Империя, которую намеревался создать султан Мехмед II, очень отличалась от государства, которое его предшественники построили ценой таких усилий, когда османская династия была немногим больше, чем первая среди равных — других мусульманских турецких династий Малой Азии. Практика набирать христиан в османский правящий класс стала восприниматься как более подходящая его новому амбициозному виденью будущего развития имперского государства. Власть, которой обладал великий визирь как исполнительное должностное лицо при султане, возросла — хотя окончательное решение его отставки или казни было за султаном. Статус религиозной верхушки также усилился при Мехмеде II. Большая территория, пожалованная в комплексе его мечети теологическим школам, и их расположение по обеим сторонам мечети, как будто они окружают ее, могут восприниматься как знак особого положения, которым он намеревался наделить служителей ислама. Точно так же отдаленность обителей дервишей от мечети, где прежде внутри одного здания предоставлялось место для ритуалов дервишей наряду с ритуалами ортодоксального ислама, можно расценить как уменьшение их влияния. Мехмед ограничил деятельность тех дервишей, которые противились все более централизованному пути, по которому шло государство; те, кто был готов поддерживать его, пользовались гораздо большим расположением.
Со времени правления султана Мехмеда янычары и другие подразделения регулярной армии стали основным орудием для защиты и расширения османских владений. Во главе их стоял султан, хотя активная роль наипервейшего из «воинов за веру» все более умерялась в силу его стремления построить централизованное бюрократическое государство. Будучи вдохновленным обращением Чандарли Халил-паши с янычарами в Эдирне, когда еще был жив его отец Мурад II, Мехмед приложил усилия, чтобы взять их под свой контроль, но так и не смог заставить полностью себе подчиняться. Взойдя на трон в 1451 году, он счел необходимым уступить их требованиям повышения жалования в ознаменование торжества, практика, очевидно, начатая Баязидом I. Проблемы возникли снова, когда янычары подняли мятеж в 1455 году в ходе зимнего похода на порт Энез в устье Марицы, принадлежавший генуэзцам, и еще раз во время безуспешной осады Белграда в следующем году. Наследникам Мехмеда не удалось удержать янычар под контролем, и плачевные последствия были очевидны во многих эпизодах османской истории.
В последние годы своей жизни султан Мехмед осуществил программу консолидации и централизации законодательства. Создателем ее был Караманлы Мехмед-паша, великий визирь с примерно 1476 года до смерти Мехмеда — точные даты назначения и смещения великих визирей Мехмеда спорны, — который сделал выдающуюся карьеру в правительстве империи. Как и Чандарли, он вышел из аристократического турецкого рода, происходившего от загадочного Мевланы Джалаль аль-Дина Руми, основателя дервишского ордена Мевлеви. Сохранилось два свода законов, относящихся ко времени правления Мехмеда: первый содержит санкции и правила, касающиеся обложения налогом подданных; второй говорит о разновидностях управления и соотношения между его отдельными частями. Отсылки в этих кодексах на «древний закон» или «древний обычай» дают понять, что в основном они были связаны с приведением в систему правил, которые уже существовали. Тем не менее ученые спорят, какие фрагменты сохранившихся версий этих сводов законов действительно относятся ко времени правления Мехмеда, а какие статьи внесены во времена последующих правлений в качестве корректировки. Мехмед был первым султаном, провозгласившим законы, применимые к жизни государства, такие как государственное управление — оно не принимались во внимание религиозными законами; и хотя ни один из его сводов не ссылается на ислам, хотя их эффективность напрямую зависела от воли султана, их положения не противоречат положениям религиозных законов. Описывая политику Мехмеда, оппозиционный продервишский летописец Ашикпашазаде, писавший между 1476 и 1502 годами, возлагает на Карамани Мехмеда ответственность за уменьшение благосостояния дервишей и эмиров пограничных племен с помощью программы возвращения государственных доходов под контроль правительства.