Главнейшие придворные должности были быть переданы итальянцам, а на церковные должности, находившиеся в распоряжении эрцгерцога, были назначены баварцы. Затем, начиная с 1581 года, евангелических проповедников стали изгонять из герцогских городов и рынков и заменять их священниками, получившими свое воспитание у иезуитов. В то же время детям в Граце запретили посещать национальную протестантскую школу, и, чтобы иметь возможность запретить им посещение школ, находящихся в других городах, иезуитская коллегия в Граце была 1 января 1585 года преобразована в университет с вполне определенной целью — держать в чистоте католическое учение и искоренить ересь. Само собой разумеется, что некатоликам запрещали занимать какие-либо общественные должности, но еще более сильное впечатление произвело то, что герцог начал угрожать религиозной свободе даже самой знати и что он поставил дарование прав гражданства во всех городах в зависимость от принесения католической присяги.
Карл умер 10 июля 1590 года, клятвенно обязав своих преемников под угрозой лишения их прав поддерживать католическую религию и продолжать дело контрреформации. Но его сыну и преемнику Фердинанду было только двенадцать лет, и евангелики, воспользовавшись слабым правлением, вновь захватили значительное число церквей. Их национальная школа приобрела цветущий вид, и Грац опять, казалось, превратился в протестантский город.
Утверждают, что на Пасхе 1596 года из всех жителей Граца только молодой герцог слушал обедню по католическому обряду. Но все немедленно изменилось, как только эрцгерцог повзрослел. Он был в течение пяти лет учеником иезуитов в Ингольштадте, и его ум, впрочем довольно посредственный, не мог представить себе более высокой задачи, чем восстановление католической церкви в своих наследственных владениях. Шло ли это на пользу его владениям или нет, это было для него безразлично. «Я предпочитаю, — говорил он — царствовать скорее в разоренной, чем в проклятой стране».
В сентябре 1598 года он изгнал из Граца всех протестантских учителей и проповедников, а в октябре 1599 года приказал закрыть все евангелические церкви и часовни в городах, на рынках и в деревнях Штирии. Местечки, оказывавшие сопротивление, были приведены к покорности военными «реформационными комиссиями». Если это не помогало, жителей вынуждали покидать родину и конфисковали десятую часть их движимого имущества.
В начале XVII века преследования начались в Коринтии и Крайне. Все же Фердинанд сначала не осмеливался приняться за дворянство. Лишь в 1628 году он принудил 800 дворян-евангеликов покинуть Австрию. Так была наконец выполнена программа, намеченная пятьдесят лет назад в Мюнхене: протестантская церковь Внутренней Австрии была уничтожена, безраздельное господство католической веры было обеспечено. С внешней стороны этот «подвиг» был как будто делом государей. Но протестантское население не ошибалось, возлагая большую часть ответственности на иезуитов, особенно на грацских иезуитов; и то, что Фердинанд по окончании дела подарил грацской коллегии большое Мюльштадское поместье и затем основал новые коллегии, в 1602 году в Клагенфурте и в 1613 году в Леобене, доказало, что протестанты были правы.
В это же время католическая реакция началась в Верхней и Нижней Австрии, а также в Зальцкаммергуте. И здесь цель всех мероприятий сводилась к тому, чтобы поставить вне закона протестантизм на всех коронных территориях, восстановить во всех приходах католических священников, реформировать школы и даже Венский университет. Не тронули только дворянство, и то лишь в первое время.
Насколько нам известно, иезуиты нигде не были замешаны в насилии. Они довольствовались более скромной ролью военных герольдов; кроме того, они неутомимо готовили в своих венских школах новых борцов, укрепляли католическую веру среди студентов и буржуазии при помощи мариинских братств, проповедей и исповеди, и прежде всего заботились, опираясь на свое влияние при дворе, о том, чтобы не дать остыть воинственному пылу правителей. Когда правительство заканчивало свою деятельность в какой-либо местности, они стремились возродить искреннюю веру в сердцах тех, кого насилие вернуло в лоно старой церкви; но им часто приходилось убеждаться в том, что там, где сеяли солдаты, священники ничего не могут пожать. Однако наиболее выдающиеся среди них, например тиролец Георгий Шерер, популярный в Вене проповедник, не смущались этими неудачами. Они знали, что настанет день, когда они одержат полную победу.