В 1413 году Орхан высадился в Фессалониках, возможно при содействии императора Мануила, который надеялся отвлечь Мусу от Сербии. Муса сумел пленить Орхана, но по каким-то причинам отпустил его и не смог снова захватить Фессалоники.
Соседние государства считали принца Мусу, не без помощи Валахии, большей угрозой, чем принц Мехмед. Стефан Лазаревич предложил Мехмеду присоединиться к нему в совместном походе против Мусы; Мануил также принял сторону Мехмеда, предоставив суда для перевозки его людей в Румелию еще раз и снабдив его войска продовольствием. К тому времени, когда две армии встретились к югу от Софии, армия Мехмеда включала воинов из эмирата Дулкадир в юго-восточной Малой Азии, благодаря женитьбе Мехмеда на дочери эмира, византийские войска, предоставленные императором, сербские, боснийские и венгерские войска под командованием Стефана Лазаревича, войска из Айдына, чья приверженность Мусе была тверда еще накануне битвы, и войска Румелии под командованием пограничного властелина гази Эвренос-бея. Армия Мусы атаковала решительно, но в конечном итоге была обращена в бегство. Он упалпри столкновении лошадей и был убит одним из командиров Мехмеда.
Со смертью принца Мусы в 1413 году гражданская война, похоже, закончилась, спор решился в пользу принца Мехмеда, с этого времени известного как султан Мехмед I. Первой заботой султана Мехмеда стало завоевание лояльности различных малоазийских эмиратов, которые поддерживали его в военном отношении, но не хотели отказываться от независимости, которую они вновь обрели после победы Тамерлана при Анкаре в 1402 году. Особенно решительное сопротивление Мехмед встретил со стороны Карамана, а также Джунейда, эмира Айдына; крепость Джунейда в конечном итоге была взята с помощью союзников, включавших генуэзцев Хиоса, Лесбоса, Фочи (Фокайи) и рыцарей-госпитальеров с острова Родос. Джунейд был назначен правителем Никополя на Дунае, место победы султана Баязида над крестоносцами в 1396 году. Назначение бывших мятежников на государственные посты было лейтмотивом административной практики османов уже в те далекие времена. Османы полагали более благоразумным располагать к себе побежденных местных властителей, а позднее и слишком независимых государственных подданных, с помощью доли в правительственном вознаграждении, чем убивать их, рискуя спровоцировать дальнейшие волнения среди их сторонников.
В течение пары лет султан Мехмед в значительной степени вернул бывшие османские владения в Малой Азии, и император Мануил обнаружил, что его позиции настолько же ослабели. Он не мог позволить себе потерять инициативу, захваченную в период османского междуцарствия, помогая тому или иному претенденту на престол. Единственным инструментом, оставшимся в его руках, был сын Сулеймана Орхан. В последней отчаянной попытке поддержать разногласия внутри османского дома он отправил Орхана в Валахию, чей воевода Мирча оставался непримиримым врагом османской державы. Тем не менее это означало конец полезности Орхана в качестве альтернативного фокуса османской лояльности, поскольку Мехмед поспешил встретиться с ним, пока он не зашел слишком далеко, и ослепил его. Затем, внезапно и достаточно неожиданно в 1415 году пропавший брат Мехмеда принц Мустафа, или очень правдоподобный подражатель — он был известен как «Лже»-Мустафа — объявился в Валахии в качестве византийского посла в Трабзоне на северо-восточном побережье Малой Азии. По сообщениям, Мустафа был захвачен в плен вместе со своими отцом и братом Мусой в 1402 году, но его местонахождение в течение всех этих лет оставалось неясным. Надо полагать, что он был пленником при дворе Тимуридов, а его освобождение Шахрухом, сыном и наследником Тамерлана, умершего в 1405 году, было рассчитано на то, чтобы вновь развязать борьбу за османский трон. В 1416 году Шахрух написал Мехмеду, протестуя против убийства его братьев. Мехмед демонстративно предложил оправдание: «В одном государстве не может быть двух падишахов… враги, которые окружают нас, постоянно ищут удобный случай». Шахрух сам пришел к власти только после более чем десятилетней борьбы против других претендентов и, как и его отец, хотел, чтобы государства на его внешних границах были слабыми.