Высокое положение Чандарли Халил-паши вызывало сильную зависть клики, окружавшей Мехмеда, который столкнулся с правлением отличным по характеру от того стабильного баланса сил в Малой Азии и Румелии, к которому его заботливо готовили Мурад и его советники. Чандарли Халил боялся разрешить полному энтузиазма молодому султану возглавить армию против крестоносцев и, будучи обеспокоенным гражданским неповиновением в Эдирне, понял, что выбор у него только один — вернуть Мурада, пребывавшего в Манисе. Отправившись из Малой Азии в Эдирне; Мурад не стал входить в город, а повел свою армию прямо на передовые позиции венгров. Великая битва при Варне на румелийском побережье Черного моря произошла 10 ноября. Флот, доставлявший крестоносцев с Запада, еще не достиг Константинополя, и хотя из-за этого армии короля Венгрии и Польши Владислава и трансильванского воеводы Хуньяди вынуждены были сражаться в одиночку, поначалу они побеждали. Тем не менее к вечеру король Владислав был убит, а его войска бежали. Положительный исход этого сражения был достигнут в равной степени благодаря той эффективности, с которой командующий Мехмеда Шихабеддин Шахин-паша перекрыл балканские перевалы, ведущие в долину Фракии, и полководческому искусству Мурада. Правда, это был еще не конец: на следующий год флот крестоносцев атаковал османские позиции на Дунае в союзе с Хуньяди и валашским воеводой, но снова Шихабеддин Шахин-паша успешно командовал защитой.
В течение первых месяцев своего правления Мехмед доказал свою независимость от отца, предприняв беспрецедентный шаг по девальвации османской денежной единицы, серебряного аспера, более чем на десять процентов. Таким образом можно было чеканить большее количество монет, чтобы покрыть постоянно растущие расходы на управление османской территорией; но в то время как обесцененные деньги принесли доход казне, это имело нежелательные последствия, ухудшив жизнь находящихся на жаловании государственных служащих, которые получали то же число монет, что и раньше, но с более низким содержанием серебра и поэтому более низкого достоинства в реальном исчислении. После битвы при Варне Мурад снова удалился в Манису, но его вторая попытка отойти отдел продолжалась немногим дольше первой. Громче всех из тех, кого затронула девальвация, возмущались янычары, и в 1446 году в Эдирне вспыхнул бунт, спровоцированный, видимо, вмешательством Мехмеда в денежную систему. Чандарли Халил-паша снова вызвал Мурада обратно во Фракию. Шихабеддин Шахин-паша стал козлом отпущения и объектом гнева янычар и укрывался во дворце, пока старый султан не приказал схватить смутьянов. После этого недвусмысленного покушения на его власть Мурад пообещал повысить жалование янычарам в качестве компенсации за нужду, которую они пережили.
Степень независимости, которой наслаждался Мехмед, в то время как его отец был в Манисе, в равной степени интересовала комментаторов того времени и современных историков. Некоторые, в государстве и за его пределами, считали, что Мехмед правит Румелией, а его отец является султаном Малой Азии. Караманиды опасались, что Мехмед нарушит соглашение, которое они с Мурадом заключили в 1444 году, поскольку все постановления предыдущего султана подлежали обновлению при вступлении на трон нового. Хотя де-юре Мехмед был султаном и старался добиться независимости от отца с помощью таких проектов как завоевание Константинополя при первой возможности или девальвация денежной единицы, его реальная власть была ограничена благодаря тому, что Чандарли Халил-паша успешно обуздывал дикие фантазии молодого султана и его клики, хотя и ценой ухудшения отношений. Возможно даже, Чандарли Халил подстрекал к бунту янычар, с тем, чтобы иметь основания вызвать Мурада; и в самом деле, смещение Мехмеда было одним из требований, которые выкрикивали воины. Когда янычары пригрозили поддержать османского претендента, освобожденного Иоанном VIII в 1444 году, который к тому времени вернулся в Константинополь, демонстрация явно стала выходить из-под контроля.
Мехмед отнесся к своему отстранению от власти и вынужденному возвращению в Манису без особой радости. В качестве жеста открытого неповиновения отцу он стал чеканить монету со своим именем на монетном дворе в западной Малой Азии и, нарушив перемирие, напал на венецианские заставы на Эгейском море. Чандарли Халил остался в Эдирне с Мурадом, а в Малой Азии не оказалось в равной степени выдающегося пожилого вельможи, чтобы присматривать за действиями Мехмеда.