Ту же необычайную мудрость генерал проявил и в великом догматическом споре, который в это время завязался в Испании между доминиканцами и иезуитами по поводу учения о благодати. Он счел необходимым не допускать этого спора на рассмотрение испанской инквизиции. Но в то же время он не хотел навлечь на себя гнева этого могущественного трибунала. Поэтому он выжидал до тех пор, пока должность великого инквизитора не стала вакантной, и лишь тогда убедил папу перенести спор на рассмотрение в Рим (1597 год).
Климент VIII назначил специальную комиссию для расследования этого вопроса. Но дебаты этой комиссии не приводили ни к какому результату, так как ни одна сторона не хотела делать уступок. Папа лично склонялся в пользу доминиканцев. Но, как только он выражал намерение высказаться в этом смысле, иезуиты начинали грозить ему требованием созыва Вселенского собора. Это так пугало папу, что он предпочел молчать и не вмешиваться. Он умер 5 марта 1605 года, не разрешив спора. Комиссия прервала свои работы. Великий спор закончился ничем. Но иезуиты получили, по меньшей мере, возможность продолжать свободно развивать свое учение. Таким образом, и в этом споре авторитет их остался неколебимым — прежде всего благодаря хитроумной политике Аквавивы.
Аквавива был последним из великих генералов ордена. С его преемником, римлянином Муцио Вителлески (1615— 1645), этим мягким и склонным к компромиссам «ангелом мира», который мог лишь просить, вместо того чтобы повелевать, и увещевать, вместо того чтобы наказывать, начинается упадок ордена. Генерал уже не управляет орденом, а лишь представляет его. Управление все более переходит в руки генерального штаба и офицеров, то есть профессов, так что в конце концов орден превращается из самодержавной монархии в многоголовую олигархию, которая ревниво борется с генералом за свои права и власть, подобно тому как некогда венецианская синьория боролась с дожами.
Эта эволюция внешним образом проявилась прежде всего в изменении положения профессов. Вместо того чтобы вести в своих домах скромную и бедную жизнь нищих монахов, как предписывали статуты, или же работать среди еретиков и язычников в качестве посланцев папы, профессы стали стремиться в коллегии, куда статуты допускали только схоластиков и коадъюторов, не только для того, чтобы занимать там наиболее видные должности, но для того, чтобы спокойно пользоваться богатыми доходами этих учреждений. Они больше заботились о мирном наслаждении жизнью, чем о работе, и «охотно предоставляли молодым всю тяжесть реальных дел».
Имеются весьма поучительные свидетельства об ослаблении военно-монашеского духа. Вместо того чтобы отказываться от своего состояния немедленно после вступления в орден, иезуиты откладывали отказ до четвертого года после своего принятия. Случалось даже, что и по истечении этого срока их приходилось настойчиво призывать к выполнению лежавшей на них обязанности, потому что они находили всякого рода предлоги для дальнейших отсрочек.
Они отписывали свое состояние не ордену, как настойчиво советовал Игнатий, а обычно одному из учреждений; и вместо того, чтобы отложить после отказа всякое попечение о своем имуществе, сохраняли за собой право управлять им. Благодаря этому они фактически продолжали оставаться собственниками, и принесенный ими обет бедности превращался в простую фикцию. Раз иезуиты могли свободно управлять собственным имуществом, ничто не мешало им брать в свои руки заведование имуществом занятых родственников, вести гражданские процессы в светских судах, ликвидировать банкротства и вмешиваться в дела, которые совершенно не входят в компетенцию монаха. Игнатий строго осудил бы эти проявления в жизни ордена. Но орден в своем большинстве не видел в этом ничего зазорного. Он терпел еще худшие злоупотребления. Некогда он усиленно подчеркивал полную бесплатность обучения в своих школах. Этот принцип поддерживался по-прежнему, но только на словах. Иезуиты, нисколько не смущаясь, принимали подарки всякий раз, когда это было возможно, — подарки настолько значительные, что о бесплатном обучении более не могло быть и речи.
Орден умышленно искал богатых учеников и старался по возможности убедить их вступить в орден, несмотря на то что они еще не достигли возраста, предписанного статутами. Еще больше порицаний вызывала та поспешность, с которой иезуиты всюду бросались в торговлю и промышленность с целью увеличить свои доходы. Римская коллегия изготовляла огромное количество сукна и открыто продавала его на ярмарках. Индийские миссии вели доходную торговлю колониальными продуктами, а антильские, мексиканские и бразильские миссии конкурировали с ними. На Мартинике один особенно предприимчивый прокуратор мог, не встретив препятствий со стороны старших, создать обширные плантации, которые он обрабатывал руками купленных для этой цели рабов-негров совершенно так же, как это делали богатые плантаторы.