Несмотря на кажущееся разрешение проблем, сопутствовавших наследованию Селима Баязиду, между братьями не было доверия. Ахмед опасался, что Селим вернется, чтобы напасть на него весной, а Селим узнал, что Ахмед вел переговоры с шахом Исмаилом. Ахмед снова повернул свою армию против Амасьи; на этот раз город сдался ему, и в первые дни 1513 года он оставил там регентом своего четвертого сына. Он получил несколько писем, побуждавших его верить, что султанат все еще мог бы принадлежать ему, и, возможно, убедил себя, но это была ловушка, расставленная для него Селимом. Решив идти в Бурсу, Ахмед продвигался по северной Малой Азии, по пути сталкиваясь с сопротивлением.
После смерти Баязида Селим какое-то время потакал Коркуду. Его брату было позволено вернуться в Манису, откуда он посылал бесконечные просьбы назначить его на остров Лесбос, которые Селим отклонил. Коркуд изменил свои просьбы на земли Теке или Аланьи, что было также отклонено; Селим опасался, что из этих мест на южном побережье Малой Азии он сможет, как дядя Джем, бежать в Египет и стать знаменем европейского крестового похода. В начале 1513 года Селим отправился на юг под предлогом охотничьей экспедиции и атаковал Манису. Коркуд бежал из города и был позднее найден прячущимся в пещере. Его отправили в Бурсу и 13 марта задушили; ему было сорок с небольшим лет.
4 апреля 1523 года Селим выступил с армией из Бурсы и через 11 дней под Енишехиром вступил в бой с Ахмедом. После падения с лошади Ахмед был схвачен и задушен. Амасья была вскоре отнята у его сына Османа, разделившего участь своих двоюродных братьев, оставшихся сыновей Коркуда и Ахмеда и покойных братьев Селима Махмуда, Алемшаха и Сенишаха, казненных немногим ранее. Могилы этого множества внуков Баязида можно все еще увидеть в Бурсе и Амасье.
Обезопасив трон, султан Селим I смог найти свое решение проблемы кызылбаши, которые отчасти спровоцировали узурпацию им трона. В течение последних лет правления Баязида открытый вызов Селима власти отца побудил некоторых других членов османской династии примкнуть к кызылбашам — его брат Шехиншах, видимо, был готов присоединиться к восставшим во имя Шахкулу, но умер прежде, чем его симпатии обратились в действия. Сын принца Ахмеда Мурад сочувствовал кызылбашам до такой степени, что с лета 1511 года, когда его отец был назначен возглавить поход против Шахкулу и Мурад вместо него стал правителем Амасьи, он стал носить их красный головной убор. Даже когда войска Шахкулу разоряли обширные области западной Малой Азии, сторонники кызылбашей вели пропаганду на севере центральной части Малой Азии; разумеется, мятеж распространился и там.
Годами Сефевиды и их сторонники пытались свергнуть османское политическое господство в Малой Азии; избавившись от тех, кто соперничал с ним за власть внутри собственной семьи, султан Селим готовился бросить вызов самому шаху Исмаилу. Он сосредоточенно готовился к тому, что очевидно стало бы тяжелой кампанией: расстояние, которое должна была преодолеть армия, было огромно, местность негостеприимна, а кызылбаши враждебны. Весной 1514 года он переправился через Босфор, чтобы начать долгое путешествие на восток.
Как султан Мехмед II накануне осады Константинополя, Селим I продлил сроки действия соглашений с европейскими государствами — Венецией и Польшей, а также с мамлюками, в надежде таким образом избежать любого риска войны на два фронта. Соглашение с Венгрией оказалось более сложным, хотя обе стороны осознавали, что оно будет выгодно им обеим. Венгерского посла взяли в заложники и со всей свитой возили в походы Селима в Иран, а позднее в Сирию и Египет, с целью продемонстрировать неимоверное могущество султана.
По исламским законам единственное допустимое оправдание войны мусульман против мусульман — религиозное: «укрепить священный закон или пресечь его нарушения»; поэтому османский поход нуждался в официальном разрешении, выраженном в виде мнения религиозных авторитетов, что будущий враг отклонился с пути истинного ислама. Когда малоазийские эмираты подчинились власти османов в результате территориальных разногласий, летописцы старались обеспечить завоевателей необходимым согласием. Борьба с Сефевидами со всей очевидностью обещала быть тяжелой, но без доктринальной санкции незаконной. Соответственно вражда османов была замаскирована религиозной риторикой, их претензии на статус хранителей «истинной веры», в отличие от сбившихся с пути Сефевидов, надлежащим образом акцентировались. По мере того как усиливалась пропагандистская война против Сефевидов, был задействован новый лексикон для описания сторонников Исмаила: