Неспособность османского вассального государства Валахия присылать в Стамбул ежегодную дань и последующие провокационные действия воеводы Влада Дракулы, «Колосажателя», побудили Мехмеда в 1462 году послать Махмуд-пашу за Дунай впереди войска султана для восстановления порядка. Поход был успешным, и более сговорчивый брат Влада Радул, которого держали заложником в Стамбуле в качестве гарантии надлежащего поведения Влада, был посажен воеводой на место брата. Сам Влад бежал в Венгрию.
Безопасность от нападений венгров могла быть гарантирована только при условии полного контроля османов по линии Дунай — Сава, которая практически делит Балканы пополам от Черного моря на востоке до Адриатического — на западе. На северо-западе от Сербии и к югу от Савы расположена Босния, вассальное государство османов, чей король Стефан Томашевич также отказался посылать дань султану. В 1463 году Стефан просил о перемирии и получил его сроком на 15 лет, но практически немедленно османская армия напала на Боснию, войдя на ее территорию с юга. Стефан бежал, но Махмуд-паша нагнал его в Клуже, где он сдался, получив обещание, что его отпустят, не причинив вреда. Как и Сербия, Босния стала османской провинцией — хотя в следующем году вынуждена была защищаться от нападений Венгрии — и следующей Махмуд-паша захватил соседнюю Герцеговину. Коварство, позволившее османам напасть на Боснию несмотря на перемирие, снова проявилось, когда султан Мехмед приказал казнить Стефана Боснийского; но его захваченный единокровный брат Сигизмунд обратился в ислам и под именем Кралоглу («Сын короля») Исхак-бей стал соратником султана. Сын правителя Герцеговины также обратился в ислам и под именем Херсекзаде («Сын принца») Ахмед-паша служил великим визирем при сыне и наследнике Мехмеда Баязиде II (на дочери которого он женился) и его внуке Селиме I.
В 1455 году османы захватили генуэзские колонии на Эгейском море: Старую и Новую Фокайи (Фоча) на побережье Малой Азии к северу от Измира, контролировавшие богатые копи квасцов, продукция которых была необходима для европейской торговли тканями и использовалась для окраски; Энос (Энез), в устье Марицы во Фракии, получавший доходы от торговли солью. В том же году Афины были отвоеваны у их флорентийского правителя пограничным вождем Умур-беем, сыном Тупахан-паши. Венецианский Наксос и генуэзские острова Лесбос и Хиос согласились платить дань султану в 1458 году. После завоевания Сербии в 1459 году султан Мехмед возвратился в Стамбул, а затем по суше отправился покорять генуэзскую колонию Амастрис (Амасра) на черноморском побережье Малой Азии при поддержке военного флота, посланного из Стамбула. В 1462 году Лесбос капитулировал перед османской осадой, в то время как Мехмед строил укрепления на Дарданеллах, чтобы улучшить защищенность Стамбула. Он построил там две крепости, в Чанаккале, ранее известном как Султанхисар («Замок султана»), на малоазийском побережье, и в Килитюльбахре («Замок моря»), напротив первого, на побережье Румелии. Теперь, когда османы надежно контролировали южные подступы к Стамбулу, город был защищен от нападения с моря.
Даже после падения Константинополя сохранились несколько осколков Византийской империи. Эти анахроничные образования включали Трапезундскую империю Комнинов, ставшую османским вассалом в 1456 году, и деспотат Морею, совместно управлявшийся Фомой и Димитрием Палеологами. Будучи долгое время вассалом османов, деспотат в течение трех лет был не в состоянии выплачивать дань, пока армия султана Мехмеда не завоевала его в 1458 году. Выплата долга в последнюю минуту не смогла отклонить Мехмеда от его цели, и он двинулся на юг. Коринф сдался после трехмесячной осады, и османское управление распространилось на большую часть Пелопоннеса. Деспот Фома без особого энтузиазма попытался вернуть некоторые из своих бывших владений, но был втянут в войну со своим братом. В 1460 году Мехмед снова лично повел армию, которая к концу года покорила весь Пелопоннес, за исключением нескольких венецианских колоний, оставшихся под контролем османов. Греческие источники того времени сообщают, что дочь Димитрия Елена вошла в женскую половину семейства султана, его гарем, как и Тамара, дочь Георгия Франдзи, летописца правления Мехмеда.