Църковно-религиозни отношения
Османското завладяване на Балканския полуостров води до съществени промени и в областта на църковно-религиозните отношения. На Балканите влизат в борба помежду си три църкви и религии — източно православие, католицизъм и мюсюлманство, ислям. Първите две идват от древността и средновековието, а мохамеданството става фактор в духовния и политическия живот, в бита и културата на балканските народи едновременно или след османското нашествие.
Ислямът
Османското завоевание на Балканския полуостров е неспокойно, динамично и в много отношения страшно време: непрестанно движение на различни военни съединения, османски и антиосмански, големи битки на балкански терен, разорения, насилия, плячкосвания, отвличания и продажби на хора като роби, откарване на жени и момичета за харемите на султана и неговите сановници, бягство на местно население към планините или към незавладените още от нашественика области и т.н. И това трае твърде дълго, едни правят кариера, други страдат и гинат. В това именно време на Балканите се появява борецът за „правата“ вяра, мюсюлманинът османлия. Той може да е султански сановник, спахия, еничарин, събирач на данък, мюфтия, ходжа, кадия или пък преселник от Мала Азия, колонист. Какъвто и да е, още от края на XIV и началото на XV век той трайно засяда на Балканския полуостров сред местното християнско население. И тук ще пусне корени и ще остане няколко века. Дошъл като борец за „правата“ вяра, мюсюлманинът османлия ще гледа на „другите“ като на „гяури“, сиреч „неправоверни“. Неговата „мисия“ ще да е да направи и тия, „другите“, като себе си, „правоверни“.
Ислямът прониква на Балканите по две линии: първо, по пътя на колонизацията — настаняване на османска администрация в завладените територии или заселване на мюсюлмански пришълци от Азия, и, второ, по линия на налагане на мохамеданството за религия на завареното местно християнско население.
През целия период на своето господство на Балканите Османската империя следва политика на ислямизация на завареното немюсюлманско население. Ислямът се налага както чрез грубо насилие, така и чрез предоставяне на различни социално-икономически и политически предимства на помохамеданчените пред „неправоверните“ християни. В някои области на Балканите ислямизацията взема широки размери — Албания, Босна и Херцеговина, Родопската област, Североизточна България, някои райони в Македония и пр. На много места ислямът се приема от местните първенци, които се стремят да влязат в състава на османската господстваща класа и да запазят привилегиите си. В Босна и Херцеговина ислямът се приема и от многобройните богомилски маси, в резултат на което към началото на XVII век около три четвърти от населението тук е мюсюлманско.
Приемането на исляма се оказва първа стъпка към загубване на народностното съзнание на помохамеданчените, към тяхната асимилация. Такава обикновено е съдбата на единично помохамеданчените — взетите християнски деца в еничарския корпус, откараните роби в Мала Азия, отвлечените жени и момичета в харемите и пр. Този вид помохамеданчване почти винаги завършва със загубване на народностното съзнание и пълна асимилация. Друго е положението с масовите помохамеданчвания по области и селища. Приелите исляма компактни маси в Албания, Босна и Херцеговина, в Родопската област не губят езика си, като нерядко запазват и народностното си съзнание. Албанските мюсюлмани например говорят албански език, живеят според албанските си обичаи и стават в по-ново време основен градивен елемент на албанската нация. Всъщност само мюсюлманите от Североизточна България говорят турски език и се отдалечават от народностния си български корен, което до голяма степен се обяснява с наличието на тюркоезично българско население в този край още преди османското нашествие на Балканите.
Източното православие
Политиката на ислямизация, водена от Османската империя, не дава особени резултати — мюсюлманският елемент на Балканите (ведно с господстващата османска държавно-религиозна администрация) винаги остава незначително малцинство сред населението на Балканския полуостров. При това християнските маси се съпротивляват срещу процеса на ислямизация. Важна роля в случая играят християнското духовенство и християнската църковна организация. Портата е принудена да се съобразява с „неправоверните“ и формално им признава правото да се молят на своя си Бог. Нещо повече, новите господари на Балканите не унищожават заварената църковно-религиозна организация на „гяурите“.