Высокая оценка личности Никитенко как его товарищами по Отряду, так и сталкивавшимися с ним представителями центральных учреждений партии была причиной того, что после ареста Зильберберга функции организатора-руководителя Отряда перешли к нему, - хотя он и был одним из самых молодых членов Отряда, как по возрасту (ему в это время было всего 22-23 года), так и по революционному стажу.
Самым трудным и сложным из всех дел, которые теперь легли на его плечи, было "дело царя".
Начато это дело было еще при Зильберберге. Среди сочувствующих партии и желавших оказывать помощь ее террористическим группам, с которыми Зильберберг завел связи, имелся некто Вл. А. Наумов, - сын начальника дворцовой телеграфной конторы в Новом Петергофе. Знакомства с ним Зильберберг искал для получения сведений о времени поездок Столыпина и вел. кн. Николая Николаевича к царю. Но во время разговоров выяснилось, что Наумов может сообщить целый ряд сведений и о самом царе, - об его образе жизни и привычках, о внутренних распорядках во дворцах, о времени царских прогулок. Он рассказал, что знает одного казака из царского конвоя, который сочувствует деятельности революционеров. Из этих рассказов как будто бы следовало, что есть возможность организовать покушение против царя. Наумов намечал даже несколько пробных планов, которые, по его мнению, обещали успех. Конечно, все это были только отрывочные мысли, которые должны были подвергнуться проверке и разработке. Но они, - казалось, - давали ряд зацепок для поисков в соответствующих направлениях.
Вопрос, перед которым эти сообщения поставили Зильберберга, был весьма сложен. Разговоры об устранении царя среди деятелей боевых групп велись уже давно, но никаких конкретных шагов в этом направлении партия до сих пор не предпринимала. Старое решение, принятое руководящими учреждениями партии еще в 1902 г., при создании Боевой Организации, формально оставалось в силе: партия считала такое покушение несвоевременным и запрещала Боевой Организации поднимать руку на царя. Но за те пять лет, которые прошли после принятия этого решения, общая обстановка радикально изменилась. В 1902 г. царь почти не был вовлечен в политическую борьбу. Только немногие были осведомлены о том, что такое он представляет из себя в действительности. В широких слоях крестьянства еще твердо жила вера в "царя-батюшку", который желает добра своему народу, - и начинавшее пробуждаться недовольство было направлено исключительно против представителей власти во главе с министрами, которые не позволяют довести до сведения царя действительную правду о страданиях народных. В своей агитации революционерам приходилось считаться с подобными настроениями и избегать резких нападок непосредственно на царя. Даже в 1905 г. нередки бывали случаи, когда собрание, сочувственно слушавшее революционные речи об общих порядках в стране, прерывало оратора криками, когда он переходил к роли самого царя: "ты царя не замай!" тем более была реальной опасность, что нападение террористов на царя будет не понято народом и может оттолкнуть от революции колеблющиеся элементы.
Но после 1902 г. много воды утекло. События 1905-06 г.г. перед лицом всего народа втянули царя в непосредственную борьбу и сделали его в глазах масс лично ответственным за все то, что творили его именем министры. Сделала огромные успехи и антимонархическая агитация, - и специально агитация, направленная лично против Николая II. В частности, партия социалистов-революционеров еще осенью 1904 г., вскоре после убийства Плеве, приняла решение так строить свою агитацию, чтобы политически подготовлять возможность террористического удара и против царя лично.
На рубеже 1906-1907 г. г. в партии многие считали, что почва для такого удара уже подготовлена, - что вопрос о цареубийстве уже не вопрос политический, а только чисто технический, и что если возможность для деятельности в этом направлении открывается, партия ни в коем случае не должна упускать представляющегося ей случая.
Во всяком случае, решить этот вопрос своею властью Зильберберг, конечно, не мог и обратился за руководящими указаниями к тому члену Центрального Комитета, который был официальным представителем последнего по сношениям с Отрядом, - к П. П. Крафту. Последний совещался с некоторыми из членов центрального Комитета, - с В. М. Черновым и, по-видимому, Натансоном. Все они сошлись на том, что вопрос о царе действительно назрел, но немедленное выступление против него все они признали по тактическим соображениям невозможным: в это время шли выборы во вторую Госуд. Думу, дававшие победу левым партиям. Партия социалистов-революционеров на этот раз официально принимала участие в выборах и уже было ясно, что в будущей Думе она будет представлена довольно значительной фракцией. Заседать в Думе и одновременно организовать убийство царя партия, конечно, не могла: это поставило бы партию в совершенно невозможное положение. Но за то все считали, что в случае нового разгона Думы, - а он казался почти неизбежным, - удар против царя был бы и политически целесообразен и больше чем своевременен, а потому заранее подготовить возможность такого удара казалось весьма и весьма полезным.
В виду всех этих соображений в Центральном Комитете возбужденный Зильбербергом вопрос, насколько удается установить, официально не был даже и поставлен, но Зильбербергу были даны указания о желательности и необходимости возможно шире развернуть работу по собиранию сведений, могущих быть полезными для организации в будущем выступления против царя. Работа эта должна была состоять только в одном собирании сведений: было совершенно определенно оговорено, что никаких активных действий в этом направлении Отряд предпринимать не имел права без особого и прямого о том указания со стороны Центрального Комитета.
В таком положении находилось это дело, когда Отряд перешел под руководство Никитенко. Сложность задач, которые стояли перед ним, невидимому, смущали последнего: ведь кроме собирания сведений о царе он вел дела против Столыпина и вел. кн. Николая Николаевича, каждое из которых, взятое в отдельности, представляло большие трудности, чем в свое время дела Плеве и вел. кн. Сергея. Поэтому понятно, что он с особенной радостью ухватился за возможность посоветоваться со "старым" и умудренным опытом" вождем Боевой Организации, - с только что прибывшим из-за границы Азефом. Свидание их состоялось в Финляндии в самом конце февраля или даже в начале марта 1907 г. Никитенко посвятил Азефа во все подробности работы Отряда, ознакомил с его силами и планами. Он хотел, чтобы Азеф вообще взял Отряд под свое руководство. Последнее предложение Азеф решительно отклонил. Помимо общих соображений, по которым он вообще отказывался от участия в террористической работе, для данного случая он выдвинул и специальный довод: члены Отряда, - заявил он, - навербованы не им; некоторые из них лично ему совсем неизвестны, а при таких условиях он не может нести ответственности за то, что в состав отряда не пробрался агент-провокатор.
Такую ответственность, - говорил он, - он может брать на себя только тогда, когда сам пропускает через свой контроль весь состав Отряда. В этом была доля истины: разбираться в людях он действительно умел не плохо. Но в данном случае за оговорку о провокации он предусмотрительно прятался потому, что уже в эго время предназначал весь Отряд на гибель. Оказавшись взять Отряд под свое ведение, Азеф, как передают биографы Никитенко, не отказался однако от дачи некоторых советов начинающему работнику боевого дела, - и одним из особенно подчеркнутых им советов был совет усилить разведочную работу против царя. В частности он советовал как можно теснее связаться с тем конвойным казаком, связь с которым была установлена через В. А. Наумова.
Никитенко последовал этому совету, хотя ему, - как свидетельствуют некоторые из его тогдашних сотоварищей по работе, - казак не казался особенно внушающим доверие: в качестве офицера он лучше знал военную среду и, по-видимому, чувствовал какую то фальшь в его поведении, о котором он знал только по рассказам.
И действительно - этот казак, - его фамилия была Ратимов, - сыграл роковую роль в судьбе и всего Отряда в целом, и Никитенко лично: он действовал по поручению своего начальства в качестве агента-подстрекателя. Силач и красавец, большой любитель выпить, он принадлежал к тому типу разбитных гвардейских солдат, которых совсем разлагала сытая жизнь среди столичных соблазнов. Этот тип хорошо известен всем, кто вел революционную работу в войсках: представители его могли вести разговоры на любые темы, умели прикидываться понимающими и сочувствующими различным прогрессивным идеям, так как нахватались обрывков различных мыслей, - но они никогда ничего не имели за душой, - ни веры, ни убеждений, - и готовы были продать всех и каждого, если только эта продажа обещала принести им материальные выгоды.