была книга Франца Боппа (1791–1867) «О системе спряжения санскритского языка в сравнении с таковым греческого, латинского, персидского и германского языков». В 1818 г. была издана книга другого крупного ученого, датчанина Расмуса Раска (1787–1832) «Исследование в области древнесеверного языка, или происхождение исландского языка». В 1819 г. вышел первый том «Немецкой грамматики» Якоба Гримма (1785–1863), в 1820 г. — «Рассуждение о славянском языке» A. X. Востокова. За исключением рано умершего Р. Раска эти ученые продолжали активно работать примерно до 50-х гг. XIX в., опубликовав немало сочинений. В этих сочинениях впервые формировался сравнительно-исторический метод.
Никто из перечисленных ученых не стремился к общетеоретическим и тем более философским рассуждениям, которыми так были богаты XVII и XVIII вв. У них редко можно найти какие-либо высказывания о природе и сущности языка. Они впервые в мировой науке, работая с конкретным материалом, старались выработать действительно научный метод его исследования.
Из указанных ученых наиболее широким по своему подходу был Ф. Бопп, старавшийся охватить все известные к тому времени индоевропейские языки. Другие компаративисты были уже по проблематике: Р. Раск и Я. Гримм занимались германскими языками, A. X. Востоков — славянскими. Однако подход у них имел общие черты.
Значительное количество сходных по звучанию и значению слов разных языков было известно и до основателей компаративистики. Однако надо было разобраться во всем этом богатстве, отличая истинное родство от заимствований и случайных совпадений. Данные ученые выдвинули ряд методических принципов, которые, будучи развиты компаративистами последующих поколений, сохраняются в компаративистике и по сей день.
Одним из них было понимание того, что сравнивать следует не целые слова известных языков, которые могут состоять из компонентов разного происхождения, а их составные части: корни, окончания. Понятие корня было сформулировано Ф. Боппом уже в первой его работе 1816 г. При этом корень понимался не в привычном для нас смысле, а как древний комплекс, которому в более поздних языках могут соответствовать и аффиксы, и не имеющие значения элементы. В частности, Ф. Бопп стремился возвести аффиксы современных и древних языков Европы к первичным, древнейшим корням. И Ф. Бопп, и Р. Раск считали лексические параллели менее надежными, чем грамматические, поэтому на первых порах, что особенно последовательно проводилось у Ф. Боппа, сравнительно-историческое исследование строилось как сравнительная грамматика родственных языков, выявлялось происхождение тех или иных морфологических показателей. Идея об особом значении сопоставления морфологических показателей, по сравнению с лексическими элементами более устойчивых в языке, сохраняется и в современной науке (другой вопрос, что для ряда языков, прежде всего изолирующих, такие сопоставления вообще невозможны и родство может устанавливаться лишь через анализ лексики).
Другой принцип — регулярности соответствий — впервые наиболее четко сформулировал Р. Раск. Он первым разграничил имеющие разную значимость для компаративистики классы лексики. Слова, связанные с торговлей, образованием, наукой и т. д., слишком часто «возникают не естественным путем», то есть заимствуются. В то же время имеются слова, наиболее показательные для установления родства, поскольку они очень устойчивы и не склонны к заимствованию: это местоимения, числительные, имена родства и др. Данное разграничение проводится сравнительно-историческим языкознанием и сейчас.
После выявления таких показательных слов, согласно Р. Раску, можно ставить вопрос об установлении родства: «Когда в двух языках имеются соответствия именно в словах такого рода и в таком количестве, что, могут быть выведены правила относительно буквенных переходов из одного языка в другой, тогда между этими языками имеются тесные родственные связи». Далее Р. Раск приводит таблицу соответствий греческих и латинских слов и заключает: «Известно, что, сравнивая множество слов, можно вывести большое число правил перехода, а так как в данном случае имеются большие соответствия также в грамматике обоих языков, то мы можем с большим правом заключить, что между латинским и греческим языками имеют место тесные родственные связи». Если отвлечься от явно устаревшего представления о звуковых переходах как о «буквенных», то данный принцип используется в компаративистике нашего времени тоже.