Уже к концу XVIII века на монастырском кладбище стали хоронить без разбора сословий и званий. Раньше, чтобы похоронить умершего, его сродники должны были получить в полиции, так называемый «билет», подтверждающий, что покойный «почил с миром», и дающий право беспрепятственно предать его земле по православному обряду. Когда-то это делалось, прежде всего, для того, чтобы исключить погребение на православном кладбище самоубийц. Но впоследствии «билет» стал свидетельствовать главным образом, что смерть данного лица не имеет криминального характера. Вот такие, например, «билеты» выдавались когда-то в Москве: «Тело умершего московского купца Алексея Васильева в Данилове монастыре погребсти, мая 27 дня 1783 г.», или: «Тело умершей купецкой жены Марьи Абрамовой, имевшей от роду 40 лет, в Данилове монастыре погребению предать, декабря 10 дня 1792 г.». Иногда, если покойный был «высокого рода», такие «билеты» выписывал сам обер-полицмейстер: «Тело умершего господина действительного статского советника князя Михаила Николаевича Голицына, имевшего от роду 71 год, предать земле в Даниловом монастыре позволяется, апреля 5 дня 1827 г. Московский обер-полицмейстер».
В Даниловском монастыре было похоронено много дворян, заслуженных людей, титулованных особ: генерал-майор и кавалер Александр Васильевич Арсеньев (1755–1826), генерал от инфантерии Иван Александрович Вельяминов (1773–1837), действительный статский советник Григорий Михайлович Безобразов (1786–1854), князь Александр Дмитриевич Волконский (1812–1883) и другие Волконские, князь Владимир Константинович Гагарин (1821–1899) и еще несколько князей Гагариных.
С середины XIX века здесь стали появляться могилы известных писателей, историков, ученых, причем преимущественно сторонников русской национальной идеи — славянофилов. В 2000 году на монастырской ограде, у Поминальной часовни, была установлена мемориальная доска. На ней написано: Деятели истории, науки и культуры, захороненные в некрополе Данилова монастыря. Кошелев Александр Иванович (1806–1883), славянофил, общественный деятель, публицист. Самарин Юрий Федорович (1819–1876), общественный деятель, писатель, славянофил. Тихонравов Николай Саввич (1832–1893), историк русской литературы, академик. Чижов Федор Васильевич (1811–1877), общественный деятель, ученый-энциклопедист, писатель. От Российской государственной библиотеки. 2000 год.
У входа в настоятельский дом были похоронены Николай Васильевич Гоголь (1809–1852), поэт Николай Михайлович Языков (1803–1846), историк-славянофил Дмитрий Александрович Волуев (1820–1845) и один основателей славянофильства — богослов, философ, писатель, публицист, социолог, историк, врач, живописец, изобретатель Алексей Степанович Хомяков (1804–1860).
Николай Языков и Дмитрий Волуев были похоронены под одним надгробием. Через год после смерти Языкова его знакомая Е. И. Попова записала к себе в дневник: «День открытия памятника Николаю Михайловичу Языкову и день его ангела. Четвероугольный, гранитный, серого цвета камень, с обыкновенною, наподобие гроба, крышею или вершиною, составляет памятник. На лицевой стороне надпись: „Блажени чисти сердцем, ибо тии Бога узрят“; на боковых — имена Валуева и Языкова. Сошлись друзья, сошлись родные. …Лавровый венец венчает не главу поэта, а могильный крест».
Возле ограды, напротив северной стены Троицкого собора была могила поэта Михаила Александровича Дмитриева (1796–1866), автора «Московских элегий» и настоящего бесценного памятника своей эпохи — книги воспоминаний «Мелочи из запаса моей памяти», в которой рассказывается о жизни русской интеллигенции, о московской литературе и журналистике первой половины XIX века. Рядом находилась и могила его сына — первого русского профессора-текстильщика Федора Михайловича Дмитриева (1829–1894).
У северо-восточного угла Троицкого собора был похоронен известный пианист, основатель московской консерватории Николай Григорьевич Рубинштейн (1835–1881).
В монастыре находилась также могила основоположника российской гинекологии Владимира Федоровича Снегирева (1847–1916). В 1889 году доктор Снегирев основал гинекологическую клинику на Девичьем поле, которой было присвоено имя ее создателя к столетию последнего. Возле клиники стоит памятник В. Ф. Снегиреву. На Плющихе, на доме, где он жил — мемориальная доска. Но, увы, могилы одного из крупнейших российских медиков не существует.
Но особенно много в монастыре было купеческих захоронений. Причем хоронили купцов в самых почетных местах, в том числе и под храмами. Такой существовал в России порядок — на лучшем месте хоронили тех, кто жертвовал от щедрот своих на строительство или на содержание храма. Например, в каком-нибудь сельском приходе даже настоятеля этого прихода обычно хоронили на общем погосте, но могила доброхотного жертвователя — дворянином ли он был, купцом, кулаком — не имеет значения, — всегда находилась в самой церковной ограде, вблизи храма. В 1833–1838 годы в Даниловском монастыре на средства купцов Ляпиных, Куманиных и Шестовых был выстроен величественный собор Живоначальной Троицы. Нет единого мнения об авторе этого красивейшего храма. Считается, что он мог быть построен и О. И. Бове, и Е. Д. Тюриным. Но в любом случае, это настоящий шедевр архитектуры. Под собором впоследствии появилось несколько захоронений, в том числе и купцов Куманиных и Шестовых. А в подклете древнего храма Семи Вселенских Соборов были родовые захоронения купцов Ляпиных и Савиных. Причем усыпальница Ляпиных была оформлена в 1910 году самим Федором Осиповичем Шехтелем, бывшим в то время председателем Московского архитектурного общества. К сожалению, ни работы Шехтеля, ни самих купеческих могил не сохранилось.