Победу в войне с Венецией принесли Баязиду морские силы, но они нуждались в восстановлении, и он приступил к полномасштабной реконструкции своего флота. Были построены более легкие, более маневренные корабли, их личный состав значительно увеличился. В течение нескольких лет не предпринималось никаких серьезных морских операций, флот был задействован для того, чтобы держать морские пути открытыми, защищая торговые и другие суда от пиратства, как свои, так и иностранные, ходившие в восточных водах Средиземного моря.
Наличие мощного флота открыло для османов новые перспективы, как когда-то для европейских государств. После того как Васко да Гама обогнул м ыс Доброй Надежды в ноябре 1497 года и добрался до Индии следующей весной, коммерческие интересы Португалии вошли в конфликт с многовековой арабской торговой системой в Индийском океане; в частности, они угрожали контролю мамлюков над торговлей специями из Южной и Юго-Восточной Азии. Усилия мамлюков на море оказались недостаточными, чтобы защитить свои интересы: в том же году, когда португальцы активизировались в Индийском океане, в восточной части Средиземного моря стало расти число пиратских нападений с острова Родос, и победа родосского флота над мамлюкским конвоем с грузом дерева с берегов Северной Сирии в 1508 году продемонстрировала беспомощность мамлюков на море. Мамлюки были вынуждены обратиться за помощью к Баязиду, таким образом Баязид смог добиться того, что был не в состоянии взять силой: признание его превосходства над мамлюками в борьбе за господство на Ближнем Востоке. В 1510 году посольство к османскому двору было вознаграждено дополнительной помощью оружием и продовольствием для мамлюкского флота. В дополнение к компетентности в морском деле, османы владели артиллерией, равной той, которую использовали европейцы; они снабдили флот мамлюков пушками против португальцев, а также послали своих офицеров командовать мамлюкским флотом.
Эта неспособность мамлюков защитить свои корабли от португальцев дала Баязиду прекрасную возможность вмешиваться в дела мамлюков и преследовать свои интересы. Его мотивы были различными: доступ османов в Индийский океан позволил бы ему участвовать в прибыльной торговле специями, в то время как поддержка мамлюков препятствовала бы их союзу с новым врагом, появившимся на восточной границе, — шахом Сефевидов Исмаилом, — а также нейтрализовала любую возможную помощь мамлюков его сыну Коркуду, который, будучи недовольным провинцией, которой его назначили править, уехал в Каир в 1509 году, возможно готовясь бросить вызов власти Баязида. Расчеты Баязида оправдались.
Хотя появление португальцев в Индийском океане и последующее проникновение туда османов положило начало длительной вражде между ними, оба государства осознавали значительные финансовые и стратегические выгоды от вовлечения сил в ту часть мира, которой до настоящего времени мало интересовались. Более того, вмешательство Баязида в дела мамлюков открыло путь к завоеванию его сыном Селимом Сирии и Египта несколькими годами позже. Но пока иранское государство Сефевидов представляло угрозу для основ османской легитимности, настолько же опасную, как и вышеописанные. Борьба за превосходство внутри исламского мира во всех отношениях была настолько же напряженной, как и вражда между христианскими и мусульманскими государствами, и за первые триста лет существования представляла более серьезную угрозу для Османской империи.
Если ранняя стадия правления Баязида зависела от судьбы его брата Джема, то последние годы были отравлены появлением кызылбашей («Красные головы»). Термин «Кызылбаши» использовался для описания тех, кто носил высокие, красные колпаки с двенадцатью складками, как способ выразить свою приверженность двенадцати имамам шиитского ислама. В отличие от Караманидов и Аккоюнлу, которые вместе с мамлюками и османами являлись сторонниками суннитского ислама, новая сила, поднимавшаяся на восточных границах османов, набиравшее силу государство Сефевидов, разработала мировоззрение, основанное на верованиях шиитского меньшинства мусульман. Религиозные практика и обычаи суннитов и шиитов отличаются мало — основное различие доктринальное: шиитский ислам ограничивает главенство исламским сообществом семьей пророка Мухаммеда и не признает легитимность династий Омейядов и Аббасидов, которые унаследовали эту роль. Приверженцы вероучения о «Дюжине» верят в то, что двенадцатый имам, лидер мусульманского сообщества, был попросту скрыт от своих последователей с момента своего исчезновения в 940 году н. э. и снова появится, чтобы возвестить Царство Небесное на земле. Это убеждение было исламским эквивалентом мессианских движений на заре новой Европы.