Като върховен духовен водач на сърбите печските патриарси не се оказват много послушни по отношение на Цариград. Напротив, кроят планове за освобождение, търсят връзки с папата, с Австрия, Русия и други сили, участват във въстанически движения. Най-много с подобна дейност се ангажират патриарсите Арсений III Черноевич (1674–1690) и Арсений IV (1690–1725). И султанската администрация в Цариград снема доверието и благоволението си към Печската патриаршия. Отново настъпва период на разграбване на сръбски църкви и манастири, за патриарси и епископи се изпращат гърци, авторитетът на патриаршията пада, растат нейните дългове. И през 1766 г. султан Мустафа III издава ферман за закриване — сръбската църква минава под юрисдикцията на Цариградската патриаршия, а сърбите митрополити и епископи се заменят с гърци.
Трябва да се знае още, че населението в Османската империя се контролира и чрез т.нар. миллети — Грегорианско-арменски, католически, Православен, Мюсюлмански. Православният миллет е под юрисдикцията на Цариградската патриаршия. След ликвидирането на Печската патриаршия и Охридската архиепископия тя разширява властта си над цялото източноправославно население на Балканите, получило наименованието „Руммиллет“. То е организирано по епархии и подепархии с църкви и манастири при строга йерархия на свещенослужителите, една пирамида, на върха на която стои патриархът в Цариград. Цялата тази система още през средата на XV век се интегрира в Османската империя и става съставна част на нейната власт. Наред с огромните прерогативи на патриарха той има и едно огромно задължение — отговорен е за поведението на паството си, сиреч за лоялността на християнското население към имперската власт. Това си задължение източноправославната църква често не може да спазва, но предпочита Османската империя (чието господство смята за временно) пред опасността от католицизма.
Католицизмът
Що се отнася до католицизма, то неговото влияние остава господстващо в западната част на Балканския полуостров. Наистина католическата пропаганда е твърде силна, развиват дейност католически ордени в Османската империя, на много места източноправославието отстъпва пред католицизма, възникват католически общини в Албания, в България и пр. Въпреки това в средната и източната част на Балканския полуостров католицизмът не пуска дълбоки корени. Битката между източното православие и католицизма тук се печели от Цариградската патриаршия.
Дори Пречанските сърби, намерили се в католическо обкръжение, успешно отстояват своята източноправославна идентичност — приемане на католицизма от сърбите и тяхното постепенно ликвидиране като верска и народностна индивидуалност в Хабсбургската монархия, а съществени изменения в етническия състав на населението от Банат, Бачка, Бараня и Срем и превръщане на този край в „Сръбска Войводина“.
Освен това през XVI век в северозападните предели на Балканите широко разпространение получават идеите на Реформацията. Виден представител на движението там е Примож Трубар (1508–1586), който развива активна дейност на културното поприще. Появяват се и други писатели, културни дейци и общественици (Ян Унгнанд, Петар Вергилий, Стйепан Консул, Матия Влачич и др.), Ииздават се книги на словенски език, отваря се печатница, формира се протестантска община в Любляна, която издържа своя гимназия, откриват се основни училища на словенски език и пр. В движението се включват и Хърватското Приморие, Военната граница, Славония и други области. Към протестантството се присъединяват и хърватските едри феодали Зрински, които основават протестантска печатница. Сред селячеството пък се разпространяват различни секти.
Реформацията в Хърватия и Словения намира израз преди всичко в създаване на книжовен народен език и стремеж за изучаване на миналото на народа. Движението се развива успешно в продължение на няколко десетилетия, но в крайна сметка търпи поражение. Към края на XVI и началото на XVII век в Австрийската империя настъпва период на контрареформация. След известна вътрешна реорганизация католическата църква предприема енергични мерки срещу протестантството. Започва „католическо обновление“, специални комисии правят прегледи на църквата и прогонват протестанти, палят протестантски книги и пр. Крайният резултат от това „обновление“ е победа на католическата контрареформация. През 1609 г. Хърватският събор постановява, че в Хърватия и Славония се признава само католическата вяра. В Грац се установява йезуитски орден, който организира свои училища и се включва в преследването на словенските и хърватските протестанти. Заедно с това се предприемат опити за налагане на каотлическата вяра на източноправославните преселници. Всичко това се съпровожда с усилия на Хабсбургите за централизация на империята — един процес, насочен срещу автономията и привилегиите на местното дворянство в Унгария, Хърватия и Славония.