По-видимому, именно заимствованный характер данного слова определил его относительную обособленность в лексико-семантической системе древнерусского языка: в ранних памятниках слово хѣръ функционирует исключительно как литтероним [Ягич 1896, 318, 427], в том же значении оно отмечено в Русской грамматике Лудольфа в 1696 г. (cheer, см. [Черных 2, 338]). Однако, по мнению академика В. В. Виноградова, уже в старорусском языке развивается новое, метафорическое значение ‘косой крест (наподобие буквы х)’, ср. в межевой грамоте начала XVI в.: а на пенье признака два хера на кресте [Виноградов 1994, 526]. Вероятно, в то же время появляется производный глагол херить ‘уничтожать или отмечать что-л. изображением креста или хера, перечеркивать, зачеркивать’ [там же]. Судя по тому, что форма совершенного вида похерить ‘перечеркнуть косым крестом’ отмечена уже в Лексиконе Вейсмана 1737 г. и в Русском Целлариусе 1771 г. [БАС 10, 1681], можно полагать, что данные глаголы имели широкое хождение в канцелярском языке XVII—XVIII вв.
В новом значении слово хер и производные глаголы широко используется в художественной литературе начала XIX в., в том числе в поэзии, что позволяет предположить отсутствие какой бы то ни было стилистически сниженной окраски слова в этот период, ср., напр., у В. Жуковского: Потом и критику-богиню пригласили / Их [стихи] с хладнокровием, ей сродным, прочитать. / Мы, слушая ее, / Стихи твои херили / Тебе же по херам осталось поправлять (К кн. П. А. Вяземскому, 1814—15 гг.) [БАС 17, 119]. Указание на характерную форму литер х и ф, которая и явилась причиной переносного употребления соответствующих названий, находим в цитате из А. С. Пушкина: …растопырив ноги наподобие буквы хера и подбоченясь наподобие ферта, произнес следующую краткую и выразительную речь… (История села Горюхина). В середине XIX в. подобное употребление становится повсеместным и закрепляется в фразеологизмах типа ноги хером или стоять фертом. К этому же времени относятся первые фиксации старого названия игры в херики и оники (последнее — от кириллического литтеронима онъ), т. е. в крестики и нолики [Даль 4, 547; БАС 17, 119]. Глагол херить и его многочисленные префиксальные производные захерить, нахерить, перехерить и т. п. широко используются в Словаре В. И. Даля для толкования других слов, что, несомненно, указывает на их узуальный характер, ср., напр.: Крестило ‘вещь, которою метят, отмечают, крестят, херят, чертят взад и вперед, бьют, хлещут и пр.’ [Даль 2, 192]. Из значения ‘зачеркивать’ у глагола (по)херить развивается новый семантический оттенок ‘уничтожать, ликвидировать’, представленный как в деловом, так и в художественном языке XIX в., ср. у А. Толстого в Дон-Жуане (в речи Сатаны): Беда все отрицать! В иное надо верить, / Не то пришлось бы, черт возьми, / Мне самого себя похерить! [Виноградов 1994, 527]. Показательно, что все значения, приобретенные словом хер и его производными в этот период, соотносились с представлением о соответствующей букве, что и определяло семантическую доминанту данного слова вплоть до новейшего времени.
Параллельно с функционированием в качестве нейтрального термина, рус. хер начинает использоваться как эвфемистический субститут нецензурного ругательства, начинающегося на эту букву. Хронологию начала такого употребления установить трудно: ни один письменный источник вплоть до начала XX в. его не фиксирует, что, впрочем, совершенно естественно ввиду стилистической и жанровой специфики литературы того времени. Однако, учитывая широкую распространенность в русском языке эвфемизмов, основанных на фонетической схожести со словом-табу (ругательством), в частности — на соответствии исходной буквы (ср. ё-кэ-лэ-мэ-нэ, ё-моё и т. п.), можно предполагать, что заместительная функция слова хер возникла довольно давно, намного раньше ее первых фиксаций. Эвфемистическая сила данного слова, смягчающая смысл высказывания, заключалась в том, что слово прочно ассоциировалось с названием буквы. Иначе говоря, еще в XIX в. выражение послать на хер звучало гораздо мягче, означая дословно послать на букву х. Впервые употребление данного слова в качестве синонима нецензурной брани отмечает Бодуэн де Куртенэ в своих дополнениях к 3‑му изданию Словаря В. Даля (1903—1908 гг.): убирайся к херу, ни хера [Даль³ 3, 1181], однако и здесь подобное употребление приводится как побочное, обусловленное контекстом.