Уже в Барселоне, среди своих старых манрезских знакомств, он играл большую роль как духовный руководитель. Ему удалось сгруппировать вокруг себя нескольких университетских товарищей, которых он пробудил к религиозной жизни. Эти друзья образовали под его руководством при университете Алкала благочестивую ассоциацию студентов, поставившую перед собой две задачи: 1) личное освящение, 2) заботу о душах своих ближних. Первую из этих задач они думали осуществить путем строго аскетического образа жизни, путем еженедельных исповедей и причастий. Для выполнения второй задачи они организовывали собрания на частных квартирах, где Игнатий пытался морально влиять на слушателей проповедями, которые он произносил на тему о десяти заповедях. Действительно, таким образом ему удалось завоевать немало душ, в основном среди женщин низкого положения: одиноких вдов, работниц, служанок шестнадцати — девятнадцати лет. С какой энергией Игнатий применял свой религиозный пыл к слабому полу, показывает уже то обстоятельство, что женские обмороки на этих собраниях происходили очень часто.
Понятно, что такая горячая пропаганда возбудила сначала внимание, а потом и подозрения инквизиторов. Уже в конце 1526 года маленькому обществу пришлось подвергнуться суровому допросу; оно должно было отказаться от особого костюма и заменить его обычной одеждой студентов. В апреле 1527 года инквизиция даже посадила Игнатия в тюрьму, намереваясь возбудить против него формальный процесс по обвинению в ереси. Следствие заинтересовалось не только странными явлениями, которые имели место среди благочестивых последовательниц Лойолы, но и своеобразными утверждениями обвиняемого о чудодейственной силе, которую сообщает ему его целомудрие, и его странными теориями о различии между смертными и искупимыми грехами, которые, кстати, обнаруживают поразительное сходство с известными определениями иезуитских моралистов позднейшей эпохи.
Все это не давало достаточного повода, чтобы осудить Игнатия за ересь, но было вполне достаточно, чтобы запретить ему и его товарищам устраивать собрания (1 июня 1527 года). В Саламанке, куда осенью переселилось маленькое братство, его вскоре постигла та же судьба: заключение в тюрьму, суровый допрос судей инквизиции, наконец, оправдательный приговор, однако с запрещением проведения собраний. Таким образом, Игнатий фактически был изгнан инквизицией из Испании. Он решился покинуть родину и отправиться в Париж, чтобы продолжать свое образование в самом знаменитом из католических университетов. Его маленькое братство должно было вскоре последовать за ним. Но этот план потерпел крушение. Старые товарищи один за другим покинули Игнатия. Он был вынужден начать в Париже все сначала.
Первый опыт оказался не очень удачным. Правда, Игнатию удалось в течение 1528 года основать вместе с тремя испанскими студентами новое маленькое общество. Однако один из троих впал в меланхолию, двое других стали вести экзальтированную аскетическую жизнь. Очевидно, ни один из них не понял истинного смысла идей Игнатия. Эти события привели всю группу испанских студентов в сильное возбуждение. Игнатий был публично наказан кнутом в той коллегии, где он слушал лекции, как соблазнитель молодежи. В то же время на него опять донесли инквизиции как на еретика. Казалось, что вновь для него все было потеряно. Но и на этот раз он обезоружил противников своим хладнокровием.
Правда, он должен был отказаться от всякого воздействия на своих товарищей. Игнатий оказался достаточно рассудительным, чтобы прекратить на время благочестивые попытки воздействовать на души своих сотоварищей. Со всей своей энергией он обратился к научным занятиям, которыми до этих пор совершенно пренебрегал. Его успехи были посредственны: он никогда не сделался ученым. Но все же гуманистическое образование в том виде, как оно было представлено профессорами коллегии святой Варвары, произвело на него сильное действие. Позднее, организуя свои ученые школы, он много содействовал распространению его по всему свету.