Борьба между иезуитами и колонистами из-за индейцев продолжалась в течение XVI и XVII веков; она велась с обеих сторон с таким ожесточением, что неоднократно дело доходило до военных столкновений. Генеральной квартирой врагов иезуитов и индейцев были штат Сан-Паулу и штат Марангао. Охотники на индейцев в 1640 году прогнали иезуитов из штата Сан-Паулу и разрешили им в 1653 году вернуться лишь на том условии, что иезуиты не будут мешать своими громкими протестами их честному ремеслу.
В то время как на юге орден вынужден был подчиниться этому жестокому унижению, на севере, в штате Марангао, отец Антоний Виейра начал свою борьбу против охотников за рабами Сен-Луиса и Белема. Незадолго до этого он был придворным проповедником лиссабонского двора и пользовался огромной известностью как юрист и дипломат. Но он без всякого сожаления покинул свое блестящее и влиятельное положение и в качестве визитатора ордена отправился обращать в католичество индейцев Северной Бразилии. Его красноречие произвело даже в провинции Марангао настолько сильное впечатление, что в 1653 году население Сен-Луиса и Белема единодушно высказалось за запрещение охоты за людьми. Но этот энтузиазм был непродолжителен. Запрещение было отменено уже в 1654 году.
Тогда Виейра отправился в Лиссабон. В Америке он добился всего, чего хотел: иезуиты получили в 1655 году духовную и светскую власть над всеми не покоренными еще индейцами области Амазонки. В то же время губернатором провинции был назначен бразилец, расположенный к Виейре. После этого мужественный иезуит мог с успехом приняться за духовное покорение страны туписов и караибов. На острове Марайо, в бассейне Токантина, Шингу, Амазонки и всюду, где появлялись черные рясы, индейцы тысячами променивали свою свободу на подчинение мягкой власти иезуитов. Даже страшные каннибалы Цеары и Пиауги начали благодаря мягким увещеваниям Виейры и его послов постепенно соединяться вместе и переходить к земледелию. Не нужно обладать большим умом, чтобы понять, какие выгоды обеспечивал этот успех всей провинции Марангао: нападения лесных индейцев прекратились; пограничная территория колонии открылась для колонизации; сухопутная дорога между Марангао и Пернамбуко стала с этого времени столь же свободной и безопасной, как и морская.
Однако в Марангао никак не могли примириться с запрещением охоты на человека. В 1661 году коллегии иезуитов в Сен-Луисе и Белеме были взяты приступом, иезуиты арестованы и посажены на корабли. Сам Виейра, имевший мужество броситься навстречу возмутившейся толпе, был сначала жестоко избит, затем отправлен под стражей в Сен-Луис и, наконец, осужден на вечное изгнание вместе со всеми членами ордена. В Лиссабоне изгнанник нашел много симпатий, но ни малейшего желания наказать бунтовщиков. Напротив, правительство из боязни ухудшить положение дел поспешило утвердить изгнание Виейры, уничтожить все привилегии иезуитов и закрыть глаза на возобновление охоты за людьми. Лишь в 1680 году король Педро II осмелился отменить эти скандальные меры и восстановить право иезуитов на неограниченный надзор над индейцами.
Но в Марангао подчиняться не захотели, и лишь в 1685 году португальцам удалось вернуть иезуитов. Но они теперь стали поступать благоразумно. Система Виейры, которая неизбежно привела бы к возникновению второго иезуитского государства на севере Бразилии, была оставлена. Иезуиты, конечно, могли проповедовать Евангелие, но они должны были допустить конкуренцию капуцинов, кармелитов, мерцедариев. Они нигде не получили неограниченной власти над деревнями миссии. Их тридцатилетняя война против плантаторов, несомненно, не закончилась поражением, как в штате Сан-Паулу, но привела только к половинчатой победе. Им удалось восстановить в Северной Бразилии 28 крупных миссионерских поселений, но организация их вовсе не отвечала идеалу. Правда, закон запрещал и в Бразилии вход всем белым в эти деревни. Но практически иезуиты не могли помешать купцам, искателям золота, плантаторам селиться в непосредственной близости с ними.
Они были также обязаны поставлять государству и плантаторам в течение шести месяцев в году за плату всех работоспособных индейцев. Таким образом, иезуиты не были в состоянии развивать и воспитывать индейцев в таком соответствии со своим идеалом, как в Парагвае, в области чикитосов и мохосов. Вина за это падала на португальское правительство. Оно интересовалось гораздо больше золотом и драгоценными камнями Бразилии, чем индейцами, и нисколько не желало рисковать своей слабой властью, чтобы разрешить с большой затратой денег и людей индейский вопрос в соответствии с идеями иезуитов.