Муки Игнатия росли с каждым днем. Наконец он дошел до того, что в одно воскресенье после причастия почувствовал искушение положить всему конец, выбросившись из окна, возле которого у него была привычка молиться. Однако он вовремя опомнился. Глубокое потрясение его души вылилось в горячую молитву: «Господи, я ничего не хочу делать, что могло бы оскорбить Тебя». В то время когда он произносил эту молитву, ему припомнился чудесный рассказ из «Житий святых». Один святой заставил Бога услышать себя, отказываясь от какой бы то ни было пищи до тех пор, пока Бог не внял ему. Игнатий также решился испробовать это средство. В течение целой недели он ничего не ел. Но в следующее воскресенье духовник приказал ему принять пищу. Казалось, однако, что эта странная попытка увенчалась успехом: в течение целых двух дней он не чувствовал никаких угрызений совести. Но во вторник, когда он стал на молитву, угрызения совести опять охватили его с неслыханной силой. Воспоминание об одном дурном поступке пробуждало в нем воспоминания о других прегрешениях. «Его дух влекло от одного греха к другому». Ему казалось, что ни один грех не искуплен, что нужно опять и опять каяться.
За этим возбуждением последовал глубокий упадок духа. Но вдруг Игнатий как бы пробудился от тяжелого сна. Он вспомнил о замечательном опыте, который некогда получил в замке Лойола в то время, когда в его уме проносились то светские, то духовные планы на будущее. Как тогда, он и теперь пришел к выводу: мысли, смущающие и подавляющие душу, исходят от дьявола. За этим умозаключением немедленно последовало решение никогда не упоминать на исповеди о давно уже отпущенных прегрешениях. С этого момента он почувствовал себя свободным. Борьба была закончена: среди мук родился новый человек.
Впоследствии ученики Игнатия любили сопоставлять религиозную эволюцию Игнатия с религиозной эволюцией Лютера. Действительно, параллель между моральной борьбой Игнатия в келье доминиканского монастыря в Манрезе и моральной борьбой Лютера в Виттенбергском монастыре очень поучительна. Обоих ввергает в глубокое смятение, в сущности, одно и то же — потребность получить личную уверенность в прощении грехов. Обоим в этом душевном состоянии бессильны помочь утешения и благодать церкви. Но Игнатий не потрясен, как Лютер, до глубины души сознанием этого бессилия. Он ни на минуту не сомневается, что священник облечен властью отпускать грехи. В спокойные моменты он ясно сознает неосновательность своих мучений. Игнатий видит в них не естественное последствие своей виновности, а болезненное и ненормальное состояние, вмешательство посторонней силы, которая овладевает им против его воли. Поэтому мир возвращает ему не фраза из Священного Писания, как Лютеру, а умозаключение, что его угрызения исходят от дьявола. Это заключение с первого взгляда кажется чем-то совершенно произвольным; оно представляет собой предположение, которое принимают потому, что его хотят принять, а не убеждение, которому подчиняются потому, что вынуждены подчиниться. Однако Игнатием эта мысль овладела с силой убеждения: она была лишь следствием того общего мировоззрения, в атмосфере которого он вырос.
Поэтому не следует удивляться, что и впоследствии решения и убеждения Лойолы определяет не Писание, как у Лютера, а видения и озарения. Видение заставляет его снова есть мясо; целый ряд видений раскрывает ему тайны католических догматов и заставляет его реально переживать эти догматы. Так, Троицу он созерцает в форме трехструнного клавикорда; тайну создания мира — в форме чего-то неопределенного и легкого, испускающего блестящие лучи; таинственное сошествие Христа во время евхаристии — в виде световых лучей, спускающихся на дары в тот момент, когда их поднимает молящийся священник; человеческую природу Христа и Деву Марию — в форме тел ослепительной белизны; Сатану — в виде чего-то змеевидно сверкающего, подобно «тысячам таинственно мерцающих глаз».
Позднее эти видения иногда повторялись. Так, особенно часто до конца своей жизни он созерцал Христа в образе «чего-то большого, круглого, блестящего, как золото» или в виде «солнца»; он нередко видел также Троицу в форме «огненного шара», Святого Духа — в форме ослепительного пламени, Бога Отца и Деву Марию. Реже он слышал голоса. С ним часто случались «озарения», то есть состояния особенного возбуждения чувства и особенного просветления разума, не сопровождавшиеся видениями. Подобное озарение он испытал однажды в Манрезе, когда сидел погруженный в размышления у подножия креста на берегу Кардонера, устремив глаза в глубину ущелья, где бушевала река. Много тайн веры и науки стали тогда для него сразу ясными и светлыми, и позднее он утверждал, что все его занятия не дали ему столько познаний, сколько эти несколько кратких мгновений. Однако он не мог указать, какие именно тайны раскрылись ему в этот момент. От них у Игнатия осталось лишь смутное воспоминание, чудесное впечатление, как будто в это мгновение он был «иным человеком с иным умом».