Назначенный петербургским генерал-губернатором и снабженный диктаторскими полномочиями Трепов с первого момента своего прибытия в Петербург стал искать человека, которому он смог бы вручить верховное руководство полицией. Выбор его пал на Рачковского. Департамент Полиции и Министерство Внутренних Дел пытались оказать противодействие. Дурново, - товарищ министра внутренних дел, заведовавший в это время полицией, - с помощью Лопухина извлек из архива и вновь представил царю старый доклад Плеве о Рачковском, на котором "собственною его величества рукою" была начертана резкая резолюция о Рачковском. Ничто не помогло. Трепов победил, и 18 февраля 1905 г., т. е. на следующий день после убийства Сергея, Рачковский был назначен чиновником особых поручений при министерстве внутренних дел с возложением на него особой миссии по верховному руководству деятельностью петербургского Охранного Отделения. Он взял в свои руки центральную секретную агентуру по партии социалистов-революционеров и лично сносился с Татаровым, руководя всеми арестами, производимыми по сообщениям последнего. В июле Трепов получил повышение, - был назначен товарищем министра внутренних дел. Рачковского он продвинул за собою: 9-го августа последовало секретное (т. е. оставленное без официального распубликования) распоряжение о назначении Рачковского вице-директором Департамента Полиции с возложением на него функции руководства всею политическою частью работ Департамента. Звезда Рачковского взошла на небывалую высоту, и он первым делом начал сводить счеты со всеми теми служащими Департамента, которые были ставленниками Лопухина и Зубатова, главных виновников того позора и поношения, которое они навлекли на голову Рачковского. Понижения, перемещения и отставки следовали одна за другой. Одной из первых жертв пал Ратаев, - преемник Рачковского на посту руководителя политическим сыском заграницей. Рачковский немедленно после своего вступления в новую должность, вызвал Ратаева в Петербург, потребовал сдачи имеющейся у него агентуры и совершенно недвусмысленно указал, что в услугах его больше не нуждается.
Это был чувствительный удар и по Азефу. Ратаеву, конечно, ничего не оставалось, как подчиниться. Он вызвал Азефа, только что покинувшего Нижний Новгород, в Петербург, и здесь 21-го августа передал его Рачковскому. Это была их первая встреча (В литературе широко распространены утверждения о тесной связи, существовавшей между Рачковским и Азефом в более ранние периоды полицейской службы этого последнего. На этом основании построены все догадки о роли Рачковского в убийстве Плеве и в других террористических актах Боевой Организации, совершенных под руководством Азефа. Все эти утверждения не находят никакого подтверждения ни в свидетельствах осведомленных лиц, ни в документах. И сам Азеф (в беседах с Бурцевым после своего разоблачения), и Рачковский с Ратаевым, - т. е. все те лица, которые наиболее близко осведомлены о деле, - категорически отрицали существование между ними сношений. Единственный свидетель, утверждающий факт таких сношений, - Лопухин, в рассказах которого вообще имеется немало ошибок памяти. Совершенно определенно можно утверждать, что именно такой ошибкой памяти и вызван рассказ Лопухина о пересылке им через Рачковского 500 руб. Азефу для внесения в кассу Боевой Организации: из документов видно, что всю переписку об этих деньгах Азеф вел непосредственно с Департаментом в лице Ратаева и деньги ему Департаментом высланы 23 июня 1902 г. тем же самым способом, каким ему высылались все остальные суммы. Документы свидетельствуют, что в тот период Рачковский вообще не догадывался о действительной роли Азефа и в своих докладах от весны и лета 1902 г. писал о нем, как об активном социалистереволюционере.).
На положении Азефа она отразилась самым тяжелым образом: отныне он принужден иметь дело не с Ратаевым, которого он знал в течении ряда лет и все слабые стороны которого он успел изучить, а с человеком совсем для него новым, - и к тому же значительно более опытным в деле полицейского сыска, значительно более искушенным в области распознавания людей. Положение осложнялось и тем, что у Рачковского имелось много больше, чем у Ратаева, возможностей контроля сообщений Азефа: к нему поступали все сводки по наружному наблюдению, в которых регистрировались все встречи Азефа, свидетельствовавшие, что последний стоял в самом центре партии. Далее о роли Азефа Рачковскому теперь сообщал и Татаров, который хотя и далеко не во все был посвящен, но все же знал уже очень многое из внутрипартийных дел. Азеф почувствовал это изменение своего положения. Он понял, что теперь он должен выдавать, - и выдавать очень многое, - чтобы самому не быть проваленным перед полицией. На этот путь он и встал.
21-ое августа 1905 г. было важной датой в его биографии: в этот день он выдал Савинкова, обязался выдать Брешковскую, совершил целый ряд других предательств, - и в этот же день он получил прибавку к жалованью (правда, совсем небольшую: 600 руб. вместо прежних 500) и обещание щедро оплатить все расходы по поездкам. Договор был заключен. На следующий день Азеф получил жалованье сразу за несколько месяцев и 1300 руб. за разъезды, а под вечер, в купе первого класса курьерского поезда, выехал в Саратов, ловить "бабушку" Брешковскую. Его сопровождал сам начальник наружного наблюдения Департамента, старый знакомый Азефа, - Е. П. Медников. Другим поездом выехал другой отряд филеров; он должен проследить и поймать Савинкова, который отдыхал в имении у знакомого товарища, адрес которого ему был предупредительно дан Азефом.
Обе эти задачи оказались не выполненными: и Брешковской, и Савинкову удалось ускользнуть от ареста. В результате, конечный итог этой партии выдач Азефа был относительно совсем не велик: динамитная мастерская Горохова в Саратове, такая же мастерская Коноплянниковой в Москве, ряд более мелких арестов... Но из центральных деятелей партии никто не погиб. Целиком был спасен и весь личный состав Боевой Организации: его Азеф легко мог предать, так как знал, где можно найти людей, динамит и пр., - но сделать это он счел невыгодным и ограничился предательством одного только Савинкова. Он, конечно, предал бы и всех остальных, если б Рачковский нажал на него более сильно ...
Судьба избавила его от этого испытания, - так как готовила иное, горшее. Если член Центрального Комитета партии социалистов-революционеров раскрыл перед Рачковским действительную роль Азефа в революционном движении, то теперь в свою очередь один из наиболее доверенных чиновников Департамента, Л. П. Меньщиков, сообщил Центральному Комитету про полицейские заслуги Азефа. В добавление к опасности быть обвиненным в двойной игре Рачковским, Азеф оказался поставленным вплотную перед угрозой такого же обвинения со стороны революционеров.
Л. П. Меньщиков был старым, испытанным служащим ведомства политической полиции. В 1887 г. он был арестован в Москве по делу одного из маленьких революционных кружков и вскоре убедился, что со всех сторон опутан сетями предательства и провокации. По его рассказам, у него тогда же возникла мысль "клин выбить клином", - т. е. поступить на службу в полицию для того, чтобы разоблачить революционерам ее тайны. Намерения эти завели Меньщикова очень далеко. Он поступил на службу в московское Охранное Отделение и быстро выдвинулся своим умением составлять точные и ясные доклады. Угрюмый, молчаливый, всегда холодно вежливый, - как рассказывает о нем один его сослуживец, - он держался несколько особняком среди этих последних, но был ценим начальством, и дослужился до ответственного места в Департаменте Полиции. На этом посту он пребывал уже больше двух лет, когда "чистка", начатая Рачковским, поставила его дальнейшую службу под угрозу: Меньщиков был одним из "птенцов гнезда" Зубатова, которых теперь изгоняли из Департамента. К этому времени у него накопился обширный материал относительно различных полицейских тайн - и он решил вступить на путь разоблачения секретных агентов полиции.