Наиболее известная версия последующих событий принадлежит перу анонимного панегириста принца Мехмеда, окончательного победителя в гражданской войне. После битвы при Анкаре Мехмед удалился в свою ставку в северо-центральной Малой Азии, чтобы снова появиться, когда сам Тамерлан отправился обратно на восток в 1403 году. Затем Мехмед разгромил принца Ису в сражении к югу от Мраморного моря и занял Бурсу, находившуюся в руках Исы; впоследствие его войско было вовлечено в стычки с различными местными властителями, защищавшими свою вновь обретенную независимость от османского владычества. Похоже, принц Иса дал бой армии Тамерлана в Кайсери, после чего укрылся в северо-западной Малой Азии, где и был убит Сулейманом в 1403 году. Соглашение, заключенное принцем Сулейманом в Гелиболу, обеспечило ему период стабильности на Балканах. В 1404 году он переправился в Малую Азию и отбил Бурсу и Анкару у принца Мехмеда, который отступил в Токат на севере центральной Малой Азии. Сулейман правил в Румелии и Малой Азии вплоть до Анкары, и казалось, что его будущее в качестве преемника своего отца было обеспечено, и в самом деле некоторые историки считают, что он уже стал султаном, упоминая его как Сулеймана I.
Тем не менее в 1409 году на сцене появился новый персонаж и стал угрожать владениям Сулеймана. Его младший брат принц Муса был отпущен Тамерланом в 1403 году под опеку эмира Гермияна, который в свою очередь перепоручил его Мехмеду. Нападение на Сулеймана произошло с абсолютно неожиданной стороны: Муса приплыл в Валахию из порта Синоп на севере Малой Азии, где обрел плацдарм, женившись на дочери валашского воеводы Мирчи. Мирча перенес на Сулеймана свою ненависть к Баязиду и полагал, что встать на сторону Мусы послужит его выгоде. Военная кампания Мусы в Румелии не обошлась без неудач, но к маю 1410 года он занял столицу Сулеймана в Эдирне и достиг Гелиболу, вынудив Сулеймана с некоторой поспешностью уйти из Малой Азии. Император Мануил видел в борьбе за наследство свое спасение и старался продлить ее: он вернул себе контроль над путями между Малой Азией и Румелией в результате соглашения 1403 года и помогал Сулейману переправляться через Босфор. Но вскоре Сулейман был казнен по приказу Мусы близ Эдирне, будучи пьяным, если верить анонимному летописцу, и поле битвы осталось за Мехмедом и Мусой.
Таким образом принц Муса унаследовал владения своего брата Сулеймана и в Румелии, и в Малой Азии и с трудом управлял ими последующие два года. Сын Сулеймана Орхан нашел убежище в Константинополе и, опасаясь, что тот может стать центром заговора против него, Муса осадил Константинополь осенью 1411 года, но безрезультатно. Постепенно советники и командиры покидали его, а брат, принц Мехмед, с помощью Мануила переправился через Босфор и встретился с Мусой в битве около Чаталджи во Фракии, затем Мехмед вернулся в Малую Азию. Хотя Муса победил, его земли в Румелии были захвачены войсками его бывшего союзника Стефана Лазаревича, который заплатил за это на следующий год, когда Муса отомстил, напав на несколько сербских крепостей.