В XVI веке стали популярны «иноходцы», как их называют источники (не исключено, что многие из них ходили не иноходью, а ходой), которых больше всего было среди степных лошадей. В литературе XIX века их всех называли киргизскими, а в XVI веке — ногайскими. Они были маленького роста, некрасивые, плохих мастей, как пишут И. К. Мердер и В. Э. Фирсов в своей книге «Русская лошадь в древности и теперь. Историко-иппологическое исследование», изданной в 1896 году. Последнее означает, что они были каурые (тускло-рыжего окраса с более темными гривой, хвостом, ногами и ремнем на спине), чалые (с примесью белого волоса по корпусу и темными головой и ногами), буланые и пегие — в противоположность «благородным» мастям, например вороной, гнедой, рыжей, серой, характерным для большинства пород заводского разведения. Несмотря на свою неказистость, ногайские лошади были удобны в охоте и ценились детьми боярскими, которые несли разъездную службу. Русские пытались улучшать породу, для чего из-за границы выписывали других лошадей, в том числе и аргамаков, как на Руси называли «трухменских» (туркменских) лошадей. По свидетельствам современников, на «улучшенных» лошадей садились с «приступа» — особой скамьи, обитой бархатом. Это означает, что помеси были выше ростом, чем ногайские лошади.
Аргамаков очень ценил Иван Грозный. Он приобретал их в большом количестве для своих подданных, хотя сам ездил на более спокойных и тяжелых лошадях. В письме-ответе королю Речи Посполитой Стефану Баторию на вопрос, какие подарки он любит, царь пишет, что любит «аргамаков, жеребцов добрых». Что такое «добрые жеребцы»? Возможно, это производители, уже испытанные в разведении, то есть ранее дававшие хорошее потомство.
Интересный факт связан с геральдикой: конные сюжеты, такие, как лошадь или всадник, гораздо чаще встречаются на русских и восточноевропейских гербах, чем на европейских. Это, к примеру, гербы Москвы, Великого княжества Литовского, гербы Голицыных, Юсуповых, Черкасских. На гербах Грушецких и Арсеньевых, а также у нескольких родов польской шляхты изображена подкова.
В 1675 году нидерландский посол Кунрад ван Кленк вспоминал, как в России ему показывали манежных лошадей, работавших в руках (то есть человек отдает команды с земли), а участник шведского посольства Эрик Пальмквист, побывавший в России в 1673–1674 годах, оставил рисунки, на которых среди прочего есть и русские всадники, исполняющие на лошадях элементы высшей школы. Таким образом, хотя точных свидетельств о выездковой подготовке русских лошадей не сохранилось, в допетровской России все-таки была, скорее всего, некая школа верховой езды, похожая на европейскую.
В 1625 году персидский шах прислал царю Михаилу Федоровичу (1613–1645) шесть аргамаков и трех кобыл, «купчины персидские» — десять аргамаков, герцог Голштинии — вороного жеребца и двух серых в яблоках. В царской конюшне их подковали на серебряные подковы общим весом 4 фунта 34 золотника (1,745 килограмма).
В конюшнях Алексея Михайловича (1645–1676) стояло около 50 000 коней, из которых для царя и его выезда предназначалось «лишь» 200, а остальные для царской свиты, бояр и царских воинов. Сын Алексея Михайловича царь Федор Алексеевич (1676–1682) основал в Бронницах конный завод, правда, не на пустом месте, а на базе бронницкой «кобылячьей конюшни», первое упоминание о которой относится еще к 1634 году. Молодой царь ограничил число лошадей в царских выездах и издал ряд указов, согласно которым каждый год в Коломенское направлялась комиссия для досмотра государевых лошадей.
В XVII–XVIII веках активно развивалась конская торговля. Поскольку лошади были товаром особенным, сделки с ними фиксировались отдельно от других товаров. Сохранилось много источников по конской торговле этого периода, главные среди которых таможенные книги. По ним можно делать выводы не только об оборотах такой торговли, но и косвенно о конном деле изучаемого периода, так как фиксировались данные лошадей — пол, возраст, масть, дефекты (например, «хрома», «крива»), тавра (клейма). Указывались и цены. Ценовых категорий было много, но самыми дорогими, как правило, были жеребцы для верховой езды (в книгах их называют просто конями), дешевле — мерины и кобылы. Первых нельзя использовать в разведении, на вторых, как и в некоторых других культурах, в допетровской Руси считалось предосудительным ездить верхом. Самая дорогая лошадь, продажа которой зафиксирована в московских таможенных книгах XVII века, стоила 15 рублей. Это был шестилетний жеребец гнедо-пегой масти, которого царский лекарь Артемий Иванов приобрел 11 мая 1630 года у жителя московской Таганной слободы Алексея Ипатьева. Были лошади и дороже, особенно пригнанные татарами, но для царских конюшен их отбирали воеводы, и на столичный конский торг они не попадали. Об их стоимости можно судить по приходно-расходной книге Конюшенного приказа 1633–1634 годов, а именно по записям о поступлении в приказ денег от продажи лошадей из казенных заводов. Так, боярин Д. М. Пожарский купил «аргамачего жеребца» за 100 рублей, а стольник Н. И. Одоевский — аргамака за 40 рублей. Как мы видим, цены значительно отличаются от цен на московском торге.