Ксавье обладал способностью необыкновенно быстро приспосабливаться к совершенно чуждой для себя среде. Он очень быстро научился обращаться с индусами, малайцами, японцами и китайцами с такой же легкостью, как с испанцами и португальцами. К этой свежести, живости и энергии чувства и воли добавлялся и редкий практический талант. Инструкции, которые он давал своим сотрудникам, поражают своей широтой, здравым смыслом и мудростью; его попытки организовать общины обращенных, например среди рыбаков индостанского побережья, свидетельствуют о таких организаторских способностях, подобных которым трудно найти даже в истории миссий, очень богатой подобными талантами. Он не был также лишен нравственных качеств, необходимых для выпавшего на его долю призвания. Дело составляло для него все, собственная же личность — ничто; зависть, властолюбие, мелочные заботы о собственном авторитете, здоровье, личные удобства были ему совершенно чужды. Он нисколько не преувеличивал, говоря, что ему сладко нести крест Христа, и его заявление: «Я боюсь одного лишь Бога; все остальное для меня не страшно», — вовсе не было фразой.
Но можно ли на этом основании сравнивать его с апостолом Павлом и утверждать, как делают это некоторые, что он был величайшим проповедником христианства среди язычников со времен Павла? Это значило бы сильно преуменьшить заслуги апостола и дать Ксавье почетное место, на которое он никогда не претендовал. В своей миссионерской деятельности он нисколько не стесняется обращаться за содействием к государственной власти. Он требует, чтобы португальский король смещал и даже наказывал конфискацией имущества и продолжительным тюремным заключением тех колониальных чиновников, которые не выполняют всех желаний миссионеров в деле распространения веры. Он требует, чтобы вице-король образумил вооруженной силой враждебных христианству индусских князей, хотя с политической точки зрения им нельзя было выдвинуть ни одного упрека. Однажды он даже советует послать португальский флот крейсировать вдоль аравийского побережья, напасть на Мекку и подорвать таким способом престиж ислама в Южной Азии.
Могущественные и хорошо организованные религиозные общины Южной и Восточной Азии кажутся Ксавье спелой нивой, которая лишь ждет руки жнеца. Он хочет всегда пожинать, не давая себе труда сеять. Он бродит без отдыха, переходя из одного места в другое и нигде не пуская корней. Он не изучает ни одного языка многоязычного Востока настолько основательно, чтобы действительно хорошо владеть им. Он нигде не действует долгое время и нигде не достигает прочных результатов.
В сопровождении своих тамильских переводчиков он объезжал одну деревню за другой. Когда представлялся удобный случай, он звоном своего переносного колокола созывал взрослых и детей и читал им символ веры, «Отче наш», «Богородицу», десять заповедей, которые заблаговременно велел перевести на тамильский язык. В воскресенье он собирал для этих занятий всю деревню. Когда жители хорошо усваивали катехизис и утверждали, что твердо верят в то, о чем говорится в двенадцати членах символа веры, он немедленно приступал к исповеди и крещению и трудился, пока его руки не опускались от усталости и не отказывался служить голос. Таким форсированным маршем были обращены и весьма удачно организованы в церковном отношении тридцать деревень: в каждом приходе был установлен священник-канак, который крестил, благословлял браки и заставлял вновь обращенных христиан петь по воскресеньям и праздничным дням символ веры. Для оплаты этих священников Ксавье получил от португальской королевы деньги из ее частной казны, которая носила название «личного чулка». По этому поводу он остроумно заметил ей, что в этих чулках ее величество скорыми шагами достигнет рая.
При помощи таких же экспедиционных приемов Ксавье обратил в 1544 году тысячи искателей жемчуга на траванкорском берегу; здесь после массовых крещений он позаботился устроить школы и изыскал средства для удовлетворения духовных нужд новых христиан европейских и тамильских проповедников. Однако даже самая разумная организация не могла устранить недостатки этих массовых, чисто механических обращений. Христианство нисколько не разрушило местных языческих нравов и представлений.
Между тем искатели жемчуга Манаарских островов, на северном берегу Цейлона, последовавшие в 1544 году примеру людей своей касты на континенте, были большей частью перебиты королем Яфнапатамом. Узнав об этом, Ксавье потребовал от вице-короля немедленного наказания «тирана»; и так как в это время нашелся претендент на трон Яфнапатама, обещавший, если его права будут признаны, принять христианство вместе со всем своим домом, то Ксавье решил покорить для христианства всю северную часть Цейлона с помощью португальского оружия.