Во главе отдельных поместий он поставил в качестве управляющих своих хорошо подготовленных римских священников, за которыми установил строгий контроль. В результате реорганизации управления Патримониумом Петра и владениями Григорий временно положил конец некомпетентному вмешательству епископов и светских собственников данных территорий. В эпоху феодализма и «управление» владениями станет добычей феодальной аристократии.
Доходы и продукция, получаемая от хорошо организованных богатых владений, дали возможность папе проявлять благотворительность, заботиться об Италии и Риме. Вместо государственного попечительства бедных появилась диакония — церковная служба милосердия. Григорий создал экономическую мощь папства и тем самым обосновал свои претензии на светскую власть. Он заложил также фундамент будущего Папского государства. Папская служба милосердия способствовала тому, что папа приобрел в римской городской администрации решающее влияние и принял на себя исполнение значительной части государственных функций. Это нашло свое выражение также в том, что при Григории население Рима впервые избрало папу первосвященником (Pontifex Maximus). В результате административно-организационной деятельности Григория были заложены основы Церковного государства и создана база перехода к политическому универсализму.
Понтификат Григория одновременно с завершением строительства религиозного универсализма на Западе заложил экономические, государственно-властные основы политического универсализма. Для того чтобы поднять значение римско-католической церкви как вселенской, были проведены в жизнь реформы в области литургии. С именем Григория связано обновление мессы (Sacramentarium Gregorianum) и церковных песнопений, создание в Риме школы пения (schole cantorum), заложены основы григорианской церковной музыки.
Но в еще большей степени развитию идей церковного, религиозного универсализма способствовало монашество, которое внедрял и которому оказывал помощь в Западной Европе папа Григорий. Понтификат Григория называют началом средневековья и потому, что он первым понял значение монашества, которое могло быть непосредственно направляемо и использовано папами в реализации папского примата над местными (партикулярными) церковными интересами, а также в деле распространения христианства, в миссионерстве. Григорий не только был увлечен монашескими идеалами, но и сам внедрял их в жизнь.
Возникшее в Египте монашество до VI века считалось чисто восточным явлением. Европейская форма монашества возникла как протест против сделки церкви с господствующим классом, против обмирщения ее. Первый монастырь был создан Бенедиктом Нурсийским в 529 году в Монте-Кассино. В Италии, ставшей на путь феодализма, монашество объединялось в орден, по форме напоминавший объединения военизированных крестьян, находившихся на самообеспечении. Составленный Бенедиктом для монастыря устав предусматривал принятие обетов: самообеспечение, проживание в одном месте, совместная работа (земледелие и ремесла) в монастыре, а также совместная молитва, безбрачие, отказ от имущества и повиновение. Этот устав был умеренным по сравнению с фанатизмом восточного монашества, его безграничной аскезой. Последователи Бенедикта, бенедиктинцы, наряду с требованием «Ora et labora!» («Молись и трудись!») включили в свой жизненный распорядок также умственную работу; они создавали в монастырях школы, библиотеки, мастерские-скриптории, в которых переписывались книги. Именно Григорий внедрил эту форму монашества в церкви, поставив перед монашеством новую цель — обращение язычников в христианство.
Аскет, ненавидевший греков всей душой римлянина, а античную культуру — из чувства религиозного фанатизма, папа Григорий в наибольшей мере способствовал реализации верховной власти папства именно тем, что поддержал и поставил на службу своим планам институт монашества. Получившее поддержку со стороны папы, оно превратилось в передовой отряд формирующейся феодальной государственной и общественной организации. Григорий способствовал также и идеологическому вооружению монахов и духовенства для миссионерской работы. В результате своей проповеднической деятельности и литературной работы папа-монах перевел на латинский язык возникшие на Востоке или под воздействием Востока теологические труды. В первую очередь он занялся популяризацией учения Августина, в результате средневековье ознакомилось с трудами Августина не из первоисточников, а через Григория. Благодаря произведениям, приписываемым Григорию, стали популярны и получили широкое распространение в средние века понятные для простого человека представления об ангелах и чертях, о рае и аде, легенды же о самых абсурдных чудесах превратились в силу, формирующую сознание.
Наиболее значительным в деятельности Григория с точки зрения будущего церкви и папства следует считать то, что он провозгласил программу обращения в католичество германских народов с помощью монахов. К этому его побуждало стремление освободиться от тяжкой опеки со стороны восточных императоров и византийского патриарха путем расширения сферы собственного влияния в Западной Европе в результате усиления широкомасштабной миссионерской деятельности. Различные германские королевства, возникшие на западе империи, большей частью были арианскими и противостояли католическому Риму, исповедовавшему Никейский символ веры. Обращение их в католическую веру — по крайней мере в принципе — делало возможным привлечь их на сторону Рима в качестве союзников.
Среди германских народов лишь франки оставались язычниками, так как они избегали и арианства. Поэтому римские миссионеры обратили свое внимание в их сторону. Король Хлодвиг I уже после победы над алеманнами (496 год) вместе со своим народом принял христианство, тем самым открыв путь сотрудничеству между франками и римской церковью. Проживавшие на территории Галлии епископы и католическое коренное население именно поэтому оказывали им поддержку. Превращавшееся в числе первых в феодальное государство, франкское королевство, теперь уже по религиозным причинам, получило возможность, используя защиту и имя католической церкви, распространить свое влияние на Испанию и Германию. Поэтому различные германские королевства были заинтересованы в том, чтобы заручиться поддержкой со стороны епископов; но и существование римской церкви зависело от того, насколько ей удастся укрепить свое влияние в новых феодальных государственных формированиях.
В конце 500-х годов стали католиками также и вторгшиеся в Испанию готы. И наконец, в 596 году папа Григорий послал в Британию 40 монахов-миссионеров, которые с помощью Кентского королевского двора начали обращать в христианство население страны. Результаты миссионерской деятельности в еще большей степени повысили авторитет пап. Однако включение все новых и новых народов, феодальных королевств в западную церковную организацию представляло собой реальную опасность того, что различные германские народы создадут национальные церкви, которые станут независимыми от папства. Подобный процесс имел место в галльской церкви, ставшей в VII–VIII веках независимой от пап и подчинявшейся франкским королям. Папа Григорий понимал опасность партикуляризма и пытался остановить эту тенденцию с помощью созданной им централизованной церковной администрации, однако, как это видно из событий последующего столетия, без особого успеха.