Сега двете основни направления на американското настъпление в Тихия океан — на Макартър и на Нимиц — се съединяват. Те вече се намират на такова разстояние едно от друго, че могат да си оказват директна подкрепа и са готови отново да завладеят Филипините.
Японският план за защита на Филипините, известен като „SHO-1“, се състои от две части. На сушата изпълнението му е поверено на 14-а армия, командвана от генерал Ямашита, покорителя на Малая през 1941–1942 г. За целта той разполага с 9 пехотни дивизии, една бронетанкова дивизия и 3 самостоятелни бригади, плюс 4-та военновъздушна армия. В допълнение под негово командване са придадени военноморските сили около Манила, които наброя-ват 25 000 души, способни да се сражават и по суша. Основната част от плана обаче е предвидена да се изпълни по море и за тази цел японското Върховно командване поставя всичко на карта. Веднага след като става известно място-то на американските десанти, японските самолетоносачни групи трябва да подмамят американския флот на север, а американските десантни сили да бъдат приковани от войските на Ямашита и притиснати в клещите на двете японски групи бойни кораби. Тойода предполага, че е много вероятно американците, които ценят най-вече самолетоносачите, да се втурнат след японските самолетоносачи, както самите те винаги използват линейните кораби за примамка, а самолетоносачите — за ударна сила.
Планът е повлиян от нарастващата слабост на Япония във въздуха, но в него продължава да се разчита основно на линейните кораби. Гордостта иувереността на японските адмирали неоправдано са подсилени от завършването на 2 грамадни линейни кораба — най-големите в света: „Ямато“ и „Мусаши“. Те имат водоизместимост над 70 000 т и по девет 460-милиметрови оръдия. Това са единствените бойни кораби в света с толкова много оръдия от подобен калибър. Японците правят много по-малко за усъвършенстване то на своите самолетоносачи и на самолетите за тях. Както често се случва в историята, те по-бавно от противниците си прилагат уроците от своите големи успехи в началото на войната.
Като ускоряват планираната програма с два месеца, през октомври амери-канците правят следващия голям скок към Филипините. Тези острови се про-стират на 1600 км — от Минданао на юг до Лусон на север. Първата атака е срещу Лейте — един от по-малките централни острови. Така японската отбрана е разделена. Войските на Макартър — 4 дивизии от 6-а армия под командването на генерал-лейтенант Уолтър Крюгер, са свалени там на 20 октомври сутринта от корабите на 7-и флот, командван от адмирал Кинкейд. Този флот се състои от конвой и поддържаща флотилия от стари линейни кораби и малки ескортни самолетоносачи и се подкрепя и подсигурява от 3-ти флот на адмирал Хелси, който се разполага в 3 групи малко по на изток от Филипините. Това е основният боен флот, състоящ се от по-нови линейни кораби и големи самолетоносачи, способни да развиват голяма скорост. Нахлуването е предшествано от серия въздушни нападения срещу Формоза, извършвани от 10 октомври нататък в продължение на една седмица от самолетоносачните сили на адмирал Мичър, и в по-малка степен срещу Лусон и Окинава. Тези нападения имат опустошителен ефект и оказват голямо влияние върху последвалите събития. От другата страна японските пилоти толкова преувеличават сведенията за загубите на американците, че в официалните си комюникета и радиопредавания японското правителство съобщава за потопени 11 самолетоносача, 2 линейни кораба и 3 крайцера. В действителност с тези въздушни нападения от американските самолетоносачи са унищожени 500 японски самолета, а са загубени само 71 американски самолета и нито един от корабите, за които японците твърдят, че са потопени. Японският Имперски генерален щаб приема за достоверни тези твърдения и това го подтиква да придвижи напред останалите си войски за изпълнение на операция „SHO-1“. Скоро военноморските сили разкриват абсурдността на тези твърдения и се оттеглят, обаче като последица от тях плановете на армията са трайно променени. 3 от 4-те дивизии под командването на генерал Судзуки в южната част на Филипините получават заповеди да останат там, вместо да имат готовност да бъдат използвани на север в Лусон, както възнамерява Ямашита.
Както вече споменахме, японското Върховно командване планира съкрушителен контраудар с всички налични военноморски сили, когато и където американците се опитат да направят пробив в японската отбрана. Два дни преди десанта на остров Лейте едно незасекретено съобщение, изпратено от един от американските командири, дава на японците така нужната информация, за да се ориентират къде да нанесат контраудара.