Ахмед отступил в Малую Азию, намереваясь усилить свою поддержку и взять столицу штурмом. Его планы захватить султанат провалились, он открыто выступил против власти отца, совершив назначения на провинциальные должности от своего имени. Повторное требование посадить его правителем в Карамане — теперь находившимся под властью внука Баязида принца Мехмеда, который унаследовал своему недавно умершему отцу, принцу Шехин-шаху, — было отвергнуто, и он успешно осадил резиденцию принца-правителя Конью. Янычары снова послужили орудием, чтобы расстроить планы Ахмеда, поскольку когда новости о его победе достигли Стамбула, они опять восстали, требуя, чтобы Селим предъявил свои требования на трон султана, и выдвинули ультиматум государственному совету. Их шумная поддержка Селима вынудила Баязида действовать, и, повинуясь обстоятельствам, он назначил Селима главнокомандующим армии. Селим снова выступил из Кафы и направился маршем на Стамбул.
При Ахмеде в Конье и Селиме в Кафе принц Коркуд в свою очередь решил, что может получить трон, добравшисьдо Стамбула первым. Он оставил Манису и приехал тайно, приплыв в город на корабле, просил Баязида простить ему прошлое неповиновение и стал дожидаться приезда Селима. Коркуд надеялся купить поддержку янычар, раздавая им золото; они приняли золото, но когда Селим прибыл в Стамбул в апреле 1512 года, они поддержали свержение отца в его пользу. Впервые янычары послужили инструментом для насильственного отстранения правящего султана от власти; но этот случай был отнюдь не последним: каким бы ни было осуществление османского престолонаследия в теории, именно янычары возводили на престол и свергали с престола султанов.
Султан Мехмед II существенно повысил статус янычар, а Селим, который не мог принять попустительского отношения к государству шаха Исмаила и приверженцам кызылбашей, был продолжателем этой традиции; большая часть его войска была османами по образованию, а не по рождению, и нуждалась в решительном султане для выполнения миссии, для которой они были призваны. Ахмед, наоборот, притягивал тех, кто был лишен прежнего своего существования и не видел для себя места в новом османском государстве. Брат Баязида Джем привлекал примерно эту же группу.
Султан Баязид пережил покушение на убийство во время похода в Албанию в 1492 году, когда дервиш анархической секты Календери неожиданно набросился на него — нападение, ускорившее изгнание Календери из Румелии. Тем не менее он не смог пережить свержения с престола и через месяц умер естественной смертью по дороге в изгнание, на свою родину Дидимотихон во Фракии.
В Конье принц Ахмед отреагировал на свержение Селимом отца с престола, провозгласив себя законным султаном. Он послал своего второго сына Алаеддина в Бурсу с армией, которая вошла в город в середине июня 1512 года, разграбив его и вынудив население бежать. Новости о том, что Селим планирует пересечь Мраморное море из Стамбула, вынудили Алаеддина удалиться к отцу, который к тому времени вернулся в Афьон. Ахмед мобилизовал все доступные силы, вызвав в Малой Азии суматоху; оставив своего сына Сулеймана регентом в Стамбуле, Селим пошел в Малую Азию. Ахмед меньше всего хотел встретиться с братом в открытом бою и ретировался из Афьона в Анкару, а оттуда в направлении своей бывшей резиденции в Амасье, но там обнаружил, что город обороняется от него. Когда он пересекал Малую Азию, то позади оставлял разрушения и беспорядок и был заклеймен Селимом как мятежник.
Затем Ахмед направился на юг, за каждым его шагом следили шпионы Селима, которые также докладывали о намерениях его сторонников. Полагая, что для него искать убежище вне Османской империи означало бы обесчестить династию, Ахмед попросил у Селима какую-нибудь территорию в Малой Азии. Но Селим не собирался отдавать часть своих владений и предположил, что Ахмед будет искать убежище в каком-нибудь мусульманском государстве. Сторонники Ахмеда побуждали его укрыться у шаха Исмаила, давшего приют старшему сыну Ахмеда Мураду с тех пор, как Селим стал султаном, или в Дулкадире, или Египте. Новый султан мамлюков Ансав Аль Гаври не желал помогать, и Ахмед укрылся на зиму в Дулкадире; Селим на время поселился в Бурсе.