В доосманския период на Балканите се изграждат три големи църковно-религиозни центъра на източноправославните християни — византийската Цариградска патриаршия, българската Търновска патриаршия и сръбската Печска патриаршия. Под ударите на османските завоеватели първа попада Търновската патриаршия. Още през 1393 г. ведно с падането на Търновското българско царство е ликвидирана и Търновската патриаршия, а последният български патриарх Евтимий е детрониран и отведен в робство. Понесла големи загуби, материални и морални, българската църква губи самостоятелност и минава под юрисдикцията на Цариградската патриаршия. През първата половина на XV век, преди превземането на Цариград от османците и окончателното ликвидиране на сръбската средновековна държава, една част от източноправославните християни на Балканите остават подвластни на Цариградската патриаршия, друга част — на автокефалната Охридска архиепископия, трета част — на сръбската Печска патриаршия.
По това време сред висшето източноправославно духовенство на Цариградската патриаршия възникват два лагера. Едни настояват да се сключи уния с католическата църква, за да се осигури помощ срещу османската опасност, а други предпочитат сговор със султана, отколкото с папата. Побеждава тази втора групировка. За това твърде много допринася църковно-религиозната политика на тогавашния османски султан Мехмед II (1444–1446, 1451–1481). Враждата между източното православие и католицизма дава основание на султана да запази Цариградската патриаршия, като я включи в управленската система на своята държава. Това би могло да има двояко значение: първо, установяване на контрол чрез патриаршията върху религиозния живот на подвластните християнски народи и, второ, използване на тия народи, отново чрез патриаршията, като съюзник в по-нататъшните борби на империята с католическия Запад. И следват конкретни действия: прокламира се религиозна толерантност, признава се църковно-религиозната организация на подвластните християнски народи, избира се ревностният привърженик на сговора със султана Георги Сколарий за патриарх, налага се нов статут на патриаршията. Предвижда се по-нататък изборът на патриарх да се осъществява от един митрополитски синод, но да се утвърждава със султански хатишериф. Султанът си запазва правото и сам да сменя патриарха в случай на провинение. Има и случаи на екзекутиране на патриарси заради политика и дейност, насочени против интересите на Османската империя. Такъв е случаят с патриарх Кирил Лукарис през 1683 г., Партений IV през 1657 г. и др.
Макар и под контрола на султанската власт, Цариградската патриаршия получава широк простор за действие: патриархът има ранг на везир и свобода при извършване на религиозните служби, разрешава всякакви спорове между християни, сключва и разтрогва бракове, има съдебна власт и дори патриаршески затвор. Патриаршията внася определена сума в полза на държавната хазна, а духовенството се освобождава от поголовен данък. Под нейна юрисдикция е цялото православно население, в това число църковната администрация, подчинена преди османското завладяване на Балканите на българската и на сръбската патриаршия. Тя работи за запазване на православието и се превръща в сериозна идеологическа и организационна бариера както срещу ислямизацията на източноправославните християни, така и срещу разпространението на католицизма в средната и източната част на Балканския полуостров.
След ликвидирането на средновековната сръбска държава временно е премахната и сръбската Печска патриаршия (1459 г.). За сметка на това се разширява териториалният обхват на Охридската архиепископия — навсякъде на северозапад, включително и Северна Сърбия. Много сръбски манастири са разорени и опустяват. И това трае цял един век, до 1557 г., когато Печската патриаршия е възстановена. Това става възможно благодарение на издигането на помюсюлманчения сърбин от Херцеговина Мехмед Соколович, домогнал се до положението на велик везир при султан Сюлейман Великолепни. Той именно издейства одобрението на султана за възстановяване на сръбската патриаршия.
С това настъпва втори период в нейната история (1557–1766). В диоцеза й са включени всички източноправославни християни в Сърбия, Босна и Херцеговина, Далмация, Славония с Хърватия, Банат, Бачка и Бараня, а също епархиите Кюстендил и Самоков. Сръбската Печска патриаршия получава всички права и привилегии, от които се ползва гръцката Цариградска патриаршия. Печ отново е патриаршеска резиденция, възстановяват се опустелите епархии, отварят се манастирите и се строят нови, множи се броят на преписвачи на книги.