Такое стремление к унии нашло себе твердых противников в низшем духовенстве и народе, причем во главе движения стал учитель братской школы в Вильне Стефан Зизаний.
В наказание за это сопротивление, митрополит Рагоза, униат, закрыл церкви на шесть недель, а Зизания публично осудил.
Приняты были меры и против самозванных послов в Рим. Несмотря на то, что уния была утверждена папой, — защитники православия осудили Поцея и Терлецкого, как заявивших о согласии на унию без разрешения патриархов. Мало того, некоторые епископы, выразившие свое согласие на унию, как напр. Гедеон Балабан, теперь отказались от унии.
Теперь защитниками и поборниками православия является Виленское братство. Братство устроило свою церковь и в 1598 г. намеревалось начать служение на Пасху. И вот католики не постеснялись прибегнуть к скандалу. Вечером в Великую субботу, толпа студентов иезуитской академии бесчинно ворвалась в церковь и алтарь и с престола сбросила крест и евангелие. Из алтаря чрез царския двери выступила на середину храма, где стояла плащаница, схватили ее и с насмешками и бранными словами бросали из стороны в сторону, а когда церковные слуги, убиравшие церковь к празднику, стали уговаривать бесчинствующих, то подверглись от них брани и даже побоям. В самый праздник Воскресения Христова, когда началась литургия, студенты снова явились толпою в братскую церковь и с большою наглостью, втиснувшись между богомолами, начали их толкать, а женщин кололи шпильками и булавками. Затем выдвинувшись вперед к алтарю и выстроившись в шеренгу, они не пропускали никого к Св. Причастию. Еще более дерзости и наглости позволили себе буйные иезуитские студенты в тот же день на вечерне в братской церкви, куда они пришли теперь уже вооруженными. Они разместились кучками: одни стали у церковных дверей, другие — в притворе, третьи — посреди церкви, четвертые — пробрались к певчим на клирос. И вся эта буйная толпа толкала людей, колола их, а женщин терли руками по лицу, произнося при этом бесстыдные слова (А. А. Папков). При этом священнослужителям были нанесены оскорбления действием. Вышедши из храма, «вся эта громадная толпа, вооруженная ружьями, луками, камнями, топорами, начала штурмовать братское училище, типографию и братский дом… Эти разбойники выломали бревнами ворота и железные решетки, повыбили окна, повредили стены зданий и, стреляя из лука и рушниц, поранили школьную и церковную прислугу. На другой день утром, во время литургии, те же студенты с оружием в руках, разделились на три группы, напали слова на братские дома, также на училище и проникли на церковное кладбище; везде они преследовали и били православных, шедших в церковь»… (А. А. Папков).
Вот показатель отношений господствовавших католиков и униатов к подавленным русским. Православные остались целыми, только благодаря своему смирению, настойчиво проводимому братским содружеством. Старосты Виленского братства нанесли жалобу на бесчинства, издевательства и кощунство и, разумеется, жалоба осталась без последствий. Ведь это бесчинствовали наши братья — поляки…
Между тем униаты, получивши обнадеживание на Брестском соборе и ободряемые королем, все наглее и наглее поступали с православными. В этом отношении на первый план выступает Игнатий Поцей. Он рассеял членов Брестского братства, отнял у них с одобрения короля школу, учителем назначив ярого противника православия.
Несмотря на претерпеваемые гонения, братство стойко защищало себя и в более видных местах заставляло считаться с собою даже короля, принуждая его утверждать новые братства и при них церковно-просветительные школы. Эти школы с особенною любовию и настойчивостью созидались, удерживались и лелеялись братчиками, ибо образование в них, отвечая самым насущным потребностям православных, стояло в строжайшем единении и зависимости от православной церкви и ставило задачею выработку доброй воли и твердого характера у детей, согласно учению христианской веры. Все преподавание в школах шло на русском языке.
Лучшия школы в то время были во Львове и Вильне. Братства занимались также изданиями нравственно-просветительных сочинений. Из этих сочинений мы усматриваем, что самая энергичная борьба православных не всегда спасала их от насилий и разграбления, ибо даже жиды успели совокупными силами отстоять свою школу, а у русских православных берут не божницу, а насилуют их христианскую набожность и свободу.
— Слыше небо и внуши земле, щож терпим зле во Львове! — восклицает братство.