На основе решений конференции избранный ею подпольный обком РКП (б) разработал развернутую программу партизанской войны, которая в виде листовки была распространена в городах и селах.
В сентябре состоялась первая нелегальная конференция большевиков Новониколаевска, обсудившая директивы обкома РКП (б). Она утвердила подпольный городской комитет и создание трех партийных организаций, начавших подготовку к восстанию.
Однако белогвардейской контрразведке удалось выследить боевую группу, организованную братьями Кепп — Александром, Николаем, Михаилом и Владимиром. Были схвачены 30 дружинников, 20 из них, в том числе Александр и Михаил Кепп, расстреляны, остальные сосланы на каторгу.
Несмотря на жесточайшие преследования и многочисленные аресты, к весне 1919 г. в большевистской организации состояло более ста человек и она продолжала расти. Большевики Новониколаевска установили связь с подпольными группами в селах, с солдатами гарнизона, создали и возглавили несколько партизанских отрядов в Приобье. Влияние их увеличивалось с каждым днем. Возродились и включились в борьбу большевистские организации в Каинске, Барабинске, Татарске.
В декабре 1918 г. было создано Сибирское бюро ЦК РКП (б), которое координировало действия подпольных организаций, снабжало их деньгами, укрепляло кадрами. Перед отъездом в Сибирь некоторые партийные работники встречались с В. И. Лениным, инструктировавшим их. По поручению В. И. Ленина Я. М. Свердлов постоянно следил за деятельностью сибирского подполья. «Мы ни на минуту не забываем о вас, — писал он в одном из писем, — посылали неоднократно деньги — мало — не по нашей вине… внутренне мы крепче, чем когда-либо. Возможны временные неудачи, но значения они не могут иметь. Мы победим. Установим прочную связь, и работа пойдет полным ходом».
Летом и осенью 1919 г. сибирское подполье вновь подверглось кровавым ударам. Были захвачены и убиты руководители каннских большевиков, в Новониколаевске казнены Е. Б. Ковальчук, А. Ф. Шамшина и многие другие. Но павших сменяли новые и новые бойцы, продолжавшие их дело.
Белогвардейский переворот основная масса крестьян встретила настороженно, а беднота открыто заявляла о своих симпатиях большевикам. Уже первые мероприятия белогвардейского контрреволюционного правительства вызвали всеобщее недовольство, которое все нарастало. Крестьяне возмущались насильственным разгоном Советов, вмешательством чехословаков во внутренние дела русских, восстановлением царских налогов и взиманием недоимок за годы войны, запрещением пользоваться казенными лесными дачами, ликвидацией земельных комитетов, ответственных за осуществление ленинского декрета о земле.
Насильственная мобилизация молодежи для крайне непопулярной войны с Советской Россией вызвала в ряде волостёй волнения, подавленные карательными отрядами. Уже в июле 1919 г. В. И. Ленин отмечал, что основная масса сибирских крестьян, «самых сытых», «наименее большевистских», вступила в конфликт с буржуазно-эсеровской властью.
Вскоре после антисоветского переворота в селах стали возникать подпольные группы сочувствующих Советской власти. Их создавали большевики, члены первых Советов, революционно настроенныё солдаты-фронтовики, красногвардейцы и рабочие. К весне 1919 г. они действовали во многих селах. Повсеместно развернулась огромная работа по подготовке всеобщего крестьянского восстания, которое предполагали начать летом, когда Красная Армия подойдет к Тоболу.
В июне 1919 г. начались волнения крестьян Томской и Тобольской губерний, переросшие в Урманское восстание, охватившее 56 волостей. 10 июля, по заранее намеченному плану, выступило большинство волостей Татарского, Тарского и Каннского уездов. Восставшие объявили о свержении колчаковского режима как насильственно навязанного народу» разогнали белую милицию и кулацкие дружины, ликвидировали земские управы и создали революционные органы власти. На территории Партизанского края была проведена запись добровольцев и мобилизация мужчин, что позволило сформировать пять крупных отрядов (армий).
