По источникам трудно судить, влияло ли как-то на ногайско-казанские связи родство ханской династии с большеордынскими мангытами (дочь беклербека Тимура б. Мансура, Нур-Султан, была женой хана Ибрагима б. Махмуда б. Улуг-Мухаммеда и матерью будущих ханов Мухаммед-Амина и Абд ал-Латифа). Во всяком случае, поддержка Мусой и Ямгурчи казанского государя Али б. Ибрагима едва ли объяснялась их неприязнью к потомству Тимура (как считает Дж. Мартин: Martin 1986, р. 83, 84), но скорее тем фактом, что Нур-Султан после смерти мужа уехала в Крым и вышла замуж за Менгли-Гирея; следовательно, Крымский юрт вместе с Московским великим княжеством оказывал покровительство детям Нур-Султан. В противовес этому ногаи взяли сторону Али.
Активизация отношений Ногайской Орды с Казанью заметна с начала 1480-х годов, т. е. сразу после убийства Ибаком и Ямгурчи Ахмеда и одновременно с выходом ногаев на политическую арену Восточной Европы. Данное оживление контактов Г.И. Перетяткович связал со смертью казанского хана Ибрагима в 1478 г., но, по-видимому, усиление казанского фактора в ногайской политике находилось в одном ряду с прочими событиями эпохи распада Большой Орды. Г.И. Перетяткович и М.И. Худяков правы, относя к тем временам окончательное оформление промосковской и проногайской группировок казанской знати. Первая поддерживала Мухаммед-Амина б. Ибрагима, вторая — его брата Али (Перетяткович 1877, с. 151, 152; Худяков 1991, с. 45; см. также: Жирмунский 1974, с. 439).
Политическим дебютом проногайской «партии» Казани можно считать участие Мусы и Ямгурчи в дворцовых переворотах 1480-х годов. Процарствовавший пять лет после смерти отца, Али в 1484 г. был смещен, и на казанском троне оказался его брат Мухаммед-Амин. Через год Али вернулся к власти, вновь был смещен, а в 1487 г. появился с ногайскими войсками и «согнал с Казани» брата (Разрядная 1966, с. 20; Разрядная 1978, с. 27; Худяков 1991, с. 46, 47). В июле этого же года русские воеводы взяли город и опять водворили в ханском дворце Мухаммед-Амина — на сей раз надолго, Али с семьей был увезен на Русь и сослан в Белоозеро. Такое решительное поведение московского правительства в некоторой степени на время отрезвило ногаев и побудило их действовать на средней Волге более осторожно (Базилевич 1952, с. 206). От демаршей их удерживала и непреклонная жесткость русских властей: в ответ на неоднократные просьбы отпустить Али в Ногайскую Орду каждый раз следовал твердый отказ. Когда казанские князья, прибившиеся к Мусе, осмелились напасть на ханство, слуги Али в России были казнены, а посол Ямгурчи задержан как заложник (Посольская 1984, с. 20, 21,49).
Пыл ногаев сдерживался и тем обстоятельством, что жена Али, «царица Каракушь», сидевшая в Белоозере, доводилась дочерью Ямгурчи. От последнего Иван III требовал умертвить предводителя беженцев из Казани в Ногайской Орде бека Алгази. Тот, узнав об этом и не желая рисковать, уехал к Ибаку в Тюмень (Посольская 1984, с. 34). Вообще гнездо оппозиции на востоке очень беспокоило Мухаммед-Амина и его русских покровителей. Не добившись расправы с казанскими беженцами, русские пытались уговорить Мусу, чтобы он убедил беков Алгази, Бегиша с сыном Утешем и сайда (духовного иерарха) Касима переехать в Москву с гарантией щедрого жалованья. Те отказались и продолжали требовать освобождения Али (Посольская 1984, с. 39, 41,42, 49).
Из двух братьев, стоявших во главе Ногайской Орды, Муса более рассчитывал на сотрудничество с Москвой; Ямгурчи же склонялся к военному решению казанского вопроса. Именно в такой обстановке Муса по смерти Аббаса возглавил ногаев и, вернувшись из «Туркмен», смог остановить большой поход на Казань, подготовленный ханом Ибаком и Ямгурчи (см. выше). Вдохновителями и этой авантюры были татарские беки. Тем не менее мелкие набеги и пограничные стычки ногаев с казанцами в конце 1480-х — начале 1490-х годов происходили «ежелет», о чем сетовал в обращении к Менгли-Гирею Мухаммед-Амин (см.: ПДК, т. 1, с. 146).
Временно отказавшись от попыток силовой поддержки проногайской группировки, Муса и Ямгурчи стали предпринимать усилия по мирному внедрению и расширению своего влияния в ханстве — в частности, путем династических браков. К.В. Базилевич приписывает инициативу породнения казанского дома с мангытами Мухаммед-Амину, который тем самым решил себя обезопасить от ногайских вторжений (Базилевич 1952, с. 207). На первый взгляд действительно именно Мухаммед-Амин в 1486 г. просил выдать за него, хана, дочь Мусы, Фатиму (Посольская 1984, с. 28). Но ведь подобные браки мангытских княжон в то время стали уже традиционными: дочь Ямгурчи, Каракуш, была женой хана Али; мать Мухаммед-Амина, Нурсултан — это правнучка Эдиге; Шибаниды восточного Дешта, включая Абу-л-Хайра, в XV в. тоже женились на мангытках. Так что едва ли правомерно представлять данную инициативу как некую хитроумную комбинацию казанского хана. Муса же размышлял и медлил несколько лет. Породниться с русским ставленником означало бы предать «ногайскую партию» Казанского юрта и ее знамя — свергнутого и сосланного Али-хана. К тому же в Москве породнение двух тюркских династов могли воспринять как закулисный сговор.