Например, в Татарстане на протяжении этих десятилетий вышла в свет лишь одна монография, в которой участие ногаев в политических событиях, связанных с Казанским ханством, проанализировано профессионально, объективно и на достаточной Источниковой базе, — «Очерки по истории Казанского ханства» М.Г. Худякова (1923 г.) (переиздание см.: Худяков 1991). Впрочем, татарстанских авторов и этой, и множества других книг, статей и диссертаций, посвященных той эпохе (XV–XVI вв.), ногаи интересовали почти исключительно как соплеменники казанской ханши Сююмбике, как участники взятия Казани ханами Мамуком и Сафа-Гиреем, как альтернативный (помимо Москвы и Бахчисарая) источник посажения ханов. За долгие годы накопилось много штампов и заблуждений, кочующих из одной работы в другую. Это ни в коей мере не является следствием низкой квалификации ученых или влияния национализма. Историческая наука тюркских республик подверглась сокрушительным ударам со стороны политического руководства — сначала произошел разгром краеведения в 1929–1931 гг. под лозунгом борьбы с пантюркизмом, а в 1944 г. Татарский обком ВКП(б) был раскритикован за «ошибки» в идеологической работе, в том числе за «идеализацию» Золотой Орды и эпоса «Идегей». Тогда же случилась депортация крымскотатарского народа, несправедливо обвиненного в поголовном сотрудничестве с фашистскими оккупантами, и стали вынашиваться планы о такой же акции в отношении казанских татар. Эти жестокие кампании некомпетентных чиновников надолго отбили у уцелевших татарских (и не только) ученых охоту к изучению тюркского средневековья. Лишь в 1980–1990-х годах наметился явный «прорыв» в методологии и источниковедении (работы М.И. Ахметзянова, Д.М. Исхакова, М.А. Усманова), позволяющий надеяться на подробное изучение предков нынешних поволжских татар и их связей с ногаями.
Более плодотворными оказались изыскания в Башкирии. Ее территория некогда входила непосредственно в Ногайскую Орду, и от той эпохи в составе башкирского этноса сохранились группы под названием «ногай» с соответствующими языковыми и этнографическими особенностями. Автору научной концепции этногенеза башкир Р.Г. Кузееву удалось детально проследить процесс инфильтрации ногайского компонента в среду собственно башкир. Свои этнологические наблюдения Р.Г. Кузеев (кстати, он и ведущий публикатор местных народных генеалогий-шеджере) сопровождает историческими экскурсами (Кузеев 19576; Кузеев 1974; Кузеев 1978; Кузеев 1992; Кузеев, Юлдашбаев 1957). Принципиальное влияние ногаев на этногенез башкирского народа и значительная их роль в его истории признавались исследователями давно, шеджере с повествованиями о ногайских временах издавались и анализировались еще в XVIII–XIX вв. Легенды и предания и по сей день составляют главный источник для тех ученых, которые пытаются разобраться в ногайском периоде истории Башкортостана (История 1991; История 1996; Мажитов, Султанова 1994; Трепавлов 1997в; Усманов А. 1982; Чулошников 1956).
Историческая наука автономных республик Северного Кавказа, где в настоящее время проживает основная масса ногайцев, уделяла этому народу, конечно, больше внимания. Отметим работы Е.П. Алексеевой и В.Б. Виноградова, а также его учеников (Алексеева 1957; Алексеева 1971; Виноградов 1980; Виноградов, Нарожный 1991; Нарожный 1988). Усилиями В.Б. Виноградова и историков его школы начала разрабатываться проблема появления предков ногайцев на Северном Кавказе еще до образования Ногайской Орды. Стала вырисовываться интересная и перспективная идея о том, что они обосновались в степях региона в золотоордынскую эпоху и что массовая миграция туда заволжских ногаев в XVII в. оказалась возвращением на «прародину» (или, добавим, одну из прародин).
Связь ногаев со Средней Азией изучалась с двух точек зрения: их участия в этногенезе каракалпаков и проживания в ханстве кочевых узбеков Абу-л-Хайра. Первая из этих тем стала исследоваться П.П. Ивановым и была подхвачена Т.А. Жданко, Л.С. Толстовой, А. Утемисовым (Иванов 1935; Жданко 1950; Толстова 1977; Толстова, Утемисов 1963а; Толстова, Утемисов 19636). Держава Абу-л-Хайра впервые монографически изучена Б.А. Ахмедовым (Ахмедов 1965). На основе мусульманских хроник он реконструировал сложные отношения узбекского двора с мангытскими лидерами, сыновьями и внуками Эдиге, проследил участие последних во внутренней политике и внешних мероприятиях хана.
И Юрт кочевых узбеков, и Мангытский юрт располагались на территории современного Казахстана. Поэтому именно от казахстанских ученых следовало бы ожидать приоритетных работ по истории этих политических образований. Однако вся казахская историография — это, в сущности, изучение развития казахского народа. Ногайский компонент этого развития практически игнорировался. Разумеется, очевидный факт нахождения Ногайской Орды в Западном Казахстане, на землях будущего Младшего жуза, не мог абсолютно не замечаться. Но, как и в других регионах, он оставался на периферии внимания исследователей. Ногайская тематика затрагивалась походя, в связи с историей основного коренного этноса республики или с изучением кочевых узбеков (восточных кипчаков), родственных казахам и ногаям. Тем не менее переплетенность судеб народов не позволяла полностью уйти от ногайских (мангытских) сюжетов. Так, великолепный свод переводов из тюркских и персидских хроник, осуществленный под руководством С.К. Ибрагимова в 1969 г. (МИКХ), дал уникальный материал для изучения не только казахских ханств в XV–XVIII вв. (такова была цель публикации), но и раннего, наименее известного нам периода в истории Ногайской Орды. Ценные сведения и авторские наблюдения о мангытах в Дешт-и Кипчаке приводятся в трудах Т.И. Султанова (Кляшторный, Султанов 1992; Кляшторный, Султанов 2000; Султанов 1982).