Вследствие сего договора одна Французская армия, соединенно с испанскими войсками долженствовавшая завоевать Португалию, вступила в Испанию и направилась к Лиссабону; другая армия собралась в Байне, дабы в случае надобности поддерживать действия первой. Лиссабонский двор, не находя никаких средств удержать нашествие, ему угрожавшее, решился уступить буре и искать себе убежища в Бразилии. Португалия, преданная несчастной участи своей, без сопротивления досталась во власть французов, которые и стали управлять ею от собственного имени, не заботясь об условиях Фонтенеблоского трактата.
Наполеон, руководствуясь коварной, но глубокой политикой, одним ударом успел низложить Португалию и сделался властителем судьбы Испании, которую введение французских армий внутрь полуострова, так сказать, предавало на произвол тюльерийского кабинета. Князь мира, слишком поздно увидевший всю великость погрешности своей, не осмелился ни требовать исполнения Фонтенеблоского трактата, ни противиться занятию крепостей Пампелуны, Сан-Себастьяна, Фигуэраса и Барцелоны, в которые французы ввели свои гарнизоны, не испросив на то согласия мадридского двора.
Наполеон, ободренный преступным молчанием испанского министра, послал к Мадриду вторую Французскую армию, которая, по силе Фонтенеблоского трактата, могла вступить в Испанию только в таком случае, если бы англичане угрожали нападением первой их армии. Князь мира, коего природная робость еще более увеличилась от ссоры, случившейся у него с принцем Австрийским, уговорил короля Испанского, чтобы по примеру лиссабонского двора удалился в Мексику. Намерение сие, не могшее оставаться совершенной тайной в народе, произвело всеобщее возмущение и подало повод к известным происшествиям в Аранжуеце, причем Карл IV для спасения любимца своего от рук яростной толпы принужден был отречься от престола в пользу сына своего Фердинанда VII.
Переворот сей хотя и расстроил замыслы французского императора, однако не мог принудить его отказаться от оных, а заставил только принять иные миры. Испанская королевская фамилия вероломными советами привлечена была в Байону, куда и Наполеон также прибыл. Здесь Фердинанд VII принужден был возвратить корону отцу своему, который уступил ее французскому императору, сей отдал брату своему Иосифу, а место сего последнего на престоле неапольском заступил Мюрат, великий герцог Бергский.
Между тем все уже предвещало, что новый король Испанский не будет спокойно владеть своим королевством. Наполеон принял надежные меры, дабы утвердиться на полуострове вооруженной рукой и рассеять слабые армии, которые Испания налицо содержала, но он не предвидел того, что встретит сильное сопротивление от народа, свято приверженного к независимости своей. По первому известию о насильствах, учиненных в Байоне, вся Испания добровольно вооружилась. Один французский корпус, вошедший в Андалузию, окружен был превосходными силами и принужден положить ружье, а Французская армия, занимавшая Мадрид, находя себя не в состоянии удержаться в сей столице, оставила оную и отступила за реку Эбро. Португальцы также последовали великодушному примеру испанцев. Возмущение их подкреплено было присутствием Английской армии, высаженной на берег в окрестностях Лиссабона. Генерал Жюно, предводительствовавший Французской армией в Португалии, не мог избегнуть неминуемой погибели иначе, как согласившись на капитуляцию, по силе коей войска его перевезены были на судах во Францию.
Происшествия столь необычайные привели французского императора в затруднительную необходимость или отказаться от замыслов своих на Испанию, или прибегнуть к открытой войне. Выбор его не мог быть сомнителен, но прежде, нежели начать сию войну, он хотел обезопасить себя со стороны Европы, утвердив союз, соединявший его с Россией, дабы тем устрашить Австрию, которая в то время производила чрезвычайные вооружения, очевидно, назначенные против Франции. В Эрфурте воспоследовало между российским и французским императорами новое свидание, в коем сей последний получил от союзника своего согласие на возведение Иосифа на престол испанский и обещание действовать заодно с Францией в случае объявления войны со стороны Австрии. Взамен того Наполеон обязался не противиться совершенному присоединению Молдавии и Валахии к Российскому государству, тем не менее что разные обстоятельства воспрепятствовали российским войскам выступить из сих областей, которые по силе Тильзитского трактата они должны были оставить после перемирия, заключенного с турками в Слободзее.