Исламская традиция требовала хоронить как можно скорее, но тело Мехмеда II было забыто, после того как его тайно перевезли в Стамбул на следующий вечер после его смерти, и прошло три дня, прежде чем благовонные свечи были зажжены подле него, чтобы приглушить запах. Караманлы Мехмед-паша попытался осуществить то, что, по его мнению, было последним желанием султана, наследование трона принцем Джемом, а не принцем Баязидом, послав обоим братьям уведомления о смерти Мехмеда: Конья была ближе к столице, чем Амасья, и он надеялся, что Джем прибудет, чтобы потребовать трон, раньше. Но янычары поддерживали Баязида, и уловка Караманлы Мехмеда привела их в ярость. Несмотря на секретность, новости о смерти Мехмеда распространились, и когда Караманлы Мехмед попытался помешать янычарам вернуться в Стамбул, что им было делать запрещено, они убили его. Его убийство отчетливо показало, что корпус янычар, созданный османскими султанами, чтобы быть им верной охраной и элитными силами в армии, был чудовищем, которое ставило свои собственные интересы выше интересов своих господ.
Прибытие корпуса в столицу и убийство Караманлы Мехмеда-паши вызвало беспокойство и продолжительные массовые беспорядки. Предыдущий великий визирь Исхак-паша, остававшийся в Стамбуле в отсутствие султана, осознал всю важность развертывавшейся драмы. Он написал Баязиду, умоляя того поспешить, и захватил инициативу, провозгласив одиннадцатилетнего сына Баязида принца Коркуда регентом, до прибытия в столицу его отца. Страх Мехмеда перед распрями в собственной семье был настолько велик в последние годы его правления, что Коркуда держали в Стамбуле, чтобы при случае он мог стать залогом лояльности тех, кто противостоял его деду. Провозглашение Коркуда регентом успокоило мародерство и беспорядки и про-Баязидская группировка сплотилась, чтобы противостоять наступлению Джема. Сторонники Баязида включали двух его зятьев, занимавших влиятельные позиции в правящих кругах: правителя Румелии Херсекзаде Ахмед-пашу и Синан-пашу, правителя провинции Анадолу, которому было отдано распоряжение блокировать дороги между Коньей и столицей. Похоже, что Синан-паша перехватил гонцов, посланных к Джему в Конью неудачливым Караманлы Мехмедом.
Хотя Баязид смог заручиться радушным приемом по приезде в Стамбул, у Джема была сильная поддержка в Малой Азии. Армия Джема двинулась из Коньи к старой столице османского государства, Бурсе, по всему пути встречая сопротивление сторонников Баязида. Баязид отправлялся из Амасьи, чтобы заявить свои права на престол, с некоторым опасением, но прибыл в Стамбул и был провозглашен султаном 22 мая 1481 года. Набальзамированное тело Мехмеда покоилось во дворце Топкапы, после приезда Баязида его перевезли в его мечеть для похорон. Анонимное и, возможно, современное тем событиям французское письмо, описывающее похоронную процессию, сообщает любопытную деталь — портрет султана везли на крышке его гроба. Параллель между церемонией похорон Мехмеда, и церемониала на похоронах основателя Константинополя императора Константина Великого в 337 году н. э. наводит на мысль, что даже в смерти султан подавал свой образ как законного наследника столицы и империи византийцев. Тогда как прежние султаны и высокопоставленные члены османской династии были похоронены в Бурсе, Стамбул, столица империи Мехмеда, теперь стал местом погребения султанов, где бы ни настигла их смерть.
Игнорируя армию брата, Джем обосновался в Бурсе, где подтвердил свои претензии на османский трон, начав чеканить монеты и поощрив чтение проповедей на пятничной молитве от его имени. Тем не менее понимая слабость своей позиции, он послал в качестве эмиссара свою тетю с предложением Баязиду поделить империю между ними двумя. Султан Баязид отказался, но серьезно воспринял возможность того, что популярность Джема сможет угрожать его власти в Малой Азии, и вызвал опытного военачальника Гедика Ахмед-пашу из Отранто. Гедик Ахмед был на стороне Баязида, когда братья встретились в сражении при Енишехире, к востоку от Бурсы; Джем был вынужден отступить в Конью, куда он прибыл 25 июня, преследуемый Баязидом. Хотя в армию Джема входили войска из Карамана и члены родов, не принявших недавнее включение Карамана в состав османского государства, ему было небезопасно оставаться в Малой Азии, и, взяв с собой семью и советников, он отправился на юг через горы Тавра в Адану, резиденцию Рамазаногуллары, вассалов мамлюков.
Баязид обратился к своему тестю Алаюдцевле, правителю соседнего Дулкадира, с просьбой задержать Джема. То, что эта просьба была проигнорирована, означало, что Джем воспринимался как подлинный претендент на престол, которого Дулкадир — он, как и эмират Рамазаногуллары, был буферным государством между османами и мамлюками, ориентируясь сначала на одну, а затем на другую из этих сильных держав — не мог позволить себе оттолкнуть. Из Аданы Джем продолжил свой путь в Антакью, а затем Алеппо, откуда он проник на территорию мамлюков, и в конце сентября прибыл в Каир.